Use LEFT and RIGHT arrow keys to navigate between flashcards;
Use UP and DOWN arrow keys to flip the card;
H to show hint;
A reads text to speech;
236 Cards in this Set
- Front
- Back
|
Karyotype
|
En celles kromosom sammensætning
Andet: Fx 46, XY |
|
|
Locus |
Et specifikt sted på kromosom som definerer positionen af et gen eller DNA sekvens |
|
|
Homologe kromosomer
|
I en diploid celle har man to kopier at et kromosom sæt (23 kromosompar), en fra far og en fra mor
De to ”ens” kromosomer parrer op ved meiose. Andet: TIl forskel fra søsterkromatider er homologe kromosomer ikke kopier af hinanden. |
|
|
Diploid
|
En celle med 46 kromosompar.
Et kromosomsæt af 23 kromosomer, fra både far og mor |
|
|
Haploid
|
Gameter
Efter meiosen bliver der dannet celler med 23 kromosomer |
|
|
Alleler
|
En version af et gen eller DNA sekvens i et locus på et enkelt kromosom.
|
|
|
Mitokondrielle kromosomer (mtDNA)
|
Hver mitokondrie indeholder et antal kopier af et cirkulært kromosom (16 kb, 37 gener)
Genproduktet er proteiner, som kun bruges i mitokondriet. Andet: Nedarves kun maternelt. Intet mtDNA gen indeholder introns. De fleste proteiner i mitokondriet er fra nukleart DNA. |
|
|
Zygote
|
Fertiliseret ægcelle
|
|
|
Interfase
|
Den tid af cellecyklus hvor cellen ikke deler sig.
|
|
|
Telomer
|
En forlængelse af det lineære kromosom for at stabilisere det – bibeholde den samme længde.
Andet: Specialiseret repetitive sekvenser |
|
|
Telomerase
|
Et revers transkriptase enzym som danner telomer ud fra dens RNA molekyle.
|
|
|
Centromer
|
Det specielle område som forbinder den lange kromosom arm(q) med den korte arm (p)
Andet: Det er her spindel fibre binder når kromatider skal separeres. |
|
|
Kromosom segregering
|
Fordeling af et sæt kopier af alle kromosomer til hver dattercelle
|
|
|
P - arm |
Det korte kromosom arm |
|
|
q- arm
|
Den lange kromosom arm
|
|
|
Disjunction
|
Adskillelse af kromosomer
Andet: Under anafasen i mitose: Adskillelse af søsterkromatider Under anafasen I i meiosen: Adskillelse af homologe kromosomer Under anafase II i meiosen: adskillelse af søsterkromatider |
|
|
Segmental duplikation |
Lange Segmenter i DNA som har næsten identiske sekvenser. De eksistere flere steder pga duplikation. Pga deres egenskab giver de ofte kromosomal rearrangering og er ustabile |
|
|
Mitose
|
Somatisk celledeling
Består af 5 faser: -Profasen -Metafasen -Anafasen -Telofasen -Cytokinesen |
|
|
Meiose
|
Kønscelledeling/germline celle deling
Producere haploide gameter (23 kromosomer) |
|
|
Celle cyklus
|
-G1(Cellemasse øges, mere protein, lipid osv.)
-S-fase (søsterkromatider dannes - replikation) -G2 (cellemasse øges igen) -M (Mitose) |
|
|
Metacentrisk |
Central centromer --> armene er lige store |
|
|
Submetacentrisk |
Centromer ikke placeret i midten --> ulige længde af arme |
|
|
acrocentrisk |
Centromer ligger meget tæt på den ene ende --> meget kort p-arm - satellit |
|
|
Satellitter
|
De korte arme på acrocentriske kromosomer. De koder for ribosomalt RNA og har mange repetitive sekvenser
|
|
|
FISH (Fluorescence In Situ Hybridization)
|
TIl undersøgelse af:
-Tilstedeværelsen eller mangel af DNA sekvens -Antallet af kromosomer/kromosomal region -Organisering af kromosomer/kromosomal region. -Deletioner, duplikationer el. rearrangering vha. multicolor prober -Translokationer -Kønsbestemmelse |
|
|
Microarray – CGH (Comparative genomic hybridization)
|
En metode for at undersøge store (Mb) ændringer i DNA ved at sammenligne en prøve med en reference prøve.
Metode: 1000-1000000 forskellige oligonukleotider (el. DNA) prober er fixeret på en overflade og er tilgængelig for hybridering med komplementære sekvenser i en opløsning med markeret DNA el. RNA molekyler Når der bindes afgives der farve og det kan detekteres med laser. |
|
|
Aneuploidi
|
En eller flere kromosomer ekstra eller mangler.
Kromosomtal mutationer Andet: Skyldes oftest non-disjunction. Kan identificeres med multicolor FISH |
|
|
Reciprok translokation
|
Udveksling af fragmenter mellem to non-homologe kromosomer.
Udveksling af acentrisk fragmenter giver et stabilt produkt, da begge produkter har en centromer. Udveksling af et acentrisk fragment og et centrisk fragment resultere i et acentrisk og dicentrisk produkt – ustabilt Andet: Større chance for at ske mellem kromosomer der er tæt på hinanden |
|
|
Robertsonian translokation |
Udveksling af fragmenter mellem acrocentriske kromosomer, hvor de to korte arme brydes efterfulgt af udveksling af acentrisk og centrisk fragmenter --> acentrisk og dicentriske produkter (Centromerene fusionere)
|
|
|
Heteroploid
|
En celle med unormalt antal kromosomsæt. (ikke 23 el. 46)
|
|
|
Euploid
|
Når man har et x antal af 23 haploide kromosomer – altså samme antal af hver homolog kromosom.
Fx er aneuploidi ikke euploidi |
|
|
Triploid |
3x23 kromosomer |
|
|
Tetraploid
|
4x23 kromosomer
Andet: - Polyploidi ( antal kromosomsæt) - 92, XXXX - 92.XXYY - Der er gået noget galt i en tidlig zygote deling (mitotisk) |
|
|
Trisomi
|
3 stk af et kromosom
Andet: -Pga. non-disjunktion -Aneuploidi (fejl i antal kromosomer) |
|
|
Monosomi
|
1 stk. kromosom i stedet for et kromosompar.
Andet: Næsten altid dødelig |
|
|
Non-disjunktion 1. meiotiske deling
|
Der sker ingen adskillelse af mellem de homologe kromosomer.
Konsekvens: Gameter med ingen eller begge kromatid-par |
|
|
Non-disjunktion 2. meiostiske deling
|
Der sker ingen adskillelse mellem søsterkromatiderne.
Konsekvens: Gameter med ingen kromatider eller 2 kromatider |
|
|
Mitotisk non-disjunction
|
Ingen adskillelse af søsterkromatider.
Hvis det sker i de tidlige stadier kan det resultere i mosaicism |
|
|
Balanceret rearrangement
|
En konsekvens af DNA dobbeltstrengsbrud og rejoining
Ændring af det kromosomale gens rækkefølge men fjerner eller duplikere ikke DNA |
|
|
Ubalanceret rearrangement |
En DNA dobbeltstrengsbrud og rejoining konsekvens. Gene dosage(doseringen) ændres på et sted i kromosomet pga deletion el. duplikeringer. |
|
|
Deletion i forhold til kromosom
|
Terminal deletion eller interstitial deletion.
Det opstår ved: -DNA brud -ulige overkrydsning -tab af akrocentrisk arm/segment -abnorm segregation i meiose hos en bærer af translokation/inversion, mutation. Kan resultere i haploinsuffiens Andet: Kan undersøges ved FISH, high resolution banding og microarray |
|
|
Duplikering
|
Det opstår ved:
-ulige overkrydsning -abnorm segregation i meiose i en bærer af translokation/inversion |
|
|
Ringkromosomer
|
Brud i kromosomer hvor de efterfølges sluttes sammen i en ring.
Hvis der er en centromer tilstede er den mitotisk aktivt. Kan senere give prolemer ved disjunction. |
|
|
Isokromosom
|
En arm mistes og en anden arm bliver spejlet over i stedet for. Det resultere i delvist trisomi og delvist monosomi
|
|
|
Inversion
|
To trin:
-DNA brud to steder på kromosom -Det ene segment refusionere med det segment imellem, inverteret. Paracentrisk: Når der er brud i samme arm Pericentrisk: et brud i hver arm Andet: Paracentrisk: Kan genkendes ved FISH og danner gameter som er acentrisk eller dicentrisk. Pericentrisk: Let at finde da den ændre proportionerne af armene. Danner ubalanceret gameter med duplikation og defiency |
|
|
Mosaicism
|
Forskellige kromosomsæt i et individ. Skyldes ofte mitotisk non-disjunktion på et tidligt postzygotisk stadie
Andet: Kan detekteres ved FISH eller CGH. |
|
|
Insertioner i forhold til kromosom
|
Et segment fra et kromosom indsættes i et andet – uden at der sker translokation. Det kræver 3 brud i DNA og er derfor sjælden.
Andet: Giver ubalanceret gameter |
|
|
Downs syndrom
|
Karyotype: 47, XX + 21
Oftest pga. non-disjunktion i 1 meiotisk deling Robertsonian translokation: Når der sker translokation mellem de lange arme af kromosom 21 og 14, resultere det i en normal fænotype. Men hvis afkommet arver den ubalanceret trisomi 21 down syndrom Mosaic downs – mildere end normal Delvis downs: Trisomi for en del af q-armen – ses måske ikke fænotypisk 21q21q translokation isokromosom. Sker oftest postzygotisk derfor er det sjældent. Andet: Sker især hos ældre mødre, da der går længere tid før at oocytten når til meiose II Detekteres i prøver fra chorionic cillus eller amnioc væske celler med CGH |
|
|
Trisomi 18
|
Edwards syndrom
Non-disjunktion i meiose som giver et ekstra kromosom. Sjældnere: Translokation hvor et segment af kromosom 18 hæftes til et andet kromosom – partial trisomi Andet: -Mulighed for forekomst stiger med moderens alder. -Partial trisomi: Arvet pga. forældre som er bærer af en balanceret translokation men når det nedarves er den ubalanceret. |
|
|
Trisomi 13
|
Patau syndrom
Nondisjunktion i meiosen Partial trisomi 13: Partial ekstra kopi af kromosom 13 pga. Robertsonian translocation Mosaicisme Andet: Mulighed for forekomst stiger med moderens alder. Partial trisomi: Arvet pga. forældre som er bærer af en balanceret translokation men når det nedarves er den ubalanceret. |
|
|
Pseudoautosomal region
|
Identiske sekvenser som sidder i X og Y kromosomerne og tillader at der sker homolog rekombination mellem de to regioner under meiosen hos mænd.
|
|
|
x-kromosom inaktivering |
I kvinder når et af x-kromosomerne tilfældigt bliver inaktiveret epigenetisk. C i CG sekvens methyleres og kan derved pakkes tættere og danne inaktivt heterokromatin. |
|
|
X inakterings center
|
Xp13 bånd som styrer reguleringen af inaktiveringen. Det udtrykkes kun på det inaktive x og nedtrykkes på det aktive.
Genet danner et ikke-kodende RNA som ligger sig omkring barr body |
|
|
Nonrandom x-inaktivering
|
Kan ske når:
-Et X kromosom er strukturelt abnormalt pga. deletioner osv. -Reciprok translokation: Det translokeret X udtrykkes og opfører sig som hemizygot mens det normale x er inaktivt – hvis translokation er skyld i slukket gen - Ubalanceret translokation afkom: sker hvis translokation forårsager et slukket gen. |
|
|
Kønskromosom trisomi
|
Aneuploidi:
XXY, XYY, XXX -47, XXY: Klinefelter syndrom opstår pga. nondisjunktion under meiose 1 eller 2, eller under mitotisk deling ( mosaicism) -47, XYY: Nondisjunktion paternelt under meiose 2 -47, XXX: Nondisjunktion maternelt i 1(mest) eller 2. meiose. |
|
|
Turner Syndrome
|
Aneuploidy - monosomi
45, x : Kvinde Oftest mangel på et paternelt x pga. nondisjunktion Partial monosomi: -Kan ske når et x bliver et isokromosom med to Xq arme (lange arme) -Deletion af kort p arm. -Ring kromosom |
|
|
Barr Body
|
Inaktivt x kromosom i kvindelige somatiske celler.
Andet: Ses som en klump heterokromatin perifert i nucleus i interfase celler. |
|
|
Genmutationer
|
Ændring i DNA-sekvens.
|
|
|
Kemisk induceret mutationer
|
-Kløvning af phosphodiesterbinding
-Hydrolyse -Ændret kemisk struktur -Intra- eller interstrand krydsbinding |
|
|
Base excision repair
|
Pathway reparere modificeret baser eller hydrolyseret baser.
1.Base fjernes af DNA glycolase 2.Abasic site bliver kløvet væk af endonuklease og phosphodiesterase. 3.DNA polymerase indsætter det korrekte nukleotid. 4.DNA ligase ligerer backbone sammen. |
|
|
Nucleotide excision repair |
Pathway reparere bulky, helix forstyrrende DNA læsioner.
|
|
|
Restriction Fragment Length Polymorphism (metode)
|
Undersøgelse af variationer i homologe DNA sekvenser.
1.DNA prøve fragmenteret af restriktionsenzym som kløver i specifikt sted (GATC). Kløver ikke i det andet sted (GACC) 2.Herefter tilsættes en probe som binder til fragmenterne. 3.Det køres på en gel og herfra kan man se om der er variation eller ikke. |
|
|
Missense
|
Enkelt base substitution/punkt mutation som gør at en aminosyre ændres
|
|
|
Nonsense |
Mutation som ændrer aminosyre codon til stopcodon |
|
|
Nonsense mediated decay
|
En cellulær mekanisme som nedbryder mRNA molekyler som indeholder et prematurt stop kodon.
EJS (exon-junction complexes) bindes normalt og fjernes af ribosom – tilbageværende EJS er med i dannelse af NMD kompleks, som tilstrækker endonukleaser --> nedbrydning |
|
|
Silent mutation
|
Aminosyre codon ændres til et andet codon men til samme aminosyre eller til en aminosyre med samme egenskab. Dvs. fænotypen ændres ikke
|
|
|
RNA-processing mutation
|
Involverer baser i splicesite-acceptor(3’ splice site)/donor (5’ splice site)
eller Intron-base substitutioner, hvor en inaktiv region laves om til et alternativt splice site. |
|
|
Transitioner
|
Purin til en anden purin, eller pyrimidine til en anden pyrimidine
|
|
|
Transversioner
|
Purine til pyrimidine eller omvendt
|
|
|
Frameshift/læserammeskift
|
Sker pga indels med bp antal som ikke er deleligt med 3.
|
|
|
Unequal crossing over
|
Når kromosomer under rekombination ikke bliver parret præcist resulterer det i et kromosom med duplikation og et med deletion
|
|
|
Dynamisk mutation
|
En ustabil ekspanderet repeat som ændres i størrelse for forældre til afkom – den forlænges.
En amplificering af trinucleotid repeats sekvenser. Det sker fordi polymerase ved replikation mister overblik over hvor mange repeats den har kopiert. |
|
|
Genetisk polymorfi
|
Eksistensen af to eller flere varianser:
-Alleler -Fænotyper -Sekvens varianser -Kromosomal struktur varians Gen-variant som findes i mere en 1 % af kromosomer i befolkningen |
|
|
SNPs
|
Singe nucleotide polymorphisms
Variation af en base i et specifikt sted. |
|
|
Indels
|
Insertion eller deletion
|
|
|
Mikrosatelitter (STRPs)
|
Short tandem repeat polymorphisms
Repeats af 1-4 bp. Mindre end 0,1 kbp Andet: Kan detekteres ved at bestemme længde af PCR produkt |
|
|
Minisatellitter (VNTRs)
|
Variable number tandem repeats
Repeats af 10-60 bp – total længde: 100 bp – 20kb Høj mutationsrate og høj diversitet I population. Findes meget omkring centromer og i telomere(beskyttelse) |
|
|
Tandem gen duplikation
|
Det sker når søster kromatider eller ikke-søster-kromatider misaligner – baseparring mellem relateret ikke-kodende repetive DNA sekvenser (orange bokse)
|
|
|
Mendelian nedarving
|
Nedarving af en variation på et enkelt kromosomal locus.
Følger dominant, recessiv eller x-linket nedarving |
|
|
Haplotype
|
Alleler i et bestemt locus eller i en samling af loci
|
|
|
Pleiotropi
|
En situation hvor en variation i et gen påvirker flere forskellige aspekter af fænotypen – det påvirker flere karaktertræk hos bæreren.
|
|
|
Single-gene disorder
|
Mutation i et specifikt gen som giver en sygdom.
|
|
|
Compond heterozygot
|
To mutant alleler i samme locus
|
|
|
Hemizygot
|
Organisme som har en eller flere loci, som kun er tilstede i en enkelt kopi
|
|
|
Blodbeslægtet eller consanguineous
|
Har forfædre tilfælles.
Skal mindst være fætter-kusine Andet: Øger chancen for at begge forældre er bærer af mutante alleler |
|
|
Fitness
|
Mål for reproduktiv succes
f = 0 til 1 |
|
|
Loss-of-function (LOF)
|
Reducere og eliminere funktionen af gen produktet.
Er skyld i især recessive sygdomme. Dominant arvegang i tilfælde af haploinsufficiens |
|
|
Autosomal dominant arvegange
|
-Heterozygoter og homozygoter(bliver som regelt mere ramt)
-Vertikal transmission af fænotype. -Fænotypen springer ikke generationer over. -Gentagelsesrisiko: 50 % |
|
|
Autosomal recessiv nedarving
|
-Kun homozygoter
-Bærer er symptomatiske dvs. de kan udtrykke noget som adskiller dem fra normalt -Horisontal transmission af sygdommen -optræder i klumper -Gentagelsesrisiko: 25 % |
|
|
x-bunden recessiv nedarving
|
Sygdommen udtrykkes hos hemizygote mænd og homozygote kvinder
Heterozygote kvinder pga. skæv inaktivering |
|
|
x-bunden dominant nedarving
|
-Begge køn
-Ingen far til søn transmission -Alle døtre af syge mænd får sygdommen -Halvdelen af døtre af syge mødre for sygdommen -Konstant ekspressivitet hos mænd pga. hemizygot -Variabel ekspressivitet hos kvinder pga. x-inaktivering. |
|
|
Penetrans
|
Frekvensen som beskriver om genotypen manifestere sig i en given fænotype – udtrykkelse af genotype
|
|
|
Variabel ekspression
|
Når graden af ekspressionen af genotypen er forskellig
|
|
|
Locus heterogenitet
|
Samme fænotype kommer til udtryk selvom at de skyldes mutationer i forskellige locus
|
|
|
Allel heterogenitet
|
Samme eller ligende fænotype, men forskellige mutationer i samme locus
|
|
|
Genetisk heterogenitet |
Ligner samme fænotype men er bestemt af forskellige genotyper i forskellige loci |
|
|
Fænotypisk heterogenitet
|
Forskellige mutationer i samme gen giver forskellige fænotyper
|
|
|
Genetic lethal
|
Fitness = 0
Ingen reproducerende evne |
|
|
Manifesterende heterozygote
|
Sker pga. skæv x-inaktivering hvor en kvindelig heterozygot bærer bliver syg.
|
|
|
Pseudoautosomal nedarving
|
Sker i den psudoautosomale region, hvor der sker overkrydsning. Enkelte gener undergår inaktivering.
|
|
|
Rekombinant DNA |
DNA som er dannet ud fra en kombination af to strenge --> ”nyt” DNA |
|
|
Plasmid
|
Lille DNA molekyle som er i stand til at replikere sig selv uafhængigt af kromosomalt DNA og er fysisk separeret fra det - replikon
Har origin of replication. |
|
|
cDNA
|
Komplementær DNA-kopi af mRNA – så dvs. kun exons.
Andet: Dannes vha. revers transkriptase som bruger RNA som template. DNA polymerase bruges til at lave dobbeltstrenget DNA. |
|
|
Vektor
|
Et plasmid eller bacteriophage som bruges til at replikere fremmed DNA i bakterie celler eller gærceller til kloning.
|
|
|
Library screening |
Her bruger man enkeltstrenget DNA som prober til at finde target-cDNA. Man tilsætter labelled probe DNA og der hvor der detekteres noget, er der hvor det DNA vi søger, er.
|
|
|
Southern blotting
|
Finde og undersøge DNA sekvens.
-DNA kløves med restriktionsenzymer. -Størrelses separering ved gelelektroforese. -Denaturering til enkelt-strenget DNA. -Overføres til membranpapir. -Labeled probe med komplementær DNA, til det DNA man vil finde, tilsættes. -Sætter film over som danner et røntgenbillede og afslører om det undersøgte DNA er der og hvor. |
|
|
Northern blotting
|
Finde og undersøge RNA
-Størrelses separering ved gelelektroforese. -Overføres til membranpapir. -Labeled probe som binder til det RNA man vil finde, tilsættes. -Sætter film over som danner et røntgenbillede og afslører om det undersøgte RNA er der og hvor. |
|
|
Analyse med allel-specifik oligonukleotid prober (ASO) |
Finder små mutationer. |
|
|
PCR
|
Amplifikation af DNA sekvenser.
Gentagende cyklus: Denaturering, hybridisering af primer, DNA syntese/elongering Andet: Bruges til detektion, analyse, kvantificering af sekvens (qPCR) Kan også laves fra RNA templant RT PCR |
|
|
RT-PCR |
PCR på RNA. |
|
|
qPCR
|
Kvantitativt – Måling af mængden af en DNA sekvens i en prøve.
Det amplificeret DNA får en fluorescens probe på sig under syntesen. Fluorescens intensiteten er proportional med mængden. |
|
|
Sanger sekventering |
Bruger ddNTP (dideoxynucleotide) med fluorescens probe --> Strenge med forskellige længder.
|
|
|
Shotgun sekventering |
Next generation sekventering
|
|
|
Next-generation sequencing (NGS)
|
Man sekventerer et helt genom eller alle exon - større mængde end bare et specifikt segment i et gen.Fragmentere genomisk DNA.
Tilføjer sekventeringsadoptorer DNA hæftes til beads eller fastgøres på en plade PCR amplificering Sekventering ved pyrosekventering, sequencing-by-ligation eller seqeuncing-by-synthesis |
|
|
Microarray |
Undersøge hele genomer/store samliner af mRNA på en gang. – kvantificere forskellige transkripter og underøge genome for deletioner eller deplikationer (store)
|
|
|
Special karyptyping (SKY)/color inserts
|
Type af FISH. Kombinationaf prober I forskellige farver for alle 24 kromosomer.
For at undersøge kromosom anormalitet og translokationer |
|
|
RNA ekspression array
|
Analysere store mængder mRNA eller microRNAs.
RNA fra udsat væv og fra kontrol væv farves i hver sin fluorescens farve. Blandes i ens mængde og hybridiseres til en chip (like CGH). Den relative intensitet kan sige noget om mængder i hver prøve |
|
|
Western blotting |
Analyse af protein.
|
|
|
Unstable repeat expansions
|
Forlængelse af en tandem repeat sekvens i et gen.
Repeats er ofte 3 nt lange eller mere. Forlængelsen sker oftest i gametogenesis, men kan også blive ved med at være ustabil i mitotiske delinger, hvilket giver somatisk mosaicism. |
|
|
Anticipation
|
Sygdommen udtrykkes tidligere for hver generation. Og mere alvorlig fænotype pga. dynamiske mutationer.
|
|
|
Premutationer
|
En mutation som giver en normal allel i et individ men de næste generationer er prædisponeret for den fulde mutation.
|
|
|
Segmental aneusomi
|
Mangel eller for meget af to eller flere gener i et nabo-loci på et kromosome. Skyldes deletion, triplikation, duplikation.
Fænotype contigious gene syndrome. (individ har flere sygdomme pga. en anormalitet) Nedarves som single mutant allel. |
|
|
Mutationer i mitokondrie genom |
-Ved replikationer er der en tilfældig distribution til dattercelle. |
|
|
Multifaktoriel
|
Karaktertræk som er bestemt af en kombination af genetiske og miljømæssige faktorer.
|
|
|
Polygen
|
Karaktertræk bestemt af en kombination af flere end to gener i forskellige loci.
|
|
|
Multigenic
|
Fænotype skyldes mange forskellige gener
|
|
|
Kvalitativ træk
|
Fx er sygdommen er enten til stede eller ej
|
|
|
Kvantitativ træk
|
Målbare egenskaber, højde, vægt, kolesterol.
|
|
|
Familie-aggregering
|
En sygdom ophobes i en familie
|
|
|
Konkordans
|
Overensstemmelse: Til at beskrive hvor meget et par af relateret individer deler fænotype.
|
|
|
Genokopi
|
En genotype som giver en fænotype, som ligner en anden fænotype, som skyldes en anden genotype
|
|
|
Fænokopi
|
Fænotype som ligner en fænotype udtrykt af en syg genotype, men som er opstået pga. miljømæssige faktorer ved en normal genotype.
|
|
|
Heritabilitet |
Hvor stor en andel af årsagen til sygdomsudvikling, der skyldes genetiske faktorer |
|
|
Gene pool
|
Alle gener i et helt genom eller i et specifikt locus, i en bestemt population
|
|
|
Hardy Weinberg ligevægt
|
Forholdet mellem allel frekvens og genotype frekvens som er fundet i en population under nogle forudsætninger.
Forudsætninger: -Tilfældig parring -Allelfrekvensen er konstant over tid -Genotype frekvens skal også være kostant -Stor population |
|
|
Genetisk drift
|
Tilfældige ændringer i gene frekvensen fra hver generation pga. tilfældig variation i allel proportionerne i den parentale populationen som bliver givet videre til afkom.
Andet: Kun signifikant i små populationer |
|
|
Selektion koefficient, s
|
Måleenhed for loss of fitness i forhold til allelfrekvensen.
s = 1- f Fortæller om mængden af mutant alleler som ikke videregives til næste generation. |
|
|
Mutation rate pr. generation
|
µ = s * q, hvor q er allel frekvensen og s er selektion koefficient
Andet: Der skal tages højde for at selektion kun sker på en brøkdel af genotyperne |
|
|
Gene flow
|
Overførslen af alleler eller gener fra en population til en anden. Det giver ændring i allele frekvensen og gen poolen pga. ændret gen varians.
|
|
|
Founder effekt
|
En gruppe adskilles fra en større population. Danner selv en ny population hvor de vil have en høj allel frekvens da populationen stammer fra den ene lille gruppe som bar denne allel.
|
|
|
Heterozygot fordel |
Ved nogle sygdomme hvor heterozygoter har større fitness end homozygoter. |
|
|
Balanceret polymorfisme
|
En situation hvor to varianter af et gen bliver holdt i ligevægt, da det er mere favorabelt at have individer som har begge varianter(heterozygote advantage) end dem som er homozygote med en af varianterne.
|
|
|
Genetic rundancy
|
Andre gener kan kompensere for et gen som er undergået en loss of function mutation
|
|
|
Modifikations gener
|
Et gen hvis ekspression kan påvirke en fænotype som er et resultat af en mutation i et andet locus.
|
|
|
Koblings analyse
|
Monogene sygdomme. Familie baseret.
Identificering af kromosom segment som nedarves på samme måde som sygdommen. |
|
|
Associations analyse
|
Populations baseret.
Komplekse sygdomme. Sammenligner en syg gruppe med en kontrol gruppe. Finder de varianter som har en højere hyppighed hos den syge gruppe. Leder efter ændring i allel/genotype-frekvensen. |
|
|
Genetisk markører
|
En betegnelse for et locus, som indeholder en karakteristisk DNA-sekvens eller en DNA-polymorfi/DNA-variant, som kan anvendes til at skelne mellem homologe kromosomer.
SNPs = 2 alleler – hurtigt resultat Minisatelitter = mange alleler – langsomt resultat. |
|
|
Ikke rekombinant kromosom
|
Ingen overkrydsning mellem to bestemte loci.
|
|
|
Uafhængig sortering
|
Alleler nedarves uafhængigt af hinanden.
|
|
|
Rekombinant
|
Når en gamet indeholder en haplotype som er en kombination af alleler som er forskellig fra kombinationen som forælderen har arvet.
|
|
|
Genetisk afstand
|
Afstanden mellem to markører (to loci).
Den måles i overkrydsningshyppighed cM Genetisk afstand = Overkrydsningshyppighed * 100 = (antal R krom /total antal krom)*100 Andet: Jo længere to loci er fra hinanden, jo større chance for rekombination mellem dem under meiosen. |
|
|
Koblings uligevægt
|
At der er en ikke-tilfældig association mellem alleler i to eller flere loci.
|
|
|
Koblings ligevægt
|
At der er en tilfældig association mellem alleler i to eller flere loci.
|
|
|
Odds ratio |
Hvor mange gange højere risiko det er for at være syg ved at være bærer i forhold til ikke bærer. |
|
|
Haplotype Map (HapMap)
|
Af genomet. Man undersøger koblings uligevægt for alle SNPs i genomet. Viser at nogle SNPs er gamle, at nogle er tilstede i nogle populationer. Hotspots i genomet for rekombination.
|
|
|
LD-blocks ( koblings uligevægt blocks)
|
Samlinger af SNPs med høj koblings uligevægt med hinanden.
|
|
|
Genome-wide association study/scan (GWAS) |
Identificering af faktorer som har mulig association med komplekse sygdomme. En standard metode til at identificere faktorer,der disponerer for genetisk komplekse sygdomme, der skyldes variationer i flere gener. Analysen bygger på globale sekventeringsanalyser af en stor gruppe patienter og en kontrolgruppe. Formålet er at identificere genvariationer (f.eks. SNPs) og korrelere disse variationer (eftervise ved statistik association) med sygdomsudvikling. |
|
|
Epigenitiske ændringer
|
Arvelige ændringer der ikke er ændringer i DNA sekvensen.
DNA methylering, imprinting, histone modificering – struktur ændringer |
|
|
DNA methylering
|
Methylering af cytosine i sekvensen CG. Methylering af DNA gør at det pakkes tættere og derfor bliver inaktivt.
Andet: Sker under gametogenesis. |
|
|
Imprinting
|
Ekspressionen af genet er parental afhængig. Det imprinted allel kan enten være maternelt eller paternelt.
Andet: Sker pga. cis-acting regulatoriske sekvenser. Imprinting starter i imprinting center. |
|
|
Histone modificering |
Histone halerne – aminosyrer baser bliver acetyleret eller acylering. |
|
|
Uniparentel disomi
|
En celle hvor begge kromosomer i et kromosompar stammer fra en forælder. Sygdom eller ej er afhængig af hvilke kromosom.
Sker pga. trisomi rescue eller monosomi rescue. |
|
|
Isodisomi
|
I monosomi rescue hvor den kromosomet i den haploide celle duplikeres .
Undertype af uniparentel disomi |
|
|
Heterodisomi |
I trisomi rescue hvor begge homologer fra en forældre nedarves. Undertype af uniparentel disomi |
|
|
Neoplasia
|
En ny ukontrolleret celle delings masse som ikke er under fysiologisk kontrol – tumor (neoplasm)
Andet: Neoplasia kan være godartet og ondartet tumor. Cancer er kun ondartet. |
|
|
Cancer
|
Ukontrolleret celle vækst og celle spredning
En ondartet tumor |
|
|
Malignant
|
Ondartet - En tumor hvis celler invaderer det omkringliggende væv.
Andet: Kan give ophav til sekundære tumorer med en anden lokalisering – metastaser |
|
|
Benign
|
Godartet - En tumor hvis celler ikke invaderer omkringliggende væv
|
|
|
Carcinomas
|
Cancer i epitheliale celler
|
|
|
Sarcomas
|
Cancer i bindevæv, knogler, brusk, fedt, nyre og lever.
|
|
|
Lymphoma og leukæmi
|
Cancer i blod og lymfe væv
|
|
|
Glioblastoma
|
Cancer der rammer hjernens glial celler
|
|
|
Somatiske mutationer
|
Basis for udviklingen og progression af cancer. Mutationer i flere gener for cancer eller tumor – det akkumulere og mister normal regulation.
|
|
|
Proto-oncogener
|
Gener som når muterede til oncogener, aktivt over-stimulerer celledeling.
|
|
|
Oncogener
|
Gener som transformerer en normal celle til tumor celle, ved at overstimulerer celledeling.
Dominant virkende gain-of-function mutation. -Overaktivering af ekspression både gennem genetiske og epigenetiske ændringer. (fx promoter mutationer, promoter de-methylering) -Amplificering. -Mutationer i den kodende region som resulterer i forøget aktivitet. -Translokationer |
|
|
Tumor supressor gener |
Gener som når muterede mister deres evne til at blokere celle deling eller opretholde normal genomisk stabilitet. |
|
|
c-ras genet
|
Mutant c-ras protein har en mutation som forhindrer evnen til at hydrolysere GTP. Det holder mutant protein i et aktivt signal mode og resulterer i stimulering af celle deling.
Andet: Mutante versioner af c—ras er fundet i mange forskellige cancer former. Normal c-ras transducere signal til cellekerne som regulere transkription af gener involveret i celle deling. |
|
|
Knudson’s Two-hit hypotese
|
Hypotese om mekanismen bag arvelig cancer, hvor en mutation i det ene allel af genet arves (1. hit), mens sygdommen opstår hvis en somatisk mutation eller loss og heterozygosity rammer det andet raske allel(2. hit).
Andet: Typisk tumor supressor gener |
|
|
Loss of heterozygosity |
Når at der tabes et helt gen og omkringliggende kromosomal region. Hvis locus er heterozygot --> homozygot. |
|
|
Metoder til detektion af cancer gener
|
Sekventering
Microarray Comparative Genome Hybridization (CGH) |
|
|
Metastasis
|
Den process hvor celler fra primær ondartet tumor spreder sig via blodbanen eller det lymfe systemet for at danne sekundære tumorer andre steder i kroppen.
|
|
|
Driver mutationer
|
I Cancer, hvor mutationer er udsat over for positiv selektion under tumorgenesis fordi de driver udviklingen af tumor.
Andet: I forhold til passenger mutationer som sker under tumorgenesis men er ikke udsat for positiv selektion og deltager ikke i udviklingen af tumor. – tilfældige mutationer. |
|
|
Gen terapi
|
Behandle af sygdom ved at modificere celler genetisk, ved overførsel af DNA.
Tilføje et funktionelt kopi af gen som har mistet sin funktion. Inhibere et gen som har en patologisk gain of function. -erstatte et defekt gen |
|
|
Gene addition, gene augmentation
|
Tilførsel af nyt gen for at behandle loss-of-function mutationer – recessive sygdomme
|
|
|
Gene repair
|
Reparation af gain-of-funktion mutation. Dominante sygdomme
|
|
|
Knockdown
|
Undertrykkelse af gain-of-function mutation. Dominante sygdomme
|
|
|
In vivo
|
I kroppen
|
|
|
Ex vivo
|
Udenfor kroppen
|
|
|
Virale vektorer
|
Bruges til at integrere gener i værtscellens genome. Ligesom normal cirus men er replikationdefekt, så ingen spredning. Den bærer ikke virale gener, kun terapi-gen
Andet: Retro-/lentivirale vektorer – HIV-1 rAAV vektorer - Adeno-associeret virus |
|
|
Retrovirus som viral vektor
|
Integreret DNA er stabilt. DNA op til 8 kb. Target celler: delende og ikke delende celler.
Transgen ekspression: langvarig og høj ekspressionsniveau. |
|
|
Adeno-associated viruses (AAVs)
|
For det meste ikke integrerende. Op til 4,5 kb DNA. Target celler både delende og ikke delende. Transgen ekspression: høj ekspressionsniveau og mellem til langvaring ekspression.
|
|
|
Nonvirale vektorer
|
Naked DNA: cDNA el. siRNA med regulatoriske elementer i et plasmid
DNA i liposomer: Pakket i et lipid-lag Protein-DNA conjugates: DNA linked til protein Artificial chromosme: Komponenter af et kromosom kombineret med cDNA/gen sammen med regulatoriske elementer. |
|
|
Risiko ved gen terapi
|
--Negativ effekt af vektor eller overført gen i patient fx immunrespons
-Insertional mutagenesis: det overførte gen vil aktivere etproto-oncogene eller ødelægge et tumor-supressor gen à cancer -Insertional inaktivering af essentielt gen: Indsattegen slukke for et vigtigt gen. |
|
|
Genomisk editering
|
Kunstig manipulering af en intakt celle som bliver designet til at lave et dobbeltstrengsbrud (nuclease) ved et locus hvor basesekvensen efterfølgende bliver ændret ved det locus.
|
|
|
Non-homologous end joining
|
Reparation af dobbelt-strengs brud i DNA som involvere fusion af de to brudte ender uden kopiering af DNA template. Reparation men med deletion eller insertion
|
|
|
Homolog rekombination repair |
Præcis reparation af dobbelt strengs DNA brud, men skal bruge template. Efter replikation bruges DNA streng fra søster kromatid som template.
|
|
|
Cas-9 nuklease
|
Nuklease som bruges til genomisk editering.
sgRNA – guide RNA dirigere cas-9 til DNA target, hvor der skal ske kløvning, det sker 3 bp upstream fra PAM sekvens (5’-NGG-3’). |
|
|
Codominans
|
Når begge alleler hos en heterozygot udtrykke i fænotypen (fx AB blodtype)
|
|
|
Dominant negativ
|
Når det muterede genprodukt hæmmer funktionen af det normale genprodukt hos en heterozygot.
|
|
|
Haploinsuffiens
|
Hvor 50 % af normalt niveau af gen produktet ikke er nok til at apretholde en normal funktion og derfor giver en abnorm fænotype. Ses ved mange dominant arvet sygdomme.
|
|
|
Compound heterozygot
|
Et individ med to forskellige mutant alleler i samme locus.
|
|
|
Synteni
|
Loci der sidder på samme kromosom
|
|
|
Tærskelværdi
|
Grænsen for den samlede genetiske og miljømæssige belastning, hvorover der udvikles en bestemt multifaktoriel sygdom
|
|
|
DNA-polymorfi |
Regelmæssig forekomst i befolkningen af mindst 2 forskellige alleler på et givent locus, hvor hvert allel har vis hyppighed (> 1 % af befolkningens kromosomer) |
|
|
DNA-variant
|
Forekomst af sjældne alleler (<1 %)
|
|
|
Dosage-sensitiv gen
|
Et kromosomalt gen som når den er tilstede i en kopi(underekspression), i stedet for de normale to kopier, er associeret med sygdom.
Sygdom kan også være resultat af øget kopi antal hvor der forekommer overekspression. |
|
|
Copy number variation (CNV) |
Variation mellem individer i antal af kopier i deres genom af en specifik lang DNA sekvens (100bp – flere Mb) |
|
|
Potency
|
Mål for en stam celle differentierings potentiale
|
|
|
Stamcelle
|
En celle som kan være en forgænger til differentieret celler og som har evnen til at selvforny sig.
3 vigtigt klasseR: Embryoniske stamceller (ESCs): Pluripotent – fra den indre cellemasse. Induceret pluripotente stamceller (iPSCs): Der overføres gener som koder for pluripotente transkriptionsfaktorer til differentieret celler. Somatiske stam celler (SSCs): Unipotente eller multipotente |
|
|
Assymmetrisk celledeling
|
Når stamceller giver ophav til to forskellige stamceller: En som er identisk med parental cellen og en som er differentieret.
|
|
|
Symmetrisk celledeling
|
Når stamceller skal øge dens antal.
Sker under vækst eller efter en skade. |
|
|
Totipotente
|
Total uspecialiseret celler. Fra morula.
|
|
|
Pluripotente
|
Mange celler - Differentiere til tre germ lag: Endoderm, mesoderm og ektoderm.
|
|
|
Multipotente
|
Flere celler – Progenitor celler som kan differentiere til flere men begrænset antal celle typer. Fx hæmopoetiske stam celler
|
|
|
Unipotent
|
En – Precursor celler: differentiere til en celle type
|
|
|
Biomedicinske dyremodeller |
Bruges til at forstå geners funktion, til sygdomsmodeller for humane sygdomme, afprøvning af nye behandlingsformer/medikamtener/imaging.teknikke og til biorektorer af terapeutiske produkter( terapeutiske proteiner oprenset fra mælk/blod). |
|
|
Analyse af genetisk variation
|
|
|
|
*Pyrimidiner
|
Uracil
Thymine Cytosine 1 ring |
|
|
Puriner
|
Adenine
Guanine To ringe |
|
|
Gen
|
Et funktionelt DNA som bruges til at danne et produkt.
En faktor som kontrollere en fænotype og segregere i et stamtræ ifølge Mendels love |
|
|
Pseudogen
|
En DNA sekvens som viser en sekvens homolog til et non-allelisk funktionelt gen, men udviser ikke selv nogen funktion eller dannelse af protein.
Andet: Men kan danne et funktionelt non-kodende RNA |
|
|
Retrotransposon/retroposon |
Mobile DNA elementer som transposere ved at danne RNA som omdannes til cDNA --> dsDNA, som kan integreres i genomet – copy and paste |
|
|
DNA Transposon
|
Koder for endonuklease som kløver DNA ud og indsætter det et andet sted – cut and paste
|
|
|
UTR
|
Untranslated Region
|
|
|
Kodende streng og template streng
|
Kodende streng: 5’-3’ retning som er den ikke-transskriberede streng. Samme sekvens og retning som RNA.
Template streng: 3’-5’ retning som transskriberes og den komplementære streng til RNA strengen. |
|
|
Stop codons
|
5’-UAA-3’, UAG, UGA
TAA, TAG, TGA (på kodende streng) 3’-ATT-5’, ATC, ACT (på template streng) |
|
|
Start codons
|
ATG
Andet: Koder også får interne Methioniner |
|
|
Transskription i mitochondrie genome
|
Anderledes RNA-polymerase og to relaterede promoter sekvenser til et cirkulært DNA
|
|
|
Promoter
|
En kombination af korte sekvens elementer, som regelt upstream for genet, hvor RNA polymerasen binder og kan initiere transskriptionen af genet.
Typer: Eukaryot: TATA box, CAT box, CpG islands |
|
|
Enhancer:
|
Korte regioner af DNA som er cis-acting elementer, som kan binde transkriptionsfaktorer og dermed regulere transkriptionen. Kan ligge upstream og downstream.
Til billede: 2. er enhancer: binder transkriptionfaktorer som danner loop og binder sammen til transkriptions komplekset |
|
|
Locus Control Region (LCR) |
Cis-regulerende element som opregulerer ekspressionen af gener i ektopiske kromatin-sites.
Andet: Ektopisk ekspression: Ekspression af gener der normalt ikke bliver udtrykt i et bestemt væv. |
|
|
PolyA-hale
|
I 3’enden
Påvirker stabiliteten af mRNA Facilitere transporten til cytoplasma og ribosom binding |
|
|
Allelisk eksklusion (monoallelisk ekspression)
|
To alleler i samme loci, hvor kun det ene allel udtrykkes fx pga. imprinting
|
|
|
mikroRNA (miRNAs)
|
21-22 nt lange RNA molekyler
Regulere geners genekspression ved at baseparre med transkriptet/mRNA. – binding kræver 5’ seed sekvens. |
|
|
RNA interferens (RNAi)
|
Cellulært forsvarssystem aktiveret ved tilstedeværelsen af lange dobbelt strenget RNA sekvenser eller for høj transposon aktivitet i celler. Det nedbrydes vha. endoribonuclease fx DICER eller Ago ribonuclease.
|
|
|
Small el. short interfering RNA. (siRNA)
|
Dobbelt strenget RNA molekyler som er 21-22 nt lange, som slukker for ekspression af gener gennem RNA interference.
|
