Use LEFT and RIGHT arrow keys to navigate between flashcards;
Use UP and DOWN arrow keys to flip the card;
H to show hint;
A reads text to speech;
34 Cards in this Set
- Front
- Back
|
verschil direct en vesiculair transport |
direct: non secretory pathways --> nucleus, mirochondrien, peroxisomen, ER vesiculair: secretory pathways --> ER; GOlgi, endosomen, lysosomen |
|
|
6 stappen nonsecretory pathways = directi transport |
1. synthesis of proteins lacking an ER signal sequence is completed on free ribosomes 2. those proteins remain in the cytosol 3. proteins with signalsequence for an organelle are first released into the cytosol and then imported into mitochondria, chloroplasts, peroxisomes or nucleus 4. mitos and chloros: proteins have to pass 2 membranes to reach matrix or stroma resp. 5. other proteins are sorted to subcompartments by additional sorting steps 6. nuclear proteins enter and exit via pores in the nuclear envelope |
|
|
principe secretory pathway algemeen = vesiculair transport, 3 stappen |
1. ribosomes synthesizing nascent proteins are directed to rER by ER signal sequence 2. after complete translation the proteins move to Golgi via transport vesicles 3. further sorting brings them to a plasma membrane b lysosomes |
|
|
gedetaileerd stappenplan vesiculair transport 9 stappen |
1. co-translational transition to ER, some proteins remain in ER 2. other proteins are packaged into vesicles --> cis Golgi 3. missorted ER resident proteins/vesicle membrane proteins go back from cisGolgi to ER 4. cisternal maturation 5. retrograde transport vesicles move Golgi-resistent proteins to the proper Golgi compartment 6. constitutieg secretrion of a few proteins via vesicles to cell membrane 7. regulated secretion as in 6. but only after neuronal or hormonal signal 8. lysosome-destined proteins go via endosome to lysosome 9. endocytic pathway: extacellulair proteins are taken up and brought also to endosome and lysosome |
|
|
verschil basolaterale/ apicale secretie |
basolaterale secretie: naar matrix apicale secretie: naar lumen |
|
|
leg uit: budding, fission, fusion |
budding = fission: opname van extracellulair materiaal in vesicle naar cytosol, ook bv proteinen die in de CM zitten --> endocytose fusion: fusie van een vesicle die in het cytosol zwemt met CM --> exocytose |
|
|
welke weg door de cel gaat de a) secretory pathway b) endocytic pathway |
a) ER --> plasmamembraan/extracellulaire ruimte/lysosomen b) buiten/plasmamemtbraan --> bv lysosoom |
|
|
3 belangrijke technieken in onderzoek vesiculair transport |
1 GFP 2 VSVG vesicular stomatitis virus glycoprotein 3 mutanten |
|
|
wat weet je over GFP in het algemeen? |
- doorbraak trafficking veld - targeten verschillende organellen - GFP fusie met signaalsequentie |
|
|
Wat weet je in het algemeen over VSVG |
- fusie met GFP --> VSVG-GFP - 40 graden celsius: misgevouwen --> blijft in ER - 32 graden celsius: goed gevouwen --> exocytose |
|
|
Wat weet je in het algemeen over het gebruik van mutanten voor trafficking onderzoek? |
- Gist sec mutanten vaak gebruikt --> temperatuur afhankelijk defect in secretie van metabole enzymen - vijf klassen, ingeeeld naar site waar de nieuw aangemaakte proteinen akkumuleren, als de cellen uit de tolerante temperatuur naar een hogere, niet tolerante, temperatuur worden gebracht, accumulatie in: Class A: cytosol Class B: rER Class C: ER-to-Golgi-vesicles Class D: Golgi Class E: secretory vesicles |
|
|
hoe werkt de cargo selectie bij vesicle formatie? |
1. initiatie door recruitment small GTP-binding protein aan donor membraan 2. coat protein complexes binden aan cytosolic domein van membraancargo eiwitten 3. sommigen van de membraan cargoeiwitten binden ook soluble proteins aan de lumen kant --> recruiting cargo into vesicle |
|
|
- noem 3 coat eiwitten - wat is de belangrijkste functie? |
- clathrin, COP I, COP II - vormen kooi-structuur rond vesicles |
|
|
Welke coat eiwit is betrokken bij welke vesicle transports? |
COP II: ER to cis-Golgi COP I: cis-Golgi to ER, later to earlier golgi-cisternae Clathrin and adapter-proteins: trans-Golgi to endosome and lysosome, CM to endosome, |
|
|
Welke GTPase is betrokken bij welke cage eiwitten? |
COPII: Sar1 COPI en Clathrin: ARF |
|
|
Wat weet je over anterograde transport? gist |
- van ER naar Golgi - cage eiwit: COPII - GTPase: Sar1 - 3 stappen: 1 vesicle budding: recrutering en assembly van COPII op ER 2 uncoating en anterograde transport 3 vesicle docking en fusie met cis-Golgi |
|
|
Wat weet je over retrograde transport? gist |
- van Golgi naar ER - cage eiwit: COPI - GTPase: ARF - 3 stappen: 1 vesicle budding recrutering en assembly COPI op cis Golgi 2 uncoating en retrograde transport 3 vesicle docking en fusie ER |
|
|
met behulp van welke eiwitten gebeurt vesicle docking aan ER of cis Golgi membraan tijdens anterograde en retrograde transport? gist |
SNARE eiwitten |
|
|
welke eiwitten worden retrograde getransporteerd?
|
- verkeerd gevouwen eiwitten - recycling ER - eiwitten met functie in andere Golgi compartment worden ook retrograde tussen compartments getransporteerd |
|
|
Wat is anders in dieren bij de transportroutes tussen ER en Golgi? |
- complexer - ERGIC intermediate compartment tussen ER en Golgi
|
|
|
Wat weet je over inner en outer coat van COPII vesicles? |
inner coat: Sec 23 en Sec 24 outer coat: Sec 13 en Sec 31 - inner coat eiwitten recruteren cargo en outercoat - sec24 herkent ER export-signalen op cargo eiwitten 1. direct: cytosolische staart transmembraaneiwit met export signaal bv di-acidic 2. indirect: via membraan receptor met export signaal |
|
|
welke kleine GTPase families reguleren vesiculair intracellulair membraantransport? |
1. Rab-familie 2. Sar/Arf-familie |
|
|
wanneer zijn kleine GTPases actief/inactief en hoe wordt dat gereguleed? |
- actief in cytosol, inactief als membraangebonden - GEF maakt inactief --> actief - GAPs activeren GTPase tot GTPas activiteit -->inactieve staat |
|
|
Hoe werkt bij COPII vesicles in detail de Sar1 activatie en coat assembly? |
- GTP loading GTPase Sar1 door Sec12 - Sar1 afhankelijke recrutering en assembly coat subunits - recrutering cargo eiwitten direct en indirect - recrutering aan target organel bindende Rab en SNARE eiwitten |
|
|
Hoe werkt in detail het uncoating van COPII vesicles? |
- vesicle budding - outer coat activeert GAPs die Sar1 deactiveren - disassembly coat - exposure Rab en SNARE eiwitten voor vesicle docking en fusie |
|
|
Hoe werkt de cargo selectie voor COPI vesicles in retrograde transport? |
1. direct: cytolytisch staart van transmembraaneiwit bevat ER retrieval signaal b.v. KKXX 2. indirect: via membraanreceptor met ER retrieval signaal dat lumenale cargo eiwitten bindt b.v. KDEL
--> binding alleen in zure omgeving
|
|
|
welke 2 belangrijke stappen horen bij eiwitprocessing in golgi? |
1. Glycosylering 2. Proteolytic cleavage |
|
|
Hoe werkt de glycosylering in Golgi? |
- steeds complexer hoe verder richting trans - suiker-nucleotide precursors uit cytosol - specifieke suiker transferase enzymen N-glycosylering: aan stikstof atoomvan aspargine O-glycosylering: aan zurstof atoom |
|
|
hoe kun je N-linked glycosylering volgen met biochemie? |
massaspectometri |
|
|
hoe kun je het transport van een membraan glycoprotein volgen van ER naar Golgi? |
- experiment gebaseerd op sensitivity to cleavage by endoglycosidase D - cellen met temperatuur-gevoelig VSVG protein worden gelabeld met een puls van radioactieven aa op niet-permissive temperature --> protein blijft in ER - Lodish exp. figure 14.3 |
|
|
Wat kun je leren over glycosylering van experimenten met mutanten? |
voorbeeld: Exp. Lodish 14.5 - fibroblast cellijnen met defecte glycosylering - cellen zonder N-glycosamine transferase I |
|
|
waarom is het moelijk vesiculair transport met een LM te onderzoeken? |
LM resolutie > 200nm vesicle diameter ca. 20-50 nm |
|
|
hoe werkt bij de eiwitprocessing in Golgi de proteolytic cleavage? |
- veel gesecreteerde eiwitten worden gesynthetiseerd in inactieve pro-vorm - worden geknipt door endoproteases in trans-Golgi netwerk TGN - constitutief en regulated secreted proteins are cleaved differently |
|
|
Hoe werkt de eiwitsortering inhet Trans Golgi netwerk? |
1. recycling naar transgolgi 2. lysosomale targeting 3. endosomale targeting - direct naar endo-/lysosoom - indirect via CM 4. constitutieve exocytose 5. regeruleerde exocytose |
