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39 Cards in this Set
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Qu’est-ce qu’un médicament ? |
Un médicament est un mélange de molécules actives et d’excipients |
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Dans l’antiquité, sur quoi était basée la recherche ? |
Elle était basée sur de l’empirisme |
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Avant 1980, sur quoi était basée la recherche ? |
On faisait des modification chimiques mais celles-ci étaient faites au hasard |
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Et maintenant, sur quoi est basée la recherche ? |
Désormais, elle est basée sur des modèles prédictifs |
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Que recherchent les chercheurs aujourd’hui ? |
Ils recherchent des molécules hyperactives dans de nouveaux domaines |
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D ‘où sont issues. La plupart des molécules connues ? Donner un exemple |
Elles sont issues d’un savoir faire ancestral, comme l’aspirine |
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Qu’est-ce qui joue un role essentiel dans la découverte de molécules actives ? Donner un exemple. |
Ce sont les chimiothèques. Nous pouvons prendre l’exemple de l’AZT, une molécule active anti-VIH |
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Quelle est le point commun entre la plupart des molécules ? Comment on appelle ceci ? |
Elles ont une grande similitude, c’est le principe de « Drug-likeness » |
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Sur quoi se base le principe de « Drug-Likeness » ? Qu’est-ce que ce principe apporte ? |
Il se base sur les 5 règles de Lipinski. Elles apportent un cadre normatif permettant de déterminer un domaine médicamenteux |
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Quel est l’objectif de chaque projet de recherche ? |
Après avoir identifié la cible médicamenteuse, l’objectif est de trouvé une molécule dire « hit » ou dite « touche » |
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Qu’est-ce qu’un hit ? |
Un hit, c’est une molécule ayant une activité prometteuse mais qui n’a pas été encore assez optimisée pour devenir un médicament |
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Quelles sont les méthodes pour déterminer un hit ? |
-Approche à partir de substance naturelle -Criblage à haut débit -Modélisation moléculaire |
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Qu’est-ce que le criblage à haut débit ? |
C’est une synthèse rapide et automation de milliers de molécules par jours in vitro. Un robot fragmente plusieurs molécules qui vont ensuite être assemblées dans un certain ordre. On vérifie ensuite la positivité des molécules nouvellement synthétisée C’est le High Throughput Screening ( HTS ) |
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Qu’utilise la modélisation moléculaire ? |
Elle utilise la chimie calculatoire |
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Quelles sont les différentes phases dans la conception d’un médicament ? |
-Phase de recherche et de développement in vitro -Phase préclinique in vivo -Phase clinique sur l’Homme -AMM |
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Quand est-ce qu’on pose un brevet ? |
On pose un brevet après la phase de recherche et développement, après avoir découvert un « lead » |
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Qu’est-ce qu’un lead ? |
Un lead, c’est une molécule ayant subit des modifications mais pas encore assez pour être un médicament |
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De quoi est le résultat de la recherche et du développement de molécules actives ? |
C’est le résultat du croisement entre 3 services : -Modélisation moléculaire -Synthèse chimique -Évaluation biologique |
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Quelles sont les principales cibles d’un médicament ? |
-Enzymes -Récepteurs -Canaux ioniques, transporteur -Agents intercalants de l’ADN ou drogue anti sens |
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Qu’est-ce que permet la modélisation moléculaire ? |
Elle permet de faire des simulations de : -réactions chimiques, -structures; -interactions |
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Quel est l’objectif des méthodes de calcul ? |
L’objectif est de minimiser l’énergie interne d’une molécules afin d’obtenir la conformation la plus stable |
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Quelles sont les deux méthodes de calcul ? |
Ce sont : -La mécanique quantique -La mécanique moléculaire |
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Quel est le but de la mécanique quantique ? Quelles sont ses applications ? |
C’est de déterminer les orbitales moléculaires et de déterminer l’ordre des liaisons On utilise donc la réactivité moléculaire, le calcul des propriétés physico-chimiques ( moment dipolaire, charge… ), les propriétés RMN, IR… |
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Quel est le but de la mécanique moléculaire ? |
C’est de déterminer l’énergie interne d’une molécule |
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Quelle est la méthode de représentation de la mécanique moléculaire ? |
On représente les atomes comme des boules indéformables, chargées et on représente les liaisons comme des ressorts |
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Quelles sont les champs de force utilisées en mécanique moléculaire ? |
-AMBER ( AN/aa ) -CHARMM ( aa et protéines ) -COMPASS ( matériaux en phases condensées ) -MMFF94 ( petites molécules ) |
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Quelles sont les applications de la mécanique moléculaire ? |
On a une optimisation géométrique mais pas de réactivité moléculaire, on peut faire du docking |
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Quels sont les algorithmes utilisée pour l’optimisation géométrique ? |
-Simplex ( rapide mais ne permet pas de trouver la meilleur conformation -Gradient conjugué ( la plus utilisée ) -Newton-raphson ( calcul très lourd ) |
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Dans le cas de la dynamique moléculaire, qu’utilise-t-on ? |
On utilise la flexibilité de la molécule en utilisant le relation de Newton : F(t)=m*a(t) |
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Quelles sont les différentes simulations en dynamique moléculaire ? |
-NPT ( pression et température constante, la plus utilisée ) -NVT ( volume et température ) -NVE ( volume et énergie ) -NPH ( pression et enthalpie ) |
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Peut-on créer un modèle à partir d’une séquence ? Qu’est-ce qui est tout de même privilégié ? |
Oui, on peut mais nous ne sommes pas sûr que ce soit la bonne conformation. Ce sont les données expérimentales qui sont privilégiées |
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Quelles sont les moyens utilisées pour obtenir une conformation à partir de données expérimentales ? |
On utilise la cristallographie sous rayon X et la RMN-2D |
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Qu’est-ce qu’une structure « Fold » ? |
C’est une structure 3D qui a une grande analogie de séquence peptidique avec une autre chaîne qu’on cherche à modéliser |
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Quel est le taux d’homologie nécessaire pour faire du drug design ? |
Le taux est de 70% |
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Qu’est-ce que le docking ? A quoi est-il couplé ? |
Le docking, c’est l’interaction entre un ligand et son récepteurs, il est couplé au scoring pour déterminer l’interaction entre les deux |
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Que propose les logiciels comme modèle aujourd’hui ? |
Aujourd’hui, les modèles proposer des molécules flexibles et un récepteur rigide |
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Quels sont les effets des AINS ? |
Les AINS ont des effets analgésiques, antipyrétiques et anti-inflammatoire |
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Combien y-a-t-il de pharmacophores ? |
Il y en 7 |
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Quelle est le type d’approche qu’offre le pharmacophore ? |
C’est une approche structure/activité non quantitative |
