ביולוגיה של התא - חמוטל - שיעורים 9-18 - Gre

Front 1

מה זה יוביקוויטין?

Back 1

חלבון שכאשר הוא קשור לחבון אחר הוא מסמן אותו לפירוק.

Front 2

מה זה מיקרוטובולי?

Back 2

אחד מהחלבונים הבונים את שלד התא. בנוסף, המיקרוטובולים מעורבים רבות בתהליך המיטוזה.

Front 3

מהו מנגנון הסימון ביוביקוויטין?

Back 3

בתחילה משפעלים את האנזים E1 על ידי הידרוליזה של ATP ל-AMP תוך יצירת קשרי SS בין האנזים E1 ליוביקוויטין.

לאחר מכן, האנזים E2 נקשר לE1 והיוביקוויטין עובר לE2 תוך שE1 עוזב את הקומפלקס.

כאן התהליך מתפצל לשתי אפשרויות;

אפשרות ראשונה: E2 יעביר את היוביקוויטין לE3 וE3 מעביר את היוביקוויטין לחלבון המטרה.

אפשרות שניה: E2 יתחבר ליצירת קומפלקס עם E3 ויעביר את היוביקוויטין ישירות לחלבון המטרה.

Front 4

מה השמות של אנזימים E1, E2 ו-E3?

Back 4

E1 - ubiquitin-activating enzyme

E2 - ubiquitin conjugating enzyme

E3 - ubiquitin ligase

Front 5

מתי חלבון מסומן לפירוק?

Back 5

כאשר יש שרשרת Polyubiquitin של לפחות ארבעה חלבוני יוביקוויטין.

Front 6

כמה סוגים של E1,E2 וE3 יש בתא?

Back 6

יש סוג אחד עיקרי של E1 בתא.

יש 30-40 סוגים שונים של E2.

יש מאות סוגים של E3 בתא כאשר כל אחד יודע לזהות כמות מוגבלת של חלבוני מטרה.

Front 7

כיצד החיבור של יוביקוויטין לחלבון נעשית וכיצד החיבור בין המונומרים מתבצע?

Back 7

החיבור בין יוביקוויטין לחלבון המטרה נעשה או בקצה הקרבוקסילי של יוביקוויטין לקבוצת אמין בשייר של ליזין או בקצה האמיני של ח. האמינו הראשונה.

החיבור בין המונומרים נעשה בין קבוצת האמין בLys48 או Lys11 של יוביקוויטין לקצה הקרבוקסילי של יוביקוויטין מעליו.

Front 8

מהן שלושת הדרכים לסימון חלבון לפירוק (סימון החלבון לכך שהוא צריך לקבל יוביקוויטין)?

Back 8

1. זרחון - ישנם חלבונים שכאשר הם מזורחנים הדבר מסמן שהם צריכים לעבור יוביקוויטינציה.

2. חלבונים המורכבים יותר מתת יחידה אחת - ישנם מקרים בהם צריך לפרק את החלבון לתת היחידות שלו.

3. חיתוך של קצה N-terminus בחלבונים מסוימים.

Front 9

מהם שלושת סוגי הסיבים המהווים את שלד התא ומה גודלם?

Back 9

1. סיבי אקטין (Actin filaments) - הקטנים ביותר, נמצאים בעיקר בצמוד לממברנת התא.

2. סיבי ביניים (Intermediate filaments) - בינוניים, תפקידם הוא חיבור בין סיבי האקטין לסיבי המיקרוטובולין.

3. מיקרוטובולין (Microtubules) - הגדולים ביותר, אחראים על שלבים שונים במיטוזה ועל שינוע של מרכיבים שונים בתוך התא.

Front 10

תאר את מבנה המיקרוטובולין.

Back 10

אבני הבניין של המיקרוטובולין מורכבות מדימר הבנוי מ - Alpha-tubulin ו-Beta-Tubulin. כאשר אנו נקרא לקצה שיש בו מונומר אלפא - קצה מינוס ולקצה שיש בו מונומר בתא - קצה פלוס. הסיב שנוצר חלול מבפנים.

כל סיבוב שלם בנוי מ13 מונומרים. סיב אחד נקרא protofilament.

Front 11

מהו צנטרוזום?

Back 11

הצנטרוזום (מכונה גם MTOC - Microtubule organizing center) הוא מבנה המורכב מקומפלקס כדורי של חלבונים וממנו יוצאים רוב המיקרוטובולין.

הוא מורכב משני אלמנטים חשובים:

1. צנטריאולי - שני גופים גליליים הנמצאים בניצב אחד לשני ומצויים בגרעין ליבת הצנטרוזום. תפקיד לא ידוע.

2. טבעות Gamma-tubulin - טבעות המצויות על פני המעטפת של הצנטרוזום. מטבעות אלו תחילים להיווצר המיקרוטובולין כאשר ההיווצרות היא מקצה מינוס לכיוון קצה פלוס.

Front 12

מה זה Dynamic instability?

Back 12

התופעה בה אנו רואים שסיב מתארך ומתקצר.

Front 13

באיזה מקרים סיב יתארך ובאיזה הוא יתקצר?

Back 13

כאשר דימר מגיע לסיב המיקרוטובולי הוא מגיע משופעל על ידי GTP. לאחר שהוא נקשר למיקרוטובולי הקיים הGTP עובר הדרוליזה לGDP. ההידרוליזה של הGTP לא קורית מייד אלא לאחר זמן מסויים.

כאשר קצב הוספת הדימרים מהירה יותר מהזמן שבו GTP הופך לGDP מתקיימת בנייה של הסיב.

איזור ההתארכות נקרא GTP-cap.

כאשר קצת הוספת הדימרים איטי יותר מהזמן שבו GTP הופך לGDP, הGTP-cap יתפרק ודימרים שקושרים GDP יהיו חשופים והסיב יתקצר עקב אי יציבות של הקשרים בין הדימרים.

Front 14

מהי הבקרה על מנגנון הDynamic instability?

Back 14

ישנם 3 גורמים המשפעים על מנגנון זה:

ריכוז הדימרים בסביבה - ככל שיש יותר דימרים בסביבה יש יותר סיכוי שתהיה הוספה מהירה ולכן התארכות.

חלבונים שנקשרים למיקרוטובולין ומזרזים את ההירוליזה או מאטים אותה.

חלבוני Capping proteins שנקשרים לקצה הפלוס של המיקרוטובולין ויכולים לייצב את המיקרוטובולין על מנת למנוע ממנו להתפרק. בנוסף, חלבונים אלו נותנים כיווניות להתארכות המיקרוטובולין.

Front 15

מהם חלבוני מנוע ואיזה סוגי מטען (Cargo) הם יכולים להעביר?

Back 15

חלבוני מנוע הם חלבונים שנעים על המיקרוטובולי - תנועה מכוונת ומהירה מאשר דיפוזיה.

סוגי המטענים:

1. חלבונים שנעים על המיקרוטובולי.

2. ווזיקולות המכילות חומרים מסוימים ועטופים בממברנה.

3. אברונים.

Front 16

מהם שני סוגי חלבוני המנוע?

Back 16

1. קינזינים (Kinesins) - חלבונים שנעים מקצה מינוס לקצה פלוס - מרחיקים חומרים מהגרעין.

2. דינאינים (Dyneins) - חלבונים שנעים מקצה פלוס לקצה מינוס - מקרבים חומרים אל הגרעין.

בשני המקרים יש השקעת ATP לצורך התזוזה.

Front 17

תאר את המבנה של חלבוני המנוע.

Back 17

יש להם מבנה של ראש דימרי הנראה כמו רגליים.

Front 18

תאר את מנגנון התנועה של חלבוני המנוע.

Back 18

בין שני הראשים ש חלוקת תפקידים: Leading head הקושר ADP ו- Lagging head הקושר ATP.

התהליך הינו תהליך חוזרני ומרוכב משני שלבים עיקריים:

1. בשלב הראשון ישנה הידרוליזה של הATP בLagging head - בעקבות ההידרוליזה הראש מתנתק מהמיקרוטובולי.

2. לאחר מכן, ADP מהLeading head יוצר ומוחלף בATP. הדבר גורם לשינוי מרחבי שגורם לסיבוב של שני הראשים כך שהLagging head נקשר על גבי המיקרוטובלי הבא.

Front 19

באיזה שלב של מחזור התא מוכפל הצנטרוזום?

Back 19

בשלב הInterphase בשלבי הS ו-G2.

Front 20

מהם ששת השלבים של המיטוזה?

Back 20

1. פרופאזה

2. פרומטהפזה

3. מטהפאזה

4. אנאפאזה

5. טלופאזה

6. ציטוקינזה

ובעברית - הפרופסור מת אנא טלפן.

Front 21

מה קורה בשלב הפרופאזה?

Back 21

מתבצעת דחיסה של הDNA, הצנטרוזומים שעד כה היו אחד על השני נפרדים ונוצר מבנה הקינטוכור. מעטפת הגרעין עדיין שלמה. ישנה התגבשות של מיקרוטובולי אינטראפולריים.

Front 22

מה קורה בשלב הפרומטהפאזה?

Back 22

התפרקות הגרעין, מיקרוטובולי קינטוכוריים מתחברים לקינטוכור של הכרומוזומים אך הם עדיין פזורים ולא מיושרים בציר המרכזי של התא.

Front 23

מה קורה בשלב המטהפאזה?

Back 23

זהו מצב ולא תהליך. מצב בו כל הכרומוזומים נמצאים באמצע התא. כעת המיקרוטובולי הקינטוכוריים מחזיקים את הכרומוזומים במרכז התא.

Front 24

מה קורה בשלב האנאפזה?

Back 24

שלב המתחיל בכך שבו ישנו סט אחד של כרומוטידות מול הסט השני - המטהפאזה. בשלב זה החלבונים המחברים יחד את הכרומטידות מתפרקים, הכרומטידות נפרדות והמיקרוטובולי הקינטוכוריים מושכים אותן כל אחת לקוטב אחר של התא.

Front 25

מה קורה בשלב הטלופאזה?

Back 25

השלב האחרון של המיטוזה. בשלב זה כל קוטב מכיל את כל הכרומטידות ומעטפת הגרעין מתחילה להיווצר סביב הכרומטידות.

Front 26

מה קורה בשלב הציטוקינזה?

Back 26

השלב בו התא מתחלק לשני תאי בת נפרדים.

Front 27

מהם שני החלבונים המעורבים בדחיסת הDNA?

Back 27

1. קוהזין (Cohesin) - חלבון טבעתי המחבר את הכרומטידות האחיות.

2. קונדנסין (Condensin) - משפחה של חלבונים האחראים לדחיסה של הDNA באיזורים שאינם האיזור של קוהזין.

Front 28

מהם Interpolar microtubules?

מהם Aster microtubules?

מהם Kinetochore microtubules?

Back 28

הKinetochore microtubules יוצרים את כישור החלוקה.

Front 29

מהם התנועות שעוזרות להפרדת הצנטרוזומים והכרומטידות ועל ידי אילו חלבונים התנועות מתבצעות?

Back 29

קינזין 14 - מצד אחד הוא בעל שתי רגליים ומצד שני, עם הראש, הוא נקשר למיקרוטובול השני וסוחב אותו בתור מטען. תנועה של הרחקה (סוחב מיקרוטובולי אחד על גבי השני).

קינזין 5 - בשתי צדדיו יש לו רגליים כך שאין מטען. גם פה ישנה הרחקה מכיוון שהוא מזיז בצורה מסונכרנת את שתי המיקרוטובולי אחד על גבי השני.

קינזין 4 ו-10 - סוחבים כמטען את הכרומוזום שמתרחק מהצנטרוזום ומתקרב לציר המרכזי של התא.

דינאינים - הם נעים על מיקרוטובולי אסטר והמטען שלהם הוא ממברנת התא, מכיוון שממברנת התא היא יחסית קבועה, הוא סוחב את הצנטרוזום לכיוון קצה התא ומוסיף לקיטוב הצנטרוזומים.

Front 30

כיצד המיקרוטובולים הקינטוכוריים מתחברים?

Back 30

מיקרוטובולי אסטר יכולים להגיע לכרומוזום ולהיקשר אליו מהצד, דרך חלבון מנוע.

בשלב הבא, המיקורטובולי נקשר ישירות אל הקינטוכור ועכשיו הוא נקרא Kinetochore microtuble. בשלב הבא ייקשר אליו מיקרוטובל נוסף מהצד השני של הקינטוכור.

Front 31

מהו המצב היציב בהם הKinetochore microtubules נקשרים לקינטוכור?

Back 31

Front 32

למה המצב בו שני המיקרוטובולים נקשרים משני צידי הקינטוכור הוא היציב ביותר?

Back 32

בתחילה החלבונים של הקינטוכורים מזורחנים על ידי M-Cdk. כאשר המשיכה של כל כרומטידיה מהקינטוכור מנוגדת האז הלחץ יגרום לדה-זרחון משני הצדדים של הקינטוכור מה שיהפוך את הקישור ליציב.

Front 33

כיצד המיקרוטובל קושר את הקינטוכור?

Back 33

לא באופן ישיר אלא לחלבון טבעתי הקשור גם למיקרוטובולי וגם לקינטוכור.

Front 34

איזה חלבון צריך לפרק כדי להפריד בין שתי הכרומטידות?

Back 34

קוהזין שמחזיר שתי כרומטידות אחיות יחד.

Front 35

איך מפרקים את חלבון הקוהזין בשלב האנאפאזה?

Back 35

הדה-זרחון של הקינטוכור מפעיל קומפלקס המכונה APC-Anaphase promoting complex, אנזים מסוג E3-Ligase. הוא מזהה פרוטאז שאמור לפרק את הקוהזין ומסמן לפירוק את החלבון שמעכב את הפרוטאז.

הפרוטאז משתחרר ומפרק את הקוהזין.

Front 36

מה החלוקה של אנאפאזה A ואנאפאזה B אומרת?

Back 36

אנאפאזה A - הפרדה של הכרומטידות האחיות.

אנאפאזה B - הקטבים של הצנטרוזומים נפרדים.

Front 37

תן דוגמא ל2 תרופות מנטרלות מיטוזה.

Back 37

1. נוקודאזון (Nocodazole) - מעכב שנקשר לדימר של טובולי ומונע מהם להיקשר לסיב המיקרוטובולי. בצורה זו הוא מעכב את החלוקה - מונע פולימריזציה והתארכות של מיקרוטובולי.

2. טאקסול (Taxol) - נקשר למיקרוטובולי ומונע פירוק של המיקרוטובולי. לכן לא ניתן להפריד את הכרומוזומים לתאי הבת.

Front 38

כיצד הNuclear lamina נבנית בשלב הטלופאזה?

Back 38

בשלב הפרומטאפזה הNuclear lamina התפרקה על ידי זרחון של המונומרים שלה על ידי M-Cdk. כעת היא נבנית מחדש על ידי דה-זרחון של המונומרים שלה, הם מתחברים מחדש ליצרית המבנה מחדש.

Front 39

כיצד שלב הציטוקינזה מתבצע?

Back 39

על ידי טבעת המורכבת מסיבי אקטין שמחוברים לחלבוני מנוע בשם מיוזין. הטבעות האלה של אקטין ומיוזים חונקות את איזור הטבעת של הממברנה וגורמות לחלוקה והפרדה בין שני תאי הבת.

Front 40

שני סוגים של תופעות כתוצאה ממוטציה.

Back 40

1. איבוד פעילות כתוצאה מהמוטציה - מוטציה רצסיבית כי אם יהיה אלל תקין אז באורגניזם יהיו אנזיים תקינים.

2. אובדן פעילות כתוצאה מהמוטציה - מוטציה דומיננטים כי אם קיים אלל רגיל שמפיק אנזימים רגילים הפעילות של האלל המוטנט תהיה מורגשת.

Front 41

מהם ארבעת השינויים ברמת הנוקליאוטיד שיכולים לגרום למוטציה?

Back 41

1. שינוי נוקליאוטיד אחד באחר.

2. הכנסה או החסרה של נוקליאוטיד.

3. הכנסה או החסרה של שני נוקליאוטידים.

4. הכנסה או החסרה של שלושה נוקליאוטידים.

Front 42

מהו קומפלקס סינפטונמלי?

Back 42

זהו קומפלקס של חלבונים המחברים בין שני כרומוזמים המולוגיים שקורה במיוזה הראשונה.

Front 43

לא יודע אם צריך לדעת את החרא הזה של הקומפלקס הסינפטונמלי אבל שיהיה.

Back 43

עמוד 130

Front 44

תאר את תהליך החלוקה הראשונה של המיוזה.

Back 44

כרומוזומים המולוגיים מסתדרים על הקישור, בשלב זה מתבצע השחלוף. לאחר מכן כל כרומוזום המולוגי הולך לתא בת נפרד (כל אחד עם שתי כרומטידות אחיות).

Front 45

תאר את תהליך החלוקה של המיוזה השניה.

Back 45

תהליך זה זהה למיטוזה; מפרידים בין כרומטידות אחיות, אחת לכל תא בת.

בסיום התהליך נוצרים 4 תאי בת.

Front 46

מיוזה.

Back 46

Front 47

כיצד מתבצע שכפול הDNA?

Back 47

בצורה חצי שמרנית.

על ידי האנזים DNA polymerase.

Front 48

מהם הדרישות של DNA polymerase להתחלת עבודה?

Back 48

1. יודע להאריך רק שרשרת קיימת - חייב פריימר.

2. חייב תבנית.

3. מאריך מקצה 5 ל3, כלומר, מוסיף נוקליאוטידם לקצה 3 בלבד.

4. דורש dNTP's לצורך העבודה.

Front 49

תאר את מנגנון ההגהה של DNA polymerase?

Back 49

אם הוא יכניס נוקליאוטיד לא נכון זה יגרום לשינוי מרחבי בפולימראז וזה יגרום לו להפסיק לסנתז.

לאחר מכן הוא ילך אחורה, נוקליאוטיד אחד בלבד, יפרק אותו ויכניס אחד חדש במקומו.

Front 50

תאר את תחילת תהליך השכפול.

Back 50

השכפול מתחיל מORF ושם צריך לפתוח את בועית השכפול. הפתיחה נעשית על ידי הליקאז. לאחר מכן, קומפלקס של חלבונים כולל DNA פולימראז מגיעים למקום והשכפול מתחיל.

Front 51

תאר כיצד נראה מזלג הרפליקציה.

Back 51

Front 52

מה ההבדל בין הLagging strand לבין הLeading strand?

Back 52

הLeading strand, הוא הגדיל המוביל, ללא בעיה של כיווניות, הוא מסנתז מ5 ל-3 וכך גם ההליקז פותח.

אך בצד השני ההליקז פותח לכיוון ההפוך מכיוון הסינתזה ולכן הוא נקרא הLagging strand או הגדיל המעוכב.

כל מקטע בLagging strand נקרא מקטע אוקזאקי.

Front 53

מי מסתנז את הפריימר?

Back 53

אנזים RNA polymerase מיוחד הנקרא Primase.

Front 54

מהי בעיית הקצה במהלך השכפול?

Back 54

הגדיל המובי מסונתז עד הסוף אך הגדיל המעוכב לא יכול להיות מסונתז עד הסוף מכיוון שלמקטע האחרון לא ניתן לייצר פריימר וזה גורם להתקצרות הכרומוזום.

כדי לא לפגוע במידע הגנטי הקיים על הכרומוזום ישנו אנזים הנקרא טלומראז שמוסיף מקטעים חוזרניים בסוף הכרמוזום.

מקטעים אלו נקראים טלומרים.

Front 55

תאר את מבנה הטלומראז.

Back 55

הטלומראז הינו חלבון מיוחד החבוי בתוכו מקטע RNA והוא מסנתז מקטעי DNA על פי מקטע הRNA הקיים בתוכו.

Front 56

מי שומר על הDNA החד גדילי לא להיסגר על עצמו לדו גדיל מחדש או להתפרק (DNA חד גדילי הוא לא יציב והוא יכול להתפרק בקלות)?

Back 56

חלבונים הנקראים SSB

Single strand binding proteins.

Front 57

מי פותר את בעיית מתח היתר בגדילים?

Back 57

Topoisomerase.

Front 58

לשנן את התמונה הזו.

Back 58

Front 59

מי מבצע את תהליך השיעתוק (Transcription)?

Back 59

את תהליך השיעתוק מבצע האנזים RNA Polymerase שלו יש את קטליטי שאליו נכנס הדו גדיל של הDNA ופותח את הDNA לחד גדיל ומשעתק RNA מריבונוקליאוטידים.

הריבונוקליאוטידים נכנסים דרך תעלה בחלבון ומפולמרים בקשר פוספו די-אסתרי.

Front 60

מהו הפרומוטור?

Back 60

רצף רגולטורי המכתיב איפה הגן וגם כמה חזק ייקשרו פולימראז ופקטורי השעתוק שלו לאותו הפרומוטור.

האפיניות של הפולימראז ושל פקטורי השיעתוק לפרומוטור היא זו שתכתיב את הרגלוציה של השיעתוק. ככל שתהיה יותר גוהה יהיה יותר שיעתוק של RNA.

Front 61

מהו גדיל הSense ומהו גדיל הAnti-sense?

Back 61

גדיל הSense הוא הגדיל המכיל עליו את רצף חומצות האמינו שיהוו את החלבון ולכן בתהליך השעתוק אנו נשעתק את גדיל הAnti-Sense.

Front 62

תאר את המבנה השניוני של הRNA.

Back 62

אמנם RNA הוא חד גדיל אך הוא לא מופיע כחד גדיל פרוש בתא. הוא עטוף בחלבונים, הוא יוצר קשרי מימן בין הריבונוקליאוטידים היוצרים מבנים שניוניים ואפילו שלישוניים.

Front 63

מה זה Upstream ומה זה Downstream?

Back 63

המונח Upstream מתייחס למעלה זרם השיעתוק (נקודה קודמת לנקודת הייחס) וDownstream זה עם זרם השיעתוק (נקודה בהמשך לנקודת הייחוס).

Front 64

מהו טרמינטור?

Back 64

רצף הנמצא על הDNA ומשועתק לRNA שגורם לסיום השיעתוק. לאחר השיעתוק מולקולת הRNA יוצרת מבנה שניוני של Stem & loop המפקיע להמשך הסינתזה וגורם לפולימראז ליפול מתבנית הDNA.

Front 65

מהם ההבדלים בין פרוקריוטים לאאוקריוטים בתהליך השיעתוק?

Back 65

באאוקריוטים יש גרעין בו נמצא החומר הגנטי. הRNA הראשוני עובר תהליך המכונה שחבור (Splicing), תהליך בו נחתכים האינטרונים ונשארים רק האקסונים. במקביל לזה מתרחשים עוד שני תהליכים:

5' Capping and 3' Polyadenylation.

לאחר שהגדיל עבר את שלושת התהליכים האלה הוא יכול לצאת מהגרעין אל הציטופלזמה.

בפרוקריוטים הDNA הוא מעגלי ונמצא בנוקליאוזום בציטופלזמה. כבר במהלך השיעתוק מתיישבים על הRNA ריבוזומים ומתחילים את תהליך התרגום. הRNA בפרוקריוטים לא צריך לעבור את התהליכים שהוא צריך לעבור באאוקריוטים.

Front 66

מהו הCap?

Back 66

מתילגואניזין (קבוצת מתיל מחוברת לחנקן של גואניזין) יוצרת קשר בין בפחמן 5 של סוכר הנוקליאוטיד מתילגואניזין לבין פחמן 5 של ההתחלה של הmRNA.

עוזר בייצוב המולקולה ומונע מאנזימי RNase מלפרק את המולקולה. שמו של הקשר:

5'-to-5' triphosphate bridge.

Front 67

מה ההבדלים בין RNA pol 1/2/3?

Back 67

פולימראז 1 משעתק גדילים של rRNA.

פולימראז 2 משעתק לmRNA בעיקר אך גם לRNA קטנים.

פולימראז 3 משעתק גנים לtRNA, חלק מהrRNA וגם RNA קטנים.

Front 68

מהם פקטורי השיעתוק בפרוקריוטים?

Back 68

יש אחד עיקרי הנקרא סיגמא פקטור, הוא מתיישב על הפרומוטר ועוזר לפולימראז לפתוח את הדו גדיל לאחר תחילת השיעתור הסיגמא פקטור נופל מהפולימראז.

במקרים של פרומוטורים חלשים, יש אקטיבטורים נוספים.

Front 69

מהם פקטורי השיעתוק באאוקריוטים?

Back 69

ישנו איזור מסוים בגנום המכונה TATA box אליו נקשרים פקטורי השיעתוק. לאחר שכל פקטורי השיעתוק נמצאים באיזור והפקטורים האקטיבטורים מאקטבים את הפולימראז הפולימראז יכול להיקשר לפקטורי השיעתוק ולהתחיל בסינתזה.

Front 70

תאר את תהליך השחבור.

Back 70

תהליך זה מבוצע על ידי הSpliceosome.

בתהליך זה מוציאים את היטרונים ממולקולת הRNA.

Front 71

מהו שחבור חלופי?

Back 71

יצירה של מולקולות mRNA שונות שיוצאות לתרגום בציטופלזמה ומקורן מגן אחד. דבר זה נוצר על ידי חיבור בסדרים חלופיים בין אקסונים ואינטרונים שיוצרים את גדיל הmRNA.

Front 72

תאר את מבנה הtRNA.

Back 72

Front 73

מהי תופעת הWobble?

Back 73

לבני אדם יש 48 מולקולות tRNA בעוד ישנם 61 אנטי קודונים אפשריים.

איך זה קורה?

עמדה 3 של הקודון (שהיא עמדה 1 של האנטי קודון) ישנו קשר רופף יחסית בין הנוקליאוטידים ולכן היא נקראת Wobble Position. בעמדה זו לא מותר כל קשר אבל ישנו חופש מסוים.

יכולים להיווצר קשרים בין U לA,G או I.

קשרים בין C לG או I.

Front 74

מה תפקידו של האנזים Amino-Acyl tRNA synthetase?

Back 74

אנזים זה הוא זה שקושר בין חומצת אמינו לtRNA שלה. יש 20 אנזימים שונים כאלה (אחד לכל חומצה אמינית). לאנזים האלו יש יכולת הגהה.

Front 75

תאר את מבנה הרבוזום בפרוקריוטים ובאוקריוטים.

Back 75

Front 76

מהו מבנה הריבוזום (אתרים פעילים)?

Back 76

יש שלושה אתרי קישור:

A הוא האתר שלתוכו נכנס tRNA חדש.

P הוא אתר של tRNA הנושא עליו פפטיד.

E הוא אתר שיושב עליו tRNA ללא חומצת אמינו או פפטיד.

Front 77

תאר את תהליך האיניציאציה של תרגום החלבון בפרוקריוטים.

Back 77

תת היחידה הקטנה s30 מגיעה לmRNA כאשר יש עליה tRNA עם מתיונין עליה באתר P, כאשר היא מוצאת את הקודון AUG תת היחידה הגדולה S50 תיקשר. כאשר הריבוזום השלם יהיה בנוי S70 יהיה ניתן לעבור לשלב האלונגציה.

Front 78

תאר את תהליך האיניציאציה של תרגום החלבון באאוקריוטים.

Back 78

בתחילה יש קישור של תת היחידה הקטנהS40 לcap בקצה 5 עם Met-tRNA. כעת היא תתחיל סריקה לינארית של הmRNA עד שתמצא את הAUG הראשון בגדיל. לשם הסריקה מתבצעת פתיחה של הגדיל וצריכה של ATP. לאחר מכן תגיע תת היחידה הגדולה S60 ותיקשר לתת היחידה הקטנה לאחר שהיא מצאה את קודון הAUG ורק לאחר שיש ריבוזום שלם S80 על הגדיל יתחיל תהליך האלונגציה.

Front 79

תאר את תהליך האלונגציה.

Back 79

בתחילת האלונגציה אנו נמצאים עם קישור באתר P ואתר A פנוי.

כאשר מגיע tRNA עם אנטי קודון מתאים הוא יקשר לאתר A ואז הפפטיד הנמצא בP מתחבר בקשר פפטידי לחומצת האמינו שעל הtRNA שבעמדת A.

כעת הtRNA שהיה בעמדה A עובר עם הפפטיד לעמדה P והtRNA שהיה בעמדה P עובר לעמדה E ומשם נפלט החוצה.

Front 80

מה תפקידו של האנזים Peptidyl transferase?

Back 80

יצירת קשר פפטידי בין חומצות האמינו.

Front 81

מהם שני פקטורי האלונגציה?

Back 81

1. בפרוקריוטים EF-Tu ובאאוקריוטים EF1, פקטור זה הוא GTP binding protein שמביא את הGTP לאיזור הA. בנוסף, פקטור זה גם קושר את הtRNA ומביא אותו לאיזור A. הפקטור יעזוב לאחר הידרוליזה של הGTP.

2. בפרוקריוטים EF-G ובאאוקריוטים EF2 זה חלבון קשור GTP נוסף, הוא מביא את הGTP למערת שנצרך בזמן הטרנסלוקציה (המעבר של הפפטיד מאיזור A לאיזור P). הוא נכנס לאתר A ולאחר מכן GTP עובר הידרוליזה והטרנסלוקציה תסתיים.

Front 82

תאר את תהליך הטרנמינציה.

Back 82

הטרמינציה הוא שלב בו הריבוזום מגיע לקודון STOP, מול קודון STOP לא מגיע tRNA.

במצב זה מגיע אליו פקטור טרמינציה - חלבון קטן הדומה לtRNA, הוא נקשר באתר A, מגיעה מולקולת מים ויש סגירה של הפפטיד המוחזק בעמדה P, טרנסלוקציה והתפרקות של הריבוזום.

Front 83

תאר את מבנה הER.

Back 83

Front 84

כיצד מתבצעת טרנסלוקציה של חלבון אל הRER?

Back 84

בתחילת התרגום של חלבון כזה ישנו פפטיד סיגנל שנקשר לקומפלקס חלבונים הקרוי SRP, קומפלקס זה עוצר את התרגום.

על הממברנה של הER ישנו רצפטור לSRP והריבוזום נקשר לממברנה במיקום מדויק בו קיימת תעלה המכונה תעלות טרנסלוקציה.

לאחר הקישור קומפלקס הSRP משתחרר והתרגום ממשיך אך הפעם אל תוך הER דרך התעלה.

Front 85

כיצד החלבון נשלח ליעדו מהER?

Back 85

על ידי וזיקולות.

Front 86

מהם ארעת השינויים שמתרחשים בחלבונים במשך ולאחר התרגום?

Back 86

1. Proper folding/Quality control

2. יצירת קשרי SS

3. גליקוזילאציה

4. הרבה של חלבונים מולטימרים.

Front 87

תאר מה אנזים הPDI עושה.

Back 87

אנזים הPDI - Protein disulfide isomerase יוצר קשרי SS. בחלבון הPDI ישנו קשר SS מחומצן. הוא מגיע למקום בו צריך להיות קשר SS ומחמצן אותו.

Front 88

למי נקשרים סוכרים?

Back 88

לרוב חלבוני ההפרשה. הקישור לסוכר מתבצע דרך חומצות אמינו ספציפיות.

Front 89

מהו N-Link?

Back 89

הקשר בין הסוכר N-acetylglucose amine (שיש לו קבוצת אמין במקום קבוצת הידרוקסיל) לחומצת האמינו אספרגין.

Front 90

מהו N-Glycosylation?

Back 90

הקשירה של סוכר לאספגרין. מכיוון שהקשירה היא לחנקן.

Front 91

מהו O-Glycosylation?

Back 91

הקשירה של סוכר לסרין או לתראונין מכיוון שהקשירה היא לחמצן.

Front 92

כיצד מאקטבים את מולקולות הסוכר?

Back 92

על ידי קישור של נוקיאוטיד למולקולת הסוכר.

Front 93

מה זה רטרו טרנסלוקציה?

Back 93

יציאה של חלבון לא מקופל כראוי מהER.

Front 94

מהי הולכה ווזיקולארית?

Back 94

החלבונים יוצאים מתוך הER בווזיקולות.

Front 95

שתי מאפיינים המבדילים בין הגולג'י לER.

Back 95

1. הגולג'י מתרכז באיזור הצנטרוום ומוחזר למיקרוטובולי על ידי דינאינים. לעומת זאת, הER נעה הרחק מהגרעין על די קינזינים.

2. הER מחוברת כולה בעוד שהגולג'י מורכב ממדורים נפרדים, כמו צלחות המונחות אחת על השניה.

Front 96

מהו צד Cis וצד Trans של הגולג'י?

Back 96

צד ציס הוא הצד הפונה לER אליו הוזיקולות נכנסות. הצד הנגדי הוא צד טראנס שממנו יוצאות וזיקולות לתחנה הבאה.

בצד ציס ישנו איזור עם צינורות במקום צלחות, לאיזור זה מספר שמות;

* cis-Golgi Network (CGN)

* Vesicular-Tubular clusters (VTC)

* ERGIC - ER to golgi Intermediate Compartment

לצד הטראנס יש רק שם אחד - trans-Golgi Network - TGN.

Front 97

מהם מדורי הגולג'י?

Back 97

1. זרחון

2. הסרה של מאנוז

3. הוספה של גלוק נאק

4. הוספה של גלאקטוז

5. הוספה של NANA

Front 98

במה מצופות הוזיקולות?

Back 98

חלבונים ממברנליים שונים מהווים את הציפוי של הוזיקולה.

Front 99

לקרוא על הנצת וזיקולות ועל החזרה מהגולג'י לER

Back 99

בעמודים 183-185

Front 100

כיצד מועברים חלבונים ממברנליים?

Back 100

חלבונים ממברנליים עוברים לממברנה כאשר הסוכריםפוני לחלל הלומינלי וכאשר הם מתאחים עם הממברנה הם מופנים לצד החוץ תאי.

הצד עם הסוכרים עליו תמיד יהיה הצד החוץ תאי!

Front 101

מה זה אנדוציטוזה?

Back 101

על ידי תהליך המכונה invagination, ההנצה תהפוך לוזיקולה שתגיע לאברון מטרה איתו היא תעבור איחוי.

Front 102

מה מטרת הפינוציטוזה?

Back 102

שתייה תאית. להחזיר ממברנות לתוך התא.

Front 103

מה זה פאגוציטוזה?

Back 103

תהליך של אכילה תאית (חומצות אמינו, סוכרים וחומצות גרעין או אפילו חיידקים).

Front 104

מהו מבנה הקלטרין?

Back 104

כל חלבון בנוי מטרימר.

Front 105

תאר את תהליך ההנצה בעזרת קלטרין.

Back 105

מטען מהתווך החות תאי נקלט על ידי רצפטורים על הממברנה. חלבוני adaptin נקשרים לזנב הציטוזולי של אותם רצפטורים והם קוראיחם לחלבוני הקלטרין.

בכל קצה של טרימר יש איזור גלובולארי שהוא נקשר לאדפטין, לכל אדפטין נקשר גם רצפטור ממברנלי יחד עם המטען שהוא נושא מהתווך החוץ תאי.

ככל שנקשרים יותר קלטרינים כך הם יוצרים יותר ויותר את מבנה הכלוב וככל שהכלוב מתגבש מתחילה ההנצה של הממברנה.

לאחר יצירת הכלוב מגיע חלבון בשם דיאנמין אשר חונק את הממברנה המחברת את הוזיקולה ובעזרת הידרוליה יש חניקה סופית וניתוק של הוזיקולה מהממברנה הציטופלזמטית.

לאחר מכן הוזיקולה עוברת תהליך של Uncaoting הדורש ATP.

Front 106

מהם שלושת התהליכים שיכולים לקרות לאחר האנדוציטוזה?

Back 106

1. מחזור (Recycling) - חזרה של וזיקולות מהאנדוזום המוקדם לממברנה הפלזמתית.

2. התפרקות (Degradation) - וזיקולה מהאנדוזום תישלח לליזוזום, שם כל תכולתה תפורק על ידי אנזימי הפירוק.

3. העברה (Transcytosis) - העברה של חומרים מקצה אחד של התא לקצה השני, חשוב מאוד בתאים פולאריים כמו תאי האפיתל.

Front 107

מהו תפקיד העיקרי של הליזוזום?

Back 107

דגרדציה של מאקרומולקולות חוץ תאיות.

Front 108

מהי תכולת הליזוזום?

Back 108

מכיל פי 100 יותר פרוטונים מאשר הציטוזול, מכיל הידרולאזות חומציות.

ההידרולאזות יכולות להיות נוקליאזות, פרוטאזות, גליקוסידאזות, ליפאזות, פוספטאזות, סולפטאזות וכן הלאה.

Front 109

כיצד מגיעים אנזימים ליזוזומליים לליזוזום?

Back 109

האנזימים מסונתזים בציטוזול אך מועברים לER, משם לגולג'י ומשם לליזוזום.

Front 110

כיצד הגולג'י יודע שהם מיועדים לליזוזום?

Back 110

אנזימי הליזוזום מכילים סטרוטורה מיוחדת של סוכרים מסוג N הנקשרים למאנוז שעבר מודיפקציה של זרחון ההידרוקסיל היושב על פחמן 6.

סימון זה מכונה:

M6P - Mannose 6 phosphate