Biokjemi Oppgaver

Front 1

Hvilken aminosyre har den største konformasjonsfleksibiliteten av sin sidekjede?

Back 1

Glycin, ( lysin, av følgende ( lysin, alanin, prolin, cystein)

Front 2

Hvordan deles de 20 aminosyrene inn?

Back 2

Polar , ikke polar, syrlig og basiske aminosyrer.

Front 3

Hvordan skiller en konfigurasjon og konformasjon?

Back 3

Ved konfigurasjon krever bryting av bindinger mens dette behøves ikke ved konformasjon.

Front 4

Hvordan danner en polymerer?

Back 4

Ved kondesasjonsreaksjoner.

Front 5

Hva viste Ramachandran?

Back 5

Han viste de tillate bind. vinkelrotasjonene som var mulig for sekundære strukturer grafisk i et plot. Basert på sterisk hindring.

Front 6

Hva viser alle de skraverte områdene i et Ramachandran plot?

Back 6

De vanligste kombinasjonene av bindingsvinkler i et protein.

Front 7

Hvorfor bryter prolin ofte strukturen til alfahelikset?

Back 7

Den har ingen frie hydrogen til å danne en binding med karbonyl på grunn av imino ringen.

Front 8

Beskriv overflaten av en lipid dråpe (droplet). Hvorfor er fosfolipider bra på å lagre TAG?

Back 8

Som et monolag av fosfolipider + et nettverk av perilipin. 2) deres hydrofile hode er plassert mot cytosol og deres hydrofobe hale er plassert mot TAG.

Front 9

Hvordan hjelper undercellulære lokalisering å regulere lipolyse i en stimulert fettcelle? ( adipocyte)

Back 9

Den første og andre lipasen må bli rekrutert til lipid dråpen for å bli være aktiv.

Front 10

Beskriv de to trinnene som beskriver hormonregulering av TAG metabolisme?

Back 10

Catecholaminer utløser en signalkaskade som aktiverer en nøkkel kinase. Perilipin nettverket omarrangerer for å rekrutere lipaser.

Front 11

Nevn to stoffer som finnes i høyere konsentrasjon i jordskorpen enn i levende organismer? Hva kan en si i forhold til bindingsenergi og karbon?

Back 11

Jern og silikon. 2) En kortere bindingslengde med karbon sammen med hvis karbon er bundet til et mer elektronegativt atom gir en høyere bindingsenergi.

Front 12

Hvor mange ulike konformasjoner kan et molekyl danne?

Back 12

I teorien uendelig mange, men noen er mer stabile enn andre og vil derfor være mer prevalent.

Front 13

Hva er den mest passende definisjonen på en konformasjon og en konfigurasjon?

Back 13

1) Den potensielt fleksible rom arrangementet av atomer rundt fikserte bindinger i et molekyl. 2) Det fikserte arrangementet av atomer diktert av bindingene i et molekyl.

Front 14

Back 14

A1,3 B2,4..... D/L forteller om retningen som polarisert lys er rotert i et molekyl.

R/S gir spesifikk informasjon om posisjonen av gruppene bundet ved et kiralt senter.

Front 15

Hvilke underkategorier av kjemotrofer finnes?

Back 15

Litotrofer som bruker uorganiske molekyler som brennstoff og organotrofer som ekstraherer energi fra organiske molekyler.

Front 16

Hva kalles en bakterie for som bryter ned organiske forbindelser, kan ikke fiksere CO2 og bruker sollys som energi?

Back 16

Fotoheterotrof

Front 17

Hva er meningen av G termen i gibbs frie energi?

Back 17

Definerer mengden energi tilgjengelig for å gjøre arbeid i systemet.

Front 18

Likevektskonstanten Keq av en reaksjon under standard betingelser er lik 1. Hva er standard fri energi av denne reaksjonen? Under standard relasjon er reaksjonen?

Back 18

1) 0 2) Ved likevekt

Front 19

Hva beskriver den termodynamiske hypotesen?

Back 19

At den mest termodynamiske stabile konformasjonen av et protein er sin " native fold"

Front 20

Nevn to deler av eksperimentelt bevis som gav støtte til den termodynamiske hypotesen?

Back 20

RNAase A mister all sin enzymiske aktivitet ved denaturering i 8M urea. RNAase A gjenopptar aktivitet når urea er fjernet.

Front 21

Nevn to viktige konklusjoner fra Anfinsen eksperimentet?

Back 21

Proteiner danner spontant sim naturlige foldet tilstand ( native fold). Den naturlige foldet tilstanden anngir stedet av disulfid bruene.

Front 22

Gi en forklaring av paradokset i Levinthals paradoks?

Back 22

Et protein ville ikke funnet sin naturlige folding ( native state), med å gå igjennom alle mulige konfigurasjoner.

Front 23

Hva er grunnen til at proteiner raskt kan adoptere sin naturlige foldet tilstand? (native state)

Back 23

Hovedgrunnen er at det er en høy grad av samarbeid i proteinfolding.

Front 24

Hva er forskjellen på " nucleation condensation" og diffusjon kollisjon modellen?

Back 24

Nucleation condensation modellen formeres den hydrofobiske kjernen først, så en folding av sekundære strukturelementer. Diffusion collision model formeres sek. strukturer først så folding av en tertiær struktur.

Front 25

Gi en definisjon av følge. ( Formell def. heltall n som går over til an. Fra def. området-----> Funksjonsområdet

Back 25

Front 26

Alternativ def. av en følge.

Back 26

En liste av elementer som en skriver komma mellom.

Front 27

Når vil en følge konvergere?

Back 27

Front 28

I faroens egypt, i Mesopotamia før 1800 f.kr og i Hellas 400-500 brukte man tallsystemer som alle var basert på samme prinsipp. Hvilket prinsipp? I Egypt fantes to tallsystemer, begge basert på samme prinsipp, men med forskjellige symboler. Hvorfor?

Back 28

1) Addisjonsprinsippet som kom fra addisjonssystemet som ble benyttet. 2) Egypterne brukte både hieroglyfiske tegn som skulle være dekorative og hierarkiske tegn som ble laget til bokføring.

Front 29

En reaksjon er i likevekt når? En reaksjon er spontan når?

Back 29

Det finnes ingen netto forandring i konsentrasjonen av reaktantene. 2) Produktet har en lavere fri energi enn substratet.

Front 30

Hva må en gjøre for å redusere aktiveringsenergien av reaksjonen? Et enzym øker raten av reaksjonen ved å stabilisere?

Back 30

Katalysatorer minker overgangstilstanden. 2) Overgangstilstanden.

Front 31

Hvilke to faktorer kan bidra til enzymkatalyse?

Back 31

1) Svake ikke kovalente interreaksjoner mellom enzym og substrat. Midlertidige kovalente bindinger mellom enzym og substrat.

Front 32

Bindingsenergi er et bredt konsept som inneholder to viktige konsepter?

Back 32

1) Svake ikke kovalente interreaksjoner mellom substrat og enzym. 2) Energi fra desolvation av substratet.

Front 33

Desolvation er prodesern med å erstatte ?

Back 33

Substratomgivelser med enzym-substrat bindinger

Front 34

Nevn to grunner for at enzymer ikke er større enn deres aktive seter?

Back 34

Å øke substrat-enzym bindingsenergien. , Å posisjonere katalytiske spor for multiple substrat orienteringer.

Front 35

Hvorfor vil en kort peptidkjede som inneholder alle aktive sete aminosyrene fortsatt ikke klare å katalysere en reaksjon?

Back 35

Den begrensede foldingen av den korte peptidkjeden hindrer den katalytiske sporet fra å være ordentlig posisjonert.

Front 36

Back 36

Det foreslår at orienteringen av etanol er alltid den samme i det aktive setet relativt til NAD+

Front 37

Back 37

Oxaloacetat bindingen utløser en konformasjonsforandring til å promotere en acetyl Co A binding. Fra sekvensen av bindingen av de to substratene kan vi hypotisere at acetyl coA er mindre stabil enn oxaloacetat.

Front 38

Hvorfor er tyrosin, serin og threonin aminosyrer spesielt viktige i eukaryotiske enzymer?

Back 38

Disse spormengdene er fosforylerte for å regulere enzymaktiviteten.

Front 39

Hva er et zymogen? Hva er fordelen av post-translasjon modifisering?

Back 39

1) Et inaktivt forløper av et enzym som kam bli hydrolysert til et aktivt enzym.

2) Tillater proteinaktiviteten å bli skrudd av og på ved spesifikke tider. Tillater proteiner å bli skrudd av/på ved spesifikke cellulære steder, øker funksjonelle diversiteten av proteomet.

Front 40

Gi en god beskrivelse av et signal sekvens (signaling sequence)?

Back 40

En sekvens for utskillelse av et protein funnet i et ledende peptid ved N-terminalet av et protein.

Front 41

Den inaktive formen for chymotrypsin kalles for? Den lagres i?

Back 41

Chymotrypsinogen 2) Blindtarmen

Front 42

IIe16 er rettet mot? Når chymotrypsinogen er kuttet ved IIe16 av trypsin rettes IIe16 mot ?

Back 42

Innsiden av proteinet i chymotrypsinogen. 2) Innsiden og formerer en ionisk binding med Asp194 som induserer en konformasjons omarrangement som aktiverer enzymet.

Front 43

Gi en god beskrivelse av proinsulin?

Back 43

Er en inaktiv forløper av insulin.

Front 44

Hvilket protein kutter prothrombin? Hvorfor er ikke den extrinsic pathway alltid aktivert?

Back 44

Faktor X, 2) Endotelium formerer en barriere mellom vevsfaktoren og blodet slik at den ikke kan binde til sitt ligand faktor VII.

Front 45

Blodplatene funnet i ? av en blodpropp inneholder ? og er ikle thrombin avhengig mens de i ? har lite av dette proteinet. I hvilken fase binder proteinet vWF kollagen og folder seg ut på grunn av stress for å rekrutere flere blodplater til kutteåstedet?

Back 45

1) kjernen, fibrin, skallet 2) Initieringen

Front 46

Hvilket protein inhiberer vevsfaktor aktivitet? Analyse av en prøve fra en pasient med hemofili avslørte at individet formerer ikke fibrin fiberer men har høye nivåer av fibrinogen protein uttrykk og faktor x aktivitet. Hvilket protein har mest sannsynlig har en feilfunksjon mutasjon?

Back 46

TFPI. 2)Thrombin

Front 47

Gitt at det er en mutasjon i fibrinogen som hindrer den fra å bli kuttet av thrombin. Vil individet være i risiko for å utvikle hemofili, thrombose...? Bestemt om følgende protein er extrinsic eller intrinsic ; Faktor XII, faktor VII og vevsfaktor

Back 47

Hemofili. 2) intrinsic, intrinsic, extrinsic

Front 48

Beskriv et riktig utsagn om strukturen til lipider? 2 riktige utsagn om sphingosin?

Back 48

Alle lipider har et stort hydrofobisk område. 2) 1. Sphingosin har en rolle som et bakbein likt glycerol. 2. Sphingosin inneholder allerede en hydrokarbon hale. Sphingolipider har som regel en strukturell rolle i cellen.

Front 49

Glycerol kan formere triacylglycerol når?

Back 49

En fettsyre er esterifisert til hver hydroksyl gruppe av glycerol.

Front 50

Nevn en reseptor for hormoner og nevrotransmittere?

Back 50

Glykosphingolipider, befinnes på celle membran overflater. Tay-Sachs skaper en overakummulasjon av glykosphingolipider.

Front 51

Hvilke to utsagn beskriver best funksjonen av universale elektronbærerene NAD+/NADH, FAD+/FADH2?

Back 51

1) De aksepterer elektroner fra førprodukter av sitrussyklusen. 2) De donerer elektroner til elektron transportkjeden.

Front 52

Hva er den primære funksjonen av universal elektronmotakeren NADPH?

Back 52

Å donere elektroner som gir energi til anaboliske reaksjoner i cytosol.

Front 53

Nevn et molekyl som ikke er en elektronbærer som deltar i elektron transportkjeden? Hva er den endelige elektronmotakeren i ETC i mennesklige celler?

Back 53

NADPH. 2) O2

Front 54

Hvordan blir elektroner transportert slik at det genererer energi i elektron transportkjeden?

Back 54

Protoner blir overført gjennom mitokondrie membranen slik at en gradient blir bygd opp som igjen blir brukt til å gjennomføre ATP syntese.

Front 55

Beskriv Q syklusen?

Back 55

Redusert koenzym Q, QH2 overfører et enkelt elektron til cytokrom c. QH2 bærer to elektroner.

Front 56

Hva er funksjonen til kompleks 1 og kompleks 2?

Back 56

Å overføre elektroner fra universale elektronmottakere ( NADH, FADH2) til koenzym Q

Front 57

Hvor mange protoner blir overført over mitokondrie membranen fra to molekyler NADH via ETC? Hvor mange vannmolekyler blir dannet via transporten av elektroner fra NADH? Hvor mange oksygenmolekyler blir forbrukt via transporten av elektroner fra molekylene av NADH?

Back 57

20 protoner , 2) 2 vannmolekyler 3) 1

Front 58

Hvordan er en elektrokjemisk gradient koblet til ETC?

Back 58

Den exergoniske transporten av elektroner er direkte koblet til den endergoniske overførselen av protoner fra mitokondrie matrisen til intermembranrommet.

Front 59

Hva er funksjonen av statoren i ATP synthase? Hva er funksjonen av c ringen i ATP synthase?

Back 59

1) Den holder en komponent av ATP synthase stille slik at den ikke kan rotere med henhold til stengelen.2) Den roterer mens protoner passerer gjennom a kjeden og overfører rotasjonen til en asymmetrisk stengel.

Front 60

Hva er de to komponentene av F0 underdelen av ATP synthase? Hva er funksjonen av strukturen formert av gamma og epsilon underdelen av ATP synthase?

Back 60

1) c-ring og a kjeden. 2) Formerer den asymmetriske stilken som forandrer konformasjon av ATP synthase.

Front 61

Hvordan promoterer ATP synthase den endergoniske syntesen av ATP fra ADP? I hvilke konformasjon er ATP syntetisert?

Back 61

Via overførselen av en fosfatgruppe fra et høyere energi molekyl ATP-ADP. Substratnivå fosforylering. 2) T konformasjonen

Front 62

I hvilken konformasjon er ATP frigitt og utbyttet for ADP og Pi? Hvor mange ATP er dannet per rotasjon av ATP synthase stilken? Nevn to prosesser som ikke blir forfremmet via protonbevegelses kraften?

Back 62

I O konfirmasjonen. 2) 3 3) Transport av ATP ut av mitokondria, overførselen av protoner til intermembran rommet via ETC

Front 63

Hvorfor er det fare for aggredering i cytosol? Hvilke typer interreaksjoner leder vanligvis til proteinaggredering?

Back 63

Cytosol er et trangt miljø. 2) hydrofobiske imterreaksjoner.

Front 64

Hvordan fungerer chaperoner?

Back 64

De hindrer intermolekulære hydrofobiske regioner mens proteinet foldes.

Front 65

Beskriv funksjonen til HSP70

Back 65

I sin ATP tilstand så binder ikke HSP70 til sitt substrat, mens i sitt ADP tilstand er HSP70 bundet til sitt substrat.

Front 66

Hva skjer med høye temperaturer for proteiner?

Back 66

Proteiner er denaturert og risikerer å formere intermolekulære aggregater.

Front 67

Beskriv forskjellene mellom HSP70 og GroELS?

Back 67

HSP70 går gjennom sykluser av substratbinding, med å maskere hydrofobiske peptider, så formerer GroELS et stort gitter og ufoldede proteiner kan gå inn i buret og folde intermolekulære interreaksjoner.

Front 68

Hvilke to faktorer bidrar til enzymkatalyse? Bindingsenergi inkluderer to viktige konsepter?

Back 68

1) Svake ikke-kovalente interreaksjoner mellom enzym og substrat. Midlertidige kovalente bindinger mellom enzym og substrat. 2) Svake ikke kovalente interreaksjoner mellom substrat og enzym, energi fra desolvation av substratet.

Front 69

Desolvatisering er en prosess av å?

Back 69

Erstatte substratomgivelser med en enzym-substrat binding.

Front 70

Gi en god definisjon av en signal sekvens?

Back 70

En sekvens for utskillelsen av et protein funnet i det ledende peptidet ved N-terminalen av et protein.

Front 71

Hvorfor er ikke alltid extrinsic pathway aktivert?

Back 71

Endotelet danner en barriere mellom TF og blodet slik at det ikke kan binde seg til sitt ligand, faktor VII.

Front 72

Blodplatene funnet i kjernen av en blodpropp inneholder hva? Hva kan en si om blodklotten i skallet?

Back 72

Fibrin som er thrombin avhengig. 2) De inneholder lite eller ingenting fibrin.

Front 73

I hvilken fase binder proteinet vWF kollagen og utfolder seg på grunn av stress for å rekrutere flere blodplater? Hvilke protein inhiberer TF aktivitet?

Back 73

Initiering. 2) TFPI

Front 74

Hvis et individ ikke formerer fibrin fibre men har høye nivå fibrinogen protein uttrykk og faktor x aktivitet. Hvilket protein har mest sannsynlig mangel på funksjon mutasjon?

Back 74

Thrombin

Front 75

Det er en mutasjon i fibronogen slik at den ikke blir kuttet av thrombin. Hva leder dette til?

Back 75

Økt fare for hemofili.

Front 76

Back 76

E , S

Front 77

Hvorfor er det foretrukket å bruke limeweaver-burk likningen istedenfor michaelis Menten likningen når en studerer enzym kinetikk?

Back 77

For å få bedre estimat av km og vmax. 2) for å plotte kinetisk data på en linje istedenfor en hyperbolsk kurve.

Front 78

Back 78

Kompetitativ inhibitor.

Front 79

Back 79

Noncompetitive

Front 80

Back 80

ABA

Front 81

Back 81

4)AE , 5)BD

Front 82

Back 82

6) B 7) D

Front 83

Back 83

Enzym A

Front 84

Back 84

Library B

Front 85

Back 85

E, not enough information.

Front 86

Back 86

Mutant D

Front 87

Hvis et individ er type O, hvilken blodtype kan personen motta? Hva skjer når halohydrin dehydrogenase øker?

Back 87

Type O 2) flere protoner blir frigitt i den katalytiske reaksjonen.

Front 88

Back 88

3) mutant D

Front 89

Back 89

Mutant B fra som er en ISM mutant for enzymet glukose oxidase.

Front 90

Back 90

Decreased NADH affinitet eller decreased katalytisk rate av NaDH

Front 91

Back 91

6) A, B

Front 92

Back 92

7) B

Front 93

Hva kan en si om de hydrofobiske egenskapene av triacylglserid?

Back 93

De hydrofobiske egenskapene til TAG tillater tett pakking. Karbonene er i en sterkt redusert form mens karbonene i glykogen er delvis oksidert.

Front 94

Back 94

6) 1C, 2F, 3D, 4E, 5A, 6B, 7G

Front 95

Hvor er fett lagret i sunne individer? Hvilke sykdommer er assosiert mee for mye fett?

Back 95

Under et tynt lag hud, rundt interne organer. Metabolsk syndrom, NLSD, neutral lipid storage diesease.

Front 96

Hva skiller en lineær form for glukose og en syklisk?

Back 96

Em lineær form har en reduserende aldehyd. I ring strukturen er aldehyden konvertert til å ikke være reaktiv lenger. ( Del av ringen)

Front 97

Hvordan danner en en kov. binding mellom sukker?

Back 97

Ved hemiacital som reagerer med en hydrokygruppe danner en glytolytisk binding.

Front 98

Hva må en reduserende disakkarid inneholde?

Back 98

En hemiacetal gruppe.

Front 99

Hvordan nummererer en sukker?

Back 99

Starter med den første hemiacetalgruppen definert som anomeriske karbonet.

Front 100

Enzymet glykogen syntase katalyserer hvilke bindinger?

Back 100

1-4glykolytisk bind

Front 101

Hvilke to molelyler er reaktanter av enzymet glykogen syntase?

Back 101

UDP glukose, non reducing end of glycogen

Front 102

Back 102

3

Front 103

Back 103

3

Front 104

Back 104

3

Front 105

Back 105

1, 4

Front 106

Back 106

1. E1 4,5. E1, E2, 8. E2, 11,12 E2,E3.

Front 107

Back 107

A: E3, B:E2 , C:E2, D:E3, E: E1

Front 108

Back 108

1A, 2B, 3A, 4B, 5A, 6C

Front 109

Back 109

4, succinat og glyoksalat

Front 110

Hvor er elektron transport kjeden lokalisert i celler?

Back 110

I mitokondria indre membranen.

Front 111

Back 111

1. T formasjonen 2. O formasjonen 3. 3 ATP molekyler.

Front 112

Back 112

1 A,B

Front 113

Back 113

Scramblase moved lipids down their concentration gradient, Floppase moves against concentration gradient from inner to outer, Flippase against gradient outer to inner. Scramblase aktivitet promoterer membran symmetri.

Front 114

Back 114

5) A, C. 6) C

Front 115

Back 115

1) 3,5,6. 2) 3

Front 116

Back 116

1) 2, 4

Front 117

Back 117

3 og 4

Front 118

Hvor mange ganger må glyoksalat syklusen repeteres for å danne et molekyl glukose?

Back 118

2

Front 119

Back 119

2

Front 120

Back 120

1B2B3A4A5B6B7A8A