Study your flashcards anywhere!

Download the official Cram app for free >

  • Shuffle
    Toggle On
    Toggle Off
  • Alphabetize
    Toggle On
    Toggle Off
  • Front First
    Toggle On
    Toggle Off
  • Both Sides
    Toggle On
    Toggle Off
  • Read
    Toggle On
    Toggle Off
Reading...
Front

How to study your flashcards.

Right/Left arrow keys: Navigate between flashcards.right arrow keyleft arrow key

Up/Down arrow keys: Flip the card between the front and back.down keyup key

H key: Show hint (3rd side).h key

A key: Read text to speech.a key

image

Play button

image

Play button

image

Progress

1/62

Click to flip

62 Cards in this Set

  • Front
  • Back
Hvad er interferens?
Når antallet af dobbeltoverkrydsninger afviger fra det forventede ved at der er færre end beregnet, så skyldes det interferens. Man mener grunden er, at den ene overkrydsning "modvirker" at den anden overkrydsning finder sted.
Hvordan afgører man om der er interferens i et genetisk kort?
Ved formlen:
I = 1 - (obs. % dobbelt overkrydsning)/(forv. % dobbelt overkrydsning)
Hvis I>0 = færre overkrydsninger => interferens
Hvad er koblingsgruppe?
Er en gruppe med flere gener/loci. De "sidder sammen" og kaldes derfor en koblingsgruppe
Hvad er koblingskort?
Et kort, som viser de forskellige koblinger i forhold til hinanden ofte med længderne imellem
Hvilke slags mutationstyper kender vi?
- Substitution
- Deletion
- Insertion
- invertion
- Trinukleotid repeats
Hvad er deletion? og hvornår har det indflydelse på generne?
Hvor et/flere nukleotidpar bliver "deleted"/slettet.
Kan have stor betydning, specielt deletionen ikke går op i tre (=ændring af læserammen)
Hvad er substitution? Og hvornår har det indflydelse på generne?
Et basepar udskiftes med et andet. To versioner:
- Transistion: purin -> purin eller pyrimidin -> pyrimidin
- Transversion: purin -> pyrimidin eller omvendt
Hvis det gør, at sekvensen vil kode for det samme anyway, så gør det intet, men hvis det fx ændrer til et stopsignal, så har det stor betydning !
Hvad er insertion? Og hvornår har det indflydelse på generne?
En eller flere nukleotidpar indsættes. Betydningen er specielt stor, hvis insertionen ikke går op i tre (=ændrer læserammen)
Hvad er inversion? Og hvornår har det indflydelse på generne?
En 180 graders rotation af et stykke af DNA-strengen
Det ændrer fuldstændig læserammen. "Mindre" betydning, hvis det ikke rammer "inde i sekvenserne"
Hvad er trinukleotid repeats?
Man ved ikk 100% hvad det er/hvordan det opstår, men man ser bare en stor gentagelse af given mængde nukleotider - op til 200 gange !!
Hvad kan overordnet set skabe mutationer i generne?
- Fysiske/kemiske tendenser
- Mutagener
- Fejl i cellens maskineri
-
Hvilke fysiske/kemiske tendenser mener man kan give mutationer i genet?
- Depuration: G frigives / udskiftes med "apurinic"
- Deaminering en alm C-G bliver til U-G. U opfører sig som T
- UV-> thymine dimer: binding mellem to thymin
- oxidation: G->Go, som opfører sig som et T
Hvilke mutagener mener man kan give mutationer i genet?
- Røntgenstråler: klipper DNAs sukkerfosfat backbone over
- Baseanaloger: opfører sig som et basepar, men pares med et forkert basepar under replikation
- Stoffer, der ændrer en bases struktur egenskab, så den parer med noget forkert
- Intercalerende stoffer: sætter sig mellem to basepar = ingen aktivitet => insertion/deletion
Hvilke fejl i maskineriet mener man kan give mutationer i genet?
- Forket baseparing under replikation
- Skæv overkrydsning i meiosen
- Transportable elements
- Ustabile trinukleotid repeats
Hvilke DNA repair systemer findes der - og hvilken betydning har de ved mutationer?
- DNA polymerasens 3'-5' exonnuclease(proofreading) reperation af beskadigede baser + rettelser af mismatch
- Nukleotid excersions repair: retter fejl som ellers ville gøre dobbelthelix umulig
- Methyl directed mismatch repair: retter fejl som proofreaderen ikk fangede
Giv et eksempel på en konsekvens af multimerprotein-mutation
Sejlcelleanæmi
Hvilken konsekvens kan det have, hvis et protein udsættes for en mutation
Aminosyresekvensen ødelægges og hormonet, membranproteinet, enzymet, ... bliver ikke dannet rigtigt. Eller fx dårligere affinitet for en receptor, ødelagt katalytisk site eller lign
Hvorfor er en mutation på et multimertprotein "skrøbeligt"?
Bare én mutation kan ændre/ødelægge multimerproteinet. En enkelt foldning, en enkelt subunit eller lign kan ødelægge det for "fællesskabet"
Hvilke mutationstyper er der, når man kigger på konsekvensen?
- Silent mutation
- Missense mutation
- Nonsense mutation
- Frameshift mutation
Hvilke konsekvenser har silent mutation, og hvornår opstår det?
Sjældent nogen konsekvens, eftersom det er "silent".
Opstår når en mutation koder for samme aminosyrefrekvens, selvom der er udskiftet et basepar
Hvilke konsekvenser har missense mutation og hvornår opstår det?
Ændrer aminosyresekvensen.
Stor variation af påvirkningen. Kommer an på om der ændres til en af samme kemisk inddeling (sur/basisk) samt polaritet
Hvilke konsekvenser har nonsense mutation og hvornår opstår det?
Genererer stopcodon, hvor der ikk skal være et eller fjerner et der skulle have været der... kan være ret katastrofalt!
Hvilke konsekvenser har frameshift mutation og hvornår opstår det?
Opstår fx ved deletion/insertion, hvor læserammen (frameshift) bliver ændret
sekvenserne bliver helt forkert og evt stopper/starter den på forkerte tidspunkter
Hvad hedder de kodede og ikke-kodede regioner i et gen?
Exons: kodede sekvenser
Introns: ukodede sekvenser
Hvordan kan ikke-kodede regioner have indflydelse på de kodede regioner?
Det kan have indflydelse på
• Start og stop af transskription
• Splicing af exons
• Ribosombinding
Hvilken betydning har mutationer i cellulære komponenter?
De kan være lethale ! Hvis man fx ikk kan udtrykke/transkribere sine egne gener(som gøres vha disse komponenter), så dør man!
Hvorfor anvender man restriktionsenzymer?
Det er lettere at undersøge små sekvenser. Restriktionsenzymerne skærer DNA'et over i mindre stykker ved at genkende specifikke restriktionssites
Hvordan kan restriktionsenzymer skære DNA'et ?
- zig-zag ends
- blunt ends (lige over)
Hvor stammer restriktionsenzymer fra?
Bakterier
Hvordan kan man udregne fragmentlængden?
4^n reglen
Eftersom de fire basepar forekommer lige ofte/ligeligt fordelt, så udregnes fragmentslængde ved at opløfte 4 i antallet af basepar der genkendes.
Beskriv princippet for gel-elektroforese
- Sortering af DNA efter fragmentstørrelse
- Små fragmenter løber længst ned af gelen
Hvad er de overordnede steps i kloningsprocessen?
- Ligering i vektor
- Transformering
- Dyrkelse på ampicilin (hvis E-coli bruges)
Beskriv ligering:
- DNA og vektoren åbnes/skæres med et restriktionsenzym
- DNA-stykkerne og vektoren ligeres sammen med ligase => DNA bliver et insert
Beskriv transformering:
- Rekombinanten (DNA'et og vektoren) sendes ind i en værtscelle
- Værtscellen optager den rekombinante (ofte vha lidt kemi/strøm) og kopiering finder sted
- succesraten er 0,1%
Hvorfor dyrker man på ampicilin?
Hvis man bruger E-coli som værtscelle (hvilket man ofte gør), så dyrker man dem på ampicilin, hvor E-coli er ampicilinfølsom. Den rekombinante har dog en ampicilinresistens, så de celler som har optaget vores DNA er overlevet.
Hvordan ved man hvad der er hvad under kloning?
- dyrkning på ampicilin med en vektor der indeholder ampicilinresistens
- Intakte (=uden DNA) vektorer indeholder Lac-Z, som giver en blå farve.
Dvs. levende og u-blå celler = med DNA i sig.
Beskriv opbygningen af en kloningsvektor
- Ofte et plasmid = et ekstra DNA fra en bakterie, der fx deler info om antibiotika resistens
Indeholder:
* replikationsstart
* restriktionssite
* antibiotikaresistens
* selektionsmakør (fx lac-Z-gen)
Hvad er et genomisk bibliotek?
En samling af kloner, der tilsammen indeholder samtlige sekvenser af hele genomet fra fx en hund
- langsom process at lave
Hvad er et cDNA bibliotek?
cDNA = mRNA's komplimentær lavet med DNA-basepar
- en samling af kloner som indeholder den kodede del af genet til det specifikke væv
- Laves ved reverse transkriptase
Beskriv kort processerne i PCR?
- Denaturering: DNA-strengene skilles ad (94 grader)
- Annealing: primeren påsættes strengene (50 grader)
- Polymerisering: primeren syntetiserer DNA-strengen (72 grader)
---> gentages ca 25-30 gange
Hvad er laver man/skal der bruges som forberedelse til PCR?
Syntese af primeren:
- DNA-stykker af ca 20 basepar, findes som "left" og "right"
- Er komplementære til noget lige udenfor targetsekvensen, som bliver dens "bindingsite", hvor den skærer DNA'et over
Hvad er sekventering?
at læse rækkefølgen af baser i et DNA-fragment for dermed at kunne opdage evt mutationer, sammenligne gensekvens, forudsige aminosyresekvenser osv
Hvad er Sanger-sekventering?
En PCR-lignende reaktion med syntese af komplimentær fragmenter i forskellige længder, som så aflæses på en gel.
Hvad løber hurtigst ned af gelen under sekventeringer?
Den korteste. Den kan lettere "presse" sig gennem hullerne i gelen og dermed lettere komme frem.
Hvad får DNA-stykkerne til at vandre ned af gelen?
DNA-stykkerne er negative og gelen har tilsat elektricitet til sig, så DNA-stykkerne kan vandre mod de positive poler.
Beskriv Sanger-sekventeringens første del (syntese af komplimentær fragmenter)
- Foregår i 4 seperate reaktioner(et for hvert basepar)
- Hver reaktion tilsættes DNA, primer, polymerase, ddNTP, dNTP
- Hver gang ddNTP finder en (N) som passer til sit basepar, så agerer den som stopklods = der syntetiseres ikke mere
- medfører en bunke af mange fragmenter i forskellige størrelser
Beskriv Sanger-sekventeringens anden del (Gelelektroforese)
Fragmenterne sendes alle gennem gelelektroforese. Eftersom vi har "alle" tænkelige længder(fra de 4 seperate reaktioner), så kan vi ligeså stille tælle op med hvilke basepar der ligger hvor.
Hvad er fordelene/ulemperne ved PCR?
Billig, hurtig nem løsning at tage. Kan bruges hvis vi ved, hvad vi leder efter og der må IKKE være mutationer på genet.
Hvad er fordelene/ulemperne ved sekventering?
- Lidt dyr, lige langsommelig og besværlig løsning.
- Bruges hvis vi skal sammenligne sygt med rask DNA eller finde de specifikke steder (ned på basepar niveau), som der er noget galt med. - Bruges kun ved kortere sekvenser
Hvad er ortologe gener?
Gener der stammer fra den samme stamfader, men er udtrykt forskelligt i nulevende individer - fx væktsgener er både vækstgener hos hunden og rotten, men ikke den samme.
Hvad er paraloge gener?
Gener som ligner hinanden , men efter replikation har fået "flere af sig, som bare ikke 100% ligner hinanden" - fx mine lugtesanser i forhold til hinanden
Hvad er genfamilier?
Familier der oprinder fra det samme, men nutidigt bare har et lille "twist", fx lugtesansen
Genfamilier vs paraloge gener
Er ca det samme. En genfamilie består af paraloge gener og paraloge gener vil til sammen give en genfamilie
Hvad bruges microarray til?
Til sammenligning mellem væv. Fx ved sygt vs rask væv, så kan man se, om vævet fx mangler et enzym eller har et ekstra et, der gør vævet sygt.
Hvordan udføres microarray?
- De to vævsprøver sendes gennem PCR
- Hybridisering
- Generne farves
- Analysering af hvilket væv der udtrykkes mest
Hvad betyder det, hvis både det syge og raske væv udtrykkes lige meget i en microarray?
At vi søger det forkerte sted. Generne udtrykkes lige meget, så det kan dermed ikke være dette/mangel på dette, som giver sygdommen
Hvilke typer af markører findes der?
- Single nucleotid polymorphism
- insertion/deletion
- simple sekvens repeat
- copy number variation/polymorphism
- complex variant
Beskriv single nucleotide polymorphism
Forkortelse: SNP
Størrelse: 1 bb
Frekvens: 1 kp
Antal loci: 18.000.000
Hvad benytter sig af det: Mikroarray, PCR/hybridisering
Bekriv insertion/deletion
Forkortelse: InDel
Størrelse: 2-100 bp
Frekvens: 10 kb
Antal loci: 200.000
Hvad benytter sig af det: (mikroarray), PCR/gel
Beskriv simple sekvens repeat
Forkortelse: SSR/mikrosattelit
Størrelse: 3-200 bp
Frekvens: 30 Mb
Antal loci: 100.000
Hvad benytter sig af det: PCR/gel
Beskriv copy number variation/polymorphism
Forkortelse: CNV/CNP
Størrelse: 0,1-1.000 kb
Frekvens: 3 Mb
Antal loci: 8.600
Hvad benytter sig af det: mikroarray
Beskriv complex variation
Forkortelse: ?
Størrelse: ?
Frekvens: 500 kb
Antal loci: ?
Hvad benytter sig af det: DNA sekvens