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22 Cards in this Set
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Methoden für Quantitative Proteomik Gel-based methods? |
- 2 dimensionale Gel-Elektrophorese (2D-GE) - differentiale Gel-Elektrophorese (DIGE) |
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Methoden für Quantitative Proteomik Label-free methods? |
- Spectral Counting - Peptid Chromatographische Peak Intensitätsmessungen |
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Methoden für Quantitative Proteomik Stable isotope-labeling methods? |
- Chemische Reaktion (ICAT, iTRAQ, ICPL) - Metabolic labeling (SILAC, N-15) - enzymatische Reaktion (O-18) |
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Metabolic vs. chemical labeling? |
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Was ist SILAC? |
Stable Isotope Labeling by Amino Acids in Cell Culture |
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Was ist die Arg to Pro Conversion? Wie kann es vermindert werden? |
- Arginin kann in der Zelle zu Prolin umgewandelt werden Verminderung: durch Zugabe von Prolin zum Medium |
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Was ist Pulsed SILAC? |
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SILAC vs 15-N-Labeling? |
SILAC: - metabolisches labeling - 13-C6-Arg & 13-C6-Lys -Limitiert durch Zellkultur - Schwierig in Pflanzen - Limitiert durch Trypsin 15-N-Labeling: - Metabolisches Labeling - Alle N Atome - einfach in Pflanzen, Hefe, C. elegans, Bakterien - schwierig in Säugetier-Zellkultur |
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Dimethyl-Labeling - Eigenschaften? |
- Kosteneffizient - Einfach durchzuführen - Selektive Reaktion - Einfache Gruppen bleiben erhalten |
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Enzymatische 18-O Labeling - Enzymatische Einlagerung von 2 18-O verändert Peptidmasse um ___? |
4 Da |
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18-O-C Bindungen sind _____? |
ausreichend stabil |
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Isotop Peaks von gelabelten udn ungelabelten Peptiden können wie unterscheiden werden? |
durch hochauflösende MS |
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Was ist Isobaric labeling? Welche 2 kommerziellen isobaren Markierungen gibt es? |
Ist eine qualitative massenspektrometrische Methode Proben werden mit unterschiedlichen Markierungen versehen, die isobar sind (gleiche Masse), aber im Massenspektrometer unterschiedlich schwere Fragmente ergeben. kommerziell verfügbare Isobarenmarkierungen: - Tandem Mass Tags (TMT) - iTRAQ |
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Was ist das iTRAQ Labeling? |
= isotope Tagging for Relative and Absolute protein Quantitation |
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Was ist TMT Labeling? |
= Tandem Mass Tags |
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Was sind die vier Bereiche eines TMT Labels? |
- Massenreporterbereich - spaltbarer Linker Bereich - Massennormalisierungsbereich - reaktive Gruppe, die an das Biomolekül bindet |
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Wie ist der Ablauf des AQUA Approach´s? |
1. Auswahl geeigneter synthetischer Peptide für die Quantifizierung 2. Ordnung der synth. Peptide, die mit heavy isotopes gelabelt wurden und quantifizierung durch Aminiosäureanalyse 3. Hinzufügen einer bekannten Menge der AQUA Peptide zur Probe 4. Verdau 5. Analys drch LC-MS/MS |
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Was ist QconCAT? |
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Was ist QUICK? |
= Quantitative Immunoprecipitation Combined with Knockdown |
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PTM? |
Posttranslationale Modifikation |
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Was sind die 6 Häufigsten PTMs? |
1. Phosphorylierung 2. Ubiquitinierung 3. N-linked Glycosylierung 4. Acetylierung 5. O-linked Glykosylierung 6. Methylierung |
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PTMs haben oft _______? |
ungünstige Eigenschaften die die Detektion mittels MS beeinträchtigen |
