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30 Cards in this Set
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1) di cosa ha bisogno e come si svolge la reazione del DNA? |
Per la replicazione del DNA sono necessari 4 dNTP, deossiribonucleosidi trifosfato e un complesso innesco stampo primer-template che ha un’estremità 3’H libera. Questo complesso può essere a DNA (ad esempio con la PCR nei laboratori) o a RNA (usato dalle cellule). C’è una reazione a doppio filamento, la DNA polimerasi allunga la sezione 3’ dell’innesco e aggiunge nucleotidi, il filamento quindi cresce in direzione 5’-3’. |
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2)come si svolge la reazione catalisi/polimerizzazione? |
La reazione di catalisi/polimerizzazione prevede che si vada a colpireil fosfato alfa liberando pirofosfato (demolito da enzima pirofosfatasi) e determinando il legame fosfodiestere con un nuovo nucleotide. |
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3) com’è struttura la DNA polimerasi? |
La DNA polimerasi sembra una mano destra che va ad afferrare l’innescostampo. Nella DNAp abbiamo 3 domini: stampo, innesco e dNTP. “Dita”e “pollice” (dNTP e stampo) sono costituiti prettamente da alfa eliche, il“palmo” (innesco) da beta foglietti. |
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4)come ripara le coppie la dna polimerasi? |
processo riconosce e ripara le coppie attraverso - attività esonucleasica 3’5’. Laripetizione di questi eventi fa sì che ci sia un errore solo ogni tot basi. La tautomeria della guanina porta ad un appaiamento sbagliato. T 5’si lega a G 3’, quando questa forma enolica rara torna alla forma corretta si crea una mutazione puntiforme. Se questa forme, invece, non viene riparata si fissa il mismatch. |
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5)come si intende per forca replicativa e che struttura ha? |
tratto da aprire, a quel divello la DNAp è altamente processivagrazie al fatto che ha degli aiutanti, cioè le proteine sliding clamps (=pinze scorrevoli). Hanno unastruttura simile dimerica o trimerica e un foro centrale dove andrà poi il DNA. Il nuovo filamento viene sintetizzato in posizione 5’-3’. Entrambi i filamenti vengono sintetizzati simultaneamente a livello della forca replicativa ma in modo asimmetrico. |
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6) cos’è il replisoma? |
complesso di tutte le proteine che operano a livello della forca di replicazione. Glienzimi che agiscono a livello della forca replicativa. |
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7)cos’è la dna elicasi? |
svolge i filamenti del DNA circondando uno dei due singoli filamenti vicino alla forcareplicativa e rompendo i legami H e le interazioni idrofobiche tra le basi delle due catene di DNA. Non appena viene aggiunta dall’ATP al complesso, la DNA elicasi inizia a muoversi lungo il singolo filamento di DNA in direzione della forca replicativa non ancora denaturata. Si comporta da nuotatore molecolare, capace di scorrere attivamente sul DNA consumando ATP. Il passaggio coordinato delle sei subunità da una conformazione all’altra genera il movimento dell’elicasi. |
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8)cosa sono le SSB? |
proteine monomeriche che si legano al DNA a singolo filamento stabilizzando la struttura prima della replicazione. La presenza di una SSB facilita il legame di un’altra SSB sul tratto di DNA adiacente (legame cooperativo) |
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9)cos’è la RNA PRIMASI? |
sintetizza corti primer a RNA (5-10 nucleotidi) usando come stampo DNA a singolofilamento. La frequenza con cui interviene sui due filamenti di DNA è molto differente (quello discontinuo può richiedere centinaia di frammenti di Okazaky, ciascuno con il suo primer). La sua attività aumenta significativamente quando si unisce all’attività della DNA elicasi sulla forca replicativa. |
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10)cos’è la topoisomerasi?: |
superavvolgimenti sono introdotti dalla DNA elicasi, mentre disavvolgela doppia elica, la topoisomerasi procede con la rimozione dei superavvolgimenti positivi. |
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11) qual’è la caratteristica della replicazione del dna dei procarioti?: |
l’iniziatore DNA A è l’unico componente che interagisce in modo sequenza-specifica. |
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12)com’è struttura l’ RNA polimerasi? |
DNA polimerasi III core (=Pol III core) rappresenta ilnucleo catalitico dell’enzima ed è costituita da 3 subunità:-alfa, con attività polimerasica 5’-3’, coinvolta nell’inizio di nuove catene, Polἀ-epsilon, con attività esonucleasica di correazione delle bozze 3’-5’, sint. filamento guida, Polἐ-teta, con attività di stimolazione delle endonucleasi, sintetizza il filamento discontinuo.
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13)quali sono DNA polimerasi replicazione DNA? |
forca replicativa è più complessa negli eucarioti che nei batteri.Le DNA polimerasi si specializzano, tra quelle eucariotiche troviamo ad:-Polἀ, sintesi dell’innesco (primer) grazie alla suacomponente ἀ primasi che lei stessa riconosce-PolỼ, sintetizza il DNA sul filamento discontinuo,ripara per escissione delle basi e dei nucleotidi-Polἐ, sintetizza il DNA sul filamento guida, avvieneuna riparazione per escissione delle basi e deinucleotidi Nella replicazione del DNA eucarioticoavviene lo switching delle polimerasi |
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14)qual’è la fase di replicazione degli eucarioti? |
replicatori (ori) vengono inattivati dallareplicazione del DNA negli eucarioti, icromosomi eucariotici vengono replicatiuna sola volta ogni ciclo cellulare, le oridegli enzimi si attivano una sola volta perciclo cellulare, durante la fase S delciclocellulare tutto il DNA viene replicatouna e una sola volta, l’attivazione delreplicatore parentale determina il bloccodell’attivazione dei replicatori sullemolecole di neosintesi fino al ciclo cellularesuccessivo, il legame ORC- ATP nondenatura da solo i filamenti ma richiama laDNA elicasi eucariotica sul replicatore diDNA. |
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15)quando avviene assemblaggio replisoma? |
avviene dopo l’attivazione dell’elicasi. La DNA Polἐ si associaall’ORI contemporaneamente a GINS e Cdc45 prima che il DNA parentale a doppio filamento venga svolto. COMPLESSO CMG: Cdc45 + Mcm2.7 (elicasi) + GINS (proteina attivatrice)=segnale attivazione primasi. L’attivazione dell’elicasi modifica le interazioni dell’elicasi stessa. Il caricamento e l’attivazione dell’elicasi eucariotica avvengono in differenti momenti del ciclo cellulare. |
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16)come funzione la terminazione della relicazione? |
Se consideriamo i procarioti che hanno un genoma circolare abbiamo all’inizio la regione ORI, si originanodue genomii figli ciascuno costituito da una elica parentale e una nuova e questi due genomi rimangonolegati e grazie all azione della topoisomerasi di tipo due,i genomi vengono separati.Il problema si pone sui cromosomi eucariotici lineari, perche abbiamo il problema della duplicazione delleestremità dei cromosomi chiamate telomeri. |
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17)qual’è il meccanismo di salvaguardia contro l’accorciamento dei telomeri? |
meccanismo che impedisce al cromosoma di accorciarsi sempre di più e che quindi si vadano a perdere dei geni e quindi l’informazione e per evitare questa situazione interviene un’enzima che si chiama TELOMERASI. Questo enzima mantiene le estremità 3’ del telomero sempre più lunghe del 5’, i telomerinon sono piatti come sono dimostrati nei disegni, in realtà il telomero vero è sempre caratterizzato da avere un filamento 3’ che è più lungo rispetto al 5’; questo è un meccanismo di salvaguardia perchè la regione più lunga in 3’ non è codificante e quindi ci possiamo permettere di accorciarla un pò senza rovinare la vita della cellula. |
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18)quali sono i 2 aspetti della mutabilità e riparazione del DNA? |
Doppiamo distinguere due aspetti• fedelta della duplicazione• riparazione sul DNALa DNA pol ha frequenza di errore intorno 10 >-7, se sbaglia mentre è in corso la duplicazione può darsi checi sia un errore di duplicazione, quindi esistono meccanismi che correggono errori in duplicazione.I meccanismi di correzione non vanno confusi con i meccanismi di riparazione dei danni sul DNA, in questocaso non intervengono i meccanismi di correzione di errori ma meccanismi di riparazione di danni sul DNA.Questi due meccanismi non vanno confusi. |
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13)quali sono i meccanismi di correzione errori della replicazione? |
La fedeltà della duplicazione è garantita dalle caratteristiche del sito attivo della DNA polimerasi e accanto alla sua fedeltà esiste il meccanismo di profreeding cioè di correzione delle bozze.E’ importante che ci siano delle mutazioni, perchè l’evoluzione si basasu questa, se i cianobatteri non fossero andati incontro alle mutazioniora ci sarebbero solo quei determinati organismi., ovviamente deveessere poco mutato. |
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20)meccanismo di mismatch? |
Abbiamo bisogno di un meccanismo che deve identificare il punto in cui c è il mismatch e quindi il sistemasi basa sulla geometria della doppia elica, in altre parole il sistema di correzione riconosce la distorsione che deve essere riparata velocemente altrimenti quell’errore verrà fissato sul DNA senza che ce ne accorgiamo. Quindi bisogna riconoscere il nucleotide sbagliato, il sistema di riparazione deve vedere l’appaiamento del filamento templato e riconoscere il nucleotide sbagliato. |
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21) riconosciuta da rimuovere? |
meccanismo che preveniva la ripartenza della duplicazione sulle origini era quello del fatto che l’elica parentale è completamente metilata mentre dopo che è passata la forca, il filamento nuovo non è ancora metilato. SE L’ERRORE è stato quello della DNA polimerasi significa che non ha messo il nucleotide giusto,avrà sbagliato su quella vecchia ( filamento parentale).La MuttS riconosce la distorsione, MutH fa il taglio sul frammento non metilato cosi una attività esonuclasica rimuove corta sequenza e la ligasi unisce dopo che la polimerasi aggiunge nucleotdi. |
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22)quali sono i danni sul DNA? |
Non si parla di cellula in duplicazione, ma quando la cellula è in interfase è il genoma che deve essere riparato da danni che possono essere apportati allo scheletro del DNA da agenti fisici o chimici.Quello più frequente che avviene in ogni estate in cui viviamo è il danno che viene apportato dall’acqua, cioè il danno idrolitico, l più comune è la deaminazione delle basi e la più comune che viene danneggiata è la citosina che perde il gruppo NH2 e al posto aggiunge C=O che viene convertita in uracile e quindi viene facilmente riconosciuta dai meccanismi di riparazione. |
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22)quali sono i meccanismi di riparazione del DNA? |
Si preoccupano di riparare i danni. Esistono due grandi categorie di meccanismi di riparazione del dannosul DNA:• Meccanismi in cui la riparazione è diretta• Meccanismi di riparazione indiretta |
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24) quali sono i meccanismo di riparazione indiretta? |
Sono quelli che prevedono la rimozione della base alterata e la sua riparazione successiva dalla dnapolimerasi che copia usando filamento stampo sano.Assumiamo che in un punto del dna ci sia stata deaminazione della citosina e ci ritroviamo un uracile e ciritroviamo con un mismatch. Cosa succede?Due meccanismi alternativi:-Meccanismi di riparazione per escissione di basi-Meccanismi di riparazione per escissione di nucleotidi |
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25)qual’è il meccanismo per l’escissione di basi? |
interviene un membro della famiglia delle dna glicoailasi che sono enzimi in grado di idrolizzare legame n-GLICOSIDICO che lega la base allo zucchero della catena polinucleotidica. C’e da ricordare che le glicosilasisono specifiche per il danno, sono dedicate proprio al danno, esiste una dna glicosilasi che è in grado di riconoscere l’uracile e di riconoscere il danno: se ne conoscono più di 11 glicosilasi specifiche per tipi di base. Tolto l’uracile si genera un punto abasico (non esiste nessun enzima che sia capace di aggiungere una base allo zucchero. |
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come avviene l’escissione di nucleotidi? |
quello più frequente perchè jn quella di escsione delle basi abbiamo le glicosilasi che riconosce unsottogruppo di lesioni, in questo meccanismo si applica a qualsiasi tipo di lesione, perchè non riconosce base alterata specifica ma riconosce la mutazione in virtù della distorsione che si genera sulla doppia elica.In questo meccanismo nei procarioti intervengono le proteine chiamate Uvr, intervengono 4 attori Uvr A-B.C-D. |
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che facciamo con una rottura della doppia elica? |
Se sulla doppia elica arriva un raggio X che rompe scheletro e si porta dietro via qualche nucleotide si genera la regione in cui mancano nucleotidi la polimerasi copia dal filamento non mutato e il gioco è fatto. |
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28) cos’è la ricombinazione omologa? |
Le rotture di DNA a doppia elica si presentano con gli errori nella replicazione del dna e nell'esposizioneagli agenti nocivi quale radiazione ionizzante. Questo tipo di danno del DNA deve essere riparato per mantenere l'integrità genomica e per impedire la crescita incontrollata delle cellule. La ricombinazione omologa è un meccanismo per la riparazione delle rotture di DNA a doppia elica. Comprende lo scambio di sequenze di nucleotide per riparare le basi nocive su entrambi i fili di DNA con l'utilizzazione di un segmento omologo del cromosoma. |
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29)cos’è la giunzione festa? |
struttura cruciforme che contiene quattro armi a doppia elica. Funziona comecomposto intermedio durante la ricombinazione omologa con l'accoppiamento delle due eliche omologhe del DNA e lo scambio reciproco di due dei quattro fili. Le proteine poi interagiscono con la giunzione per muovere il punto dell'incrocio in cui le eliche del DNA si uniscono per estendere il DNA dell'eteroduplex. |
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30)cos’è la via DPSR per la riparazione a doppia elica irrompe il DNA? |
Ci sono due vie da cui a doppia elica irrompe il DNA sono riparati tramite la ricombinazione omologa. Dopo che lo scambio del filo e la sintesi del DNA, la via della riparazione della rottura del doppio (DSBR) filo comprende la formazione di seconda giunzione di festa fra un 3' segmento del DNA non non in questione nell'invasione del filo ed in un cromosoma omologo. |
