• Shuffle
    Toggle On
    Toggle Off
  • Alphabetize
    Toggle On
    Toggle Off
  • Front First
    Toggle On
    Toggle Off
  • Both Sides
    Toggle On
    Toggle Off
  • Read
    Toggle On
    Toggle Off
Reading...
Front

Card Range To Study

through

image

Play button

image

Play button

image

Progress

1/98

Click to flip

Use LEFT and RIGHT arrow keys to navigate between flashcards;

Use UP and DOWN arrow keys to flip the card;

H to show hint;

A reads text to speech;

98 Cards in this Set

  • Front
  • Back

איזה קשר יש בין שתי קובצות הפוספט?

phosphoanhydride

לבסיס החנקי בנוקלאוטידים יש שלושה בסיסים איזה קשרים כל אחד מהם עושה?


א. Waston-Crick


ב. Hoogsteen


ג. Sugar edge

א. Waston-Crick - צלע היוצרת את זיווגי הבסיסים הנפוצים


ב. Hoogsteen- צלע היוצרת זיווגי בסיסים לא אופיינים


ג. Sugar edge- הצלע הפנוה לסוכר

באיזה מצב בדרך כלל נמצא את הסוכר בDNA?


בסביבה רגילה


ובסביבה הידרופובית



1. בסביבה רגילה בדרך כלל C2-Endo - פחמן 2 ופחמן 5 באותו מישור.




2. בסביבה הידרופולית C3-Endo פחמן 3 ופחמן 5 באותו מישור.




אסקו מסמן ריחוק מפחמן 5

באיזה מצב נמצא הבסיס החנקני Syn or anti?

אנטי הוא המצב השכיח והיציב ביותר לנוקלאוטיד

אנטי הוא המצב השכיח והיציב ביותר לנוקלאוטיד

מה זה מצב cis בDNA


ומה זה מצב Tran

cis זה המצב הרגיל נקראת אוריינטצת cis


קצה 5 חופף לקצה 3 בשתי הגדילים.




tran זה שקצה 5 חופף לקצה 5 וקצה 3 חופף לקצה 3.


אפשר לעשות זאת רק במעבדה אינו קיים בטבע.

אין יון צריך על מנת שיש אפשר ליצור מבנה 4 גדילי


ואיזה נוקלאוטיד עושה זאת?

צריך יון מתכת חד ערכי כמו נתרן או אלשגן.


מיוצב על ידי 4 נוקלאוטידים של G


נמצא בטלרומרים.

מה רצפי Inverted repeats?

רצף החוזר על עצמו במהופך על אותו גדיל

רצף החוזר על עצמו במהופך על אותו גדיל

מה Direct repeat בDNA


ומה המקור שלו?

זהו רצף שחוזר על עצמו מספר פעמיים בידיוק באותו סדר בDNA או RNA 
המקור שלהם הוא שרידים של וירוסים מסוג רטרו וירוס.

זהו רצף שחוזר על עצמו מספר פעמיים בידיוק באותו סדר בDNA או RNA


המקור שלהם הוא שרידים של וירוסים מסוג רטרו וירוס.

מהו רצף palindrome איפה הוא נמצא


ואיך הוא יכול להיווצר?

זהו רצף נוקלאוטידים שיכול להיקרא משני הכיוונים ועדיין ישמור על המשמעות שלו.


ניתן למצא אותו DNA ובRNA בתנאי שהוא דו גדילי


הם נותים ליצור מבנים שמכונים StemAndLoop

ישנם שתי אפשריות אריזה בעזרת פיתולי על


א. Torodial
ב. Plectonemic


הסבר על כל אחד מהם

א. Torodial - אפשרות אריזה בה יוצרים פיתולי על של הDNA על גבי חלבון אריזה
ב. Plectonemic - כאשר ה-DNA מגולגל בפיתולי על על עצמו.

א. Torodial - אפשרות אריזה בה יוצרים פיתולי על של הDNA על גבי חלבון אריזה


ב. Plectonemic - כאשר ה-DNA מגולגל בפיתולי על על עצמו.

מה טופואיזומראז 1 עושה?

מוריד פיתולי על שלילים ואינו דורש ATP ומבקע מולק' DNA אחת.
כתוצאה מזה הDNA יהיה רפוי יותר
לכן למשל אם נריץ אותו באלקטרופורזה בג'ל נקבל מה שיש ב...

מוריד פיתולי על שלילים ואינו דורש ATP ומבקע מולק' DNA אחת.


כתוצאה מזה הDNA יהיה רפוי יותר


לכן למשל אם נריץ אותו באלקטרופורזה בג'ל נקבל מה שיש בתמונה בצד שמאל

מה טופואיזומראז 2 עושה?

מייצר פיתולי על שלילים , דורש ATP ומבקע דו גדילי.


דוגמא חשובה הוא DNA gyrase.





איפה ניתן למצוא reverse gryase ומה תפקידו?

הוא יודע לייצר פיתולי על חיובים בחיידקים תרמופלים שכן ביוצרים אלו מארז הגנום חייב להיות בפיתולי על חיובים על מנת לשמור על יציבותו.

כאשר נשתמש בתרופה שפוגעת בtopoisomerase


מה יקרה?

שיבוש הפעולה שלהם עושי להוביל תאים יוקריוטים לשברים דו גדיליים ולהפעלת מנגנון האפופטוזיס.


ולכן מעכבי טופואיזומראזות יכולות לשמש כטיפולים כימותרפיים.

איזה מבנים שיניונים נפוצים של בRNA?


ציין 3



1. Stem and loop or Hairpin.
2. Buldge
3. לולאה פנימית

1. Stem and loop or Hairpin.


2. Buldge
3. לולאה פנימית



איזה מבים שלישוניים נפוצים יש בRNA?


ציין

1. Pseudoknot
2.Kisshairpins

1. Pseudoknot


2.Kisshairpins

where can i find


mRNA,tRNA,rRNA?

cytosol

where i can find hnRNA and snRNA


and what is the role of each of them?

at the nucleus.


hnRNA- will becosmse mRNA


snRNA- help spling of hnRNA to mRNA

Where i can find snoRNA? And what is role?

nucleolus (גרעינון)


Processing rRNA

where i can find miRNA and what is role?

cytosol and translation control

where i can find structure RNA and Ribozyme


and what is role of each of them?

both of them i cna find at nucleus and cytosol/


Structure RNA- מרכיב מבני בחלקיקים תאיים.


Ribozyme- בעלות פעילות קטליטית

איזה קשר קיים בcap 5?

קשיר פוספאנהידרידי


קשר 5 ל5

איזה שלוש לולאות יש בtRNA

1.לולאות TΨC - הקלישון זה סימון לPseudoUridine והנקולאטיד T שאופייני לRNA בכלל.




2.לולאת D- מכילה נוקלאוטיד DihydroUridine




3. לולאת האנטי קודום - לעיתים גם מכילה Inosine

איזה שלושת נוקלאוטידים ימצא בקצה 3 של גדיל tRNA

CCA

CCA

מה תפקידו של 23s rRNA בפרוקריוטים בתהליך התרגום באלונגציה?

זירוז של הקשר הפפטידי בין שתי ח' אמינו
הRibozyme נקרא פפטדיל טרנספראז והוא נמצא על 23s rRNA

זירוז של הקשר הפפטידי בין שתי ח' אמינו


הRibozyme נקרא פפטדיל טרנספראז והוא נמצא על 23s rRNA

RNase-P מהו תפקידו?

גורם להבשלה (עיבוד) של קצה 5' בpre-tRNA

גורם להבשלה (עיבוד) של קצה 5' בpre-tRNA

מה התפקיד של Hammerhead ribozyme?

ריבוזום היודע לבקע את עצמו מתוך מולקולה גודלה יותר , מנגנון חשוב בשכפול מולקלות RNA בשיטת המעגל סובב


rolling circle

שחבור מסוג Group1 introns


הסבר עליו מה הוא דורש

שחבור עצמי ללא מוערבות חלבונים. קורה בrRNA וRNA של אורגנלות כמו מיטוכנדריה וכלורופלסט.


GTP\GDP\GMP תוקף דרך ה3-OH שלו את הקשר הפוספודיאסטרי ב splice ...

שחבור עצמי ללא מוערבות חלבונים. קורה בrRNA וRNA של אורגנלות כמו מיטוכנדריה וכלורופלסט.




GTP\GDP\GMP תוקף דרך ה3-OH שלו את הקשר הפוספודיאסטרי ב splice site -5




קצה 3' של האקסון שנמצא up stream תוקף את splice site 3'


אין צרוך בהשקעת אנריה

שחבור מסוג group 2 introns


הסבר

גם נמצא בRN של אורגנלות וגם חיידקים.


דומה לקבוצה 1 אך במקום נוקלאוטיד יש שימוס ברצה 2-OH של נוקלאוטיד הנמצא ב branching point ויצירת לסו


גם כאן אין שימוש באנרגיה.

מהם תפקידי של חלבונים Scaffold?

מגדיל את רמה הדחיסות של הכרומוזום עד ל300 ננמוטר.

יש שתי סוגי מוטציות לפי השינוי עצמו


1. Transiton


2. Transversion


מהו כל אחד ומהו הנפוץ?

1.Transtion- שינוי בנוקלאוטיד שהומר לאחד אחר מאותו סוג למשל A לG או הפוך , או C ל-U. זה הנפוץ. כלומר פורין לפורין ולפרמידין פרמידין.




2.Transversion- שינוי בנוקלאוטיד מסוג פירמדין שהפך לפורין וההפך. למשל T הומר לG.

יש מוטציות שמסווגת לפי סוג הנזק


1. Point mutation


2. deletion


3.insertion


4. frameshift


פרט על כל אחת

1. מוטציה בה השתנה נוקלאוטיד אחד.


2. מוטציה בה הוחסר נוקלאוטיד אחד או יותר מהרצף.


3.מוטציה בה הוסף נוקלאטיד אחד או יותר מהרצף.


4. מוטציה בה הוסף\הוסחר נקולאטיד בודד \ שתיים והתרחשה במסגרת הקריאה.

יש מוטציות שמסווגות לפי ההשלכה על החלבון פרט עליהם.


1.Silent mutation


2. missense mutation


3. nonsense mutation

1. השינוי לא גרם לשינוי בח' אמינו (בדרך כלל Transition)


2. מוטציה שהוכנס נוקלאוטיד שגוי לגרם לשינוי בח' אמינית. לא בהכרח פוגע בחלבון.


3.הופעת stop codon באמצע החלבון. כמעט תמיד הורס את החלבון מבחינה של פעילות.

המולקולות הבאות יכולות לגרום לנזקים לDNA לאיזה סוג של נזק הם גורמות?


1.ethyl methane sulfonate(EMS


2.N-methyl-N-nitro-N-nitrosogaunidine(MNNG


3. Temozolomide


4.N-methyl-Nnitrosourea(NMU

לאלקילציה של הDNA הוספת מתיל..

למה גרום החומר HNO2 בDNA?

לדה אמינציה, קורה בעיקר מנקולאטיד C ל-U


ואז יש זיווג בסיסים עם A במקום עם G.

מהו שמו הנוסף של מבחן AMES?

קרצינוגנים

ציין נקודת חשובות במבחן AMES

1. משתמשים בחיידקים מוטנטים שלא יכולים לסנתז לח' האמינית היסטדין.


2. מגדלים בשתי מצעים עשירים אחד ביקרות בלי החומר המוטגני ואחד עם.


3. נשווה בין הצלחות. עם כמות החיידקים עם החומר המוטגני גודלה מכמות החיידקים עם החומר בלי החומר


אז החומר מוטגני.


4.לפעמים מוסיפים ליזאט של תאי כבד.

Photoreactivation הוא מנגנון לתיקון נזקי DNA.


פרט מהו האנזים במה הוא משתשמש ודרך פעילותו


איך נגרם הנזק

האנזים קרוי Photolyase הוא משתמש באור בתחום הנקרא על מנת לתקן. הנזק נגרם לDNA על ידי קרינת UV.


הוא אנזים פלאביני מכיל FADH, פעיל במצב מחוזר (2 אלקטורנים) הוא מוסר שתי אלקטורנים וזה גורם פיורק של הדימר הפרמידיני.

מה מיוחד באנזים 06-alkylguanin alkyl transferase? ואיזה נזק הוא מתקן

האנזים מעביר מתיל אל עצמו מmetyhlguanine 06


(G שעבר מתילציה ועושיה זיווג עם T במקום עם C)


כאשר הוא מעביר את המתיל הוא הפוך ללא פעיל.


נדיר מאוד בטבע שאנזים עובר שינוי במהלך ריאקציה.


מתקן נזק של הסרת קובוצות אלקיליות מ-הDNA פגום.

מה ההבדל בין מנגנון DSBR לוSDSA


ואיזה סוג תיקון זה?

זהו מנגנון של רקומבינציה הומולוגית


ההבדל בינהם הוא שבשיטת DSBR


1. נוצרים שתי צמתי holiday לעומת אחת בSDSA


2. בדרך כלל יש Crossing over בניגוד לSDSA.

שיטת SSA ושיטת BIR-Breack induced replication


הם שיטות רמקובימציה לתיקון DNA פרט עליהם בקצרה.

1. שיטת SSA- שיטה המבצעת רקומבינציה באזורים של רצפים חוזרניים ובדרך כלל לא על בסיס כרומוזומים הומולוגיים.


2.BIR-Breack induced replication- התא משתמש בא כאשר נוצר שבר דו גדילי בעת שכפול הDNA מנגנון לא ידוע.



החלבון REC-A פרט עליו למה הוא קשור


במה הוא משתמש.


רמז קשור לתיקון DNA

החלבון קשור למנגון התיקון REC-BCD בחיידקים


לביצוע רקומבינציה בנזקי DNA.


חלבון זה קושר DNA ובעל אתר קשירה לADP או ATP.


כאשר קושר ATP הקשירה לDNA חזקה יותר




יש לו תפקידים נוספים במנגנוני SOS חייקי.


וטרנספורמציה טבעית.

פרט על השיטה NHEJ-non homologous end joining



איחוי אקראי של שברים DNA, הזיהוי נעשה על ידי שבקצוות אין טלומרים (בגדיל השבור)


קיים גם בפרוקריוטים.


גם פה יש חלבון MRX שנקשר לקצה המיועד לחיבור.


כמובן שיטה לא מדוייקת ולא נכונה מבחינת המידע


אבל זה מה שיש.

פרט על תיקון הSOS-response


או Translesion repair

פה יש נזק חמור לDNA והפולימראז' אינו מצליח לסנתז.


לכן בE.coli למשל יש פולימראז' מעקף Pol-5 הוא מחליף את Pol 3 (בדרך כלל הוא העיקרי) ואז הוא מסנתז בסיסים אקראיים. (הנזק עטוף בחלבון Rec-A עד שמסנתזים על הגדיל)

לDNA Pol יש מבנה שמור יחסית באבולוציה.


הוא מזכיר כף יד, אצבעות, אגודל


מה תקפיד של כל אחד מהם?



1. Palm - ביצוע הפעולה הקטליטית על ישי שימוש בשתי יוני מגנזיום.
2.Thumb - אחיזה של התבנית והגדיל החדשים על מנת שהקשרי מימן שלהם לא יתפרקו בעקבות...

1. Palm - ביצוע הפעולה הקטליטית על ישי שימוש בשתי יוני מגנזיום.


2.Thumb - אחיזה של התבנית והגדיל החדשים על מנת שהקשרי מימן שלהם לא יתפרקו בעקבות התהליך.


3.Finger - יודע להכניס נוקלאוטידים חידשים מסוג dNTPs


שאותם הוא יודע לזהות באופן ספציפי.

איפה נמצא הפרומטור בשעתוק ואיפה הטרמינטור?

הפרומוטור בקצה 5 של הSense


והטרמינטור בקצה 3 של הSense

בשעתוק יש שתי בקרות בקרת cis


ובקרת trans


מה המשמעות של כל אחד מהן?

1.בקרה cis - זוהי בקרת המבקרת גם יחיד, היא מצויה על הגנום כרצף בקרה.


2. בקרה בTrans - בקרה דיפוזית של מולקולה היכולה לבקר ביטוי של מספר גנים.

הגדר אופורון

יחידת בקרה עצמאית בעל פרומוטר יחיד המפעיל שעתוק של מולקולת mRNA , בעלת מספר מסגרות קריאה.


יתרון חסכון ומרבית הגנים באופרון הם של אותו מסלול ביוסינתטי.

הגדר Operator

אתר קשירה לרפרסור שמצוי על הפרומוטר.

באופרון הלקטוז יש שלושה גנים פרטים עליהם.


1.Lac-Z


2.Lac-Y


3.Lac-A

1.Lac-Z - מקודד לאנזים beta-Galactosidase - מזרז פירוק לקטוז ל-גלקטוז וגלוקוז


2.Lac-Y - מקודד לאנזים Permease שהוא Symporter מאפשר כניסת לקטוז בעזרת מפל פרוטונים.


3.Lac-A - מקודד לאנזים Transacetylase - גורם לאציטליציה על beta galactodisase (לא יודע מה זה עושה)

מה עושה הגן LacI?

מקודד לרפרסור שמדע את פעילות האופרון הלקטוז.

הסבר את התמונה

הסבר את התמונה

1. גדילה אקספוננציאלית החיידקים משתמשים בגלוקוז.
1א. שלב בין 1 ל-2 זה lag משעתקים את הגנים לללקטוז.

2. שימוש בלקטוז גדילה אקספוננציאלית.

1. גדילה אקספוננציאלית החיידקים משתמשים בגלוקוז.


1א. שלב בין 1 ל-2 זה lag משעתקים את הגנים לללקטוז.




2. שימוש בלקטוז גדילה אקספוננציאלית.

על ידי איזה אנזים נחתך IPTG,X-GAL


ומה התפקידים שלהם?

IPTG לא נחתך הוא משרן , אנלוג של לקטוז נקשר לרפרסור למסיר אותו מהoperator (כמו Alllactose).




X-GAL- נחתך על ידי beta galactosidase לאחר פירוק מתקבל צבע כחול. ( גם אנלוג של לקטוז)

בקרת שעתוק ביוקריוטים.


הסבר על Response elemetns.



רצפים הסמוכים או בתוך הפרומטור. מסודרים בדרך כלל כInverted reapts.


דוגמא נפוצה HRE-hormone response elements




גם cAMP-response elements - נקשר CREB(מופעל בקסקדת GPCR בGs).

בקרת שעתוק ביוקריוטים


Enhancers הסבר.

רצפי בקרה מרוחקים גם אלפי נוקלאוטידים מהגן.




יש גם רצפים שנקראים insulators שאליהם נקשרים רפסרסורים המכונים CTCF והם מונעים מהאנהנסר לפעול מעבר לגבול שלו.

בקרת שעתוק ביוקריוטים.


הסבר על CpG islands

אזורים בגנום המכילים לפחות כ-200 חזרות של C ו-G.


בדרך כלל ביונקים מצויים בקרת פרומטור של גנים.


בערך 40% מהפרומטרים מכילים רצפי CpG. באדם אפילו 70%.




תפקידם נעוץ בכמות קבוצות המתיל שעל C. ממותל מושתק!.

באיזה בסיסים קורת המתילציה?


1. פרוקריוטים ומה השימוש?


2. יוקריוטים ומה השימוש?

1. בפרוקריוטים הוא על A ועוזר להבחין בין גדיל ישן לחדש וגם הגנה בפני אנדונוקלאזות. האנזים נקרא DAM-DNA adenisine Methylase




2. ביוקריוטים קורה על C ומשמש להפיכת הכרומטין להטרוכרומטין ( המתיל מאפשר קישור של חלבוני דחיסה כרומטין) קשור לבקרת שעתוק.

יש כמה מבנים כללים לפקטורי שעתוק


אחד מהם הוא DBD


DNA Binding Domain פרט עליו ועל המוטיבים השונים.

DBD נקשר לDNA ויש כמה מוטיבים


1. Helix loop Helix- חלבונים דימרים , יש בהלקיס ח' אמינו חיוביות שנקשרות הDNA למשל (Lys,Arg,His)


לדוגמא C-myc (פקטור שעתוק חשוב פרוטור אונקוגן).




2.Leucine Zipper - שני מונומרים מתחברים ליצירת דימר. הקישור מתבצע דרך לאוצין. והקישור לDNA בדרך כלל על ידי Lys and Arg.


לדוגמא CERB




3.Zinc Finger- פקטור שעתוק שמצוי יון אבץ , מייצב את המבנה הקשרים נוצרים בין Cys וHis.



פקטורי שעתוק


דומיין מסוג SSD


singal sensing Domainn

אתר קושר ליגנד בדרך כלל הורמון. כתוצאה מהקישור החלבון משנה את מבנהו המרחבי וחושף NLS


(Pro-Pro-Lys-Lys-Lys-Arg-Lys-Val)


נכנס לגרעין ונקשר לרצף הייעודי שלו.

הסבר כימרות ותמנה את דומניים של פקטורי שעתוק

לפקטורי שעתוק יש שלוש דומיניים


א.DAD-DNA binding Domain


ב. SSD-signal Sensing Domain
ג. TAD- Trans Activating Domain




כימרות זה יצירה של פקטור שעתוק היברדי.


לוקחים דומיניים שונים ומערבבים ביניהם.


לוקחים דומיין של לגינד שאנו מכירים ומחברים אותו לDAD אחר.


ואז אפשר להפעיל גנים ממסלול מסויים בעזרת ליגדנים של מסלולים אחרים למטרות מחקריות.

מה הפריימר של האנזים RT - reverse transcriptase?


שלHIV? ולאיפה הוא נקשר?

tRNA נקשר לאוזר הנקרא PBS-primer binding site

הסבר עת שיטת הRolling Circle Replication

מנגנון זה גורם לשעתוק\הכפלה של המידע.


אנזים מסנתז על מולקולה מעגלית ובמקום לסגור בסוף הסינתזה הוא מתחיל גדיל חדש, שדוחק את הגדיל הישן.


ככה אפשר לסנתז במהירות הרבה עותקים.;

האם קצה 5 קאפ ופולי A נחשבים אקסונים?

חד משמעית לא כיוון שהמידע לסינתוזו לא מצוי בDNA.

באיזה יצורים יש miRNA


(מיקרו RNA)

צמחים , בעלי חיים וחלק מהוירוסים היוקריוטים.

לmiRNA יש תשעה מודלים המוכחים לפעילותו.


אין סיכוי שאתה זוכר לכן תדפדף לתשובה יש 9.

1.עיכוב יצירת קומפקלס אינציאציית התרגום המערב את תת היחידה 40s של הריבוזום ואת הcapping binding protein.


2. עיכוב של תהליך סיום הטרמינציה והצטרפותה של תת היחידה 60s של הריבוזום.


3.עיכוב אלונגציה


4. טרמינציה מוקדמת


5. דגרדציה של חלובנים החיונים לתרגום.


6. ייצוב p-bodies


7.ערעור הייצבות של mRNA והורדת זמן מחצית החיים שלו.


8. דגרדציה ופריוק של mRNA


9. עיכוב שעתוק בעזרת miRNA chromatin recognition following gene silencing



DNA conformation


B


A


Z


פרט על המאפיינים

1.B תנאים פיזולוגים (אין RNA במצב זה) אפשר להבדיל בminor וmajor . סלילי ימני




2. A- הmajor groove עמוק וצר יותר Minor רדוד יותר , אי אפשר לזהות רצף אלא מבנה (dsRNA)


ניתן למצוא RNA רק בA או בZ.


הליקס ימני.




3.Z- מבנה נדיר יותר עשיר בGC , הליקס שמאלי.


כנראה לשעתוק או תרגום.

מה המטרה של מתילציה על רצפי GATC אצל פרוקריוטים?

פרוקריוטים E.coli - מתילציה על בסיס A.


4 סיבות -




1. מתילציה על אדנין (A) מסמן על שלי.




2.מגן על פעילות של אנזימי רסטרקיציה (תמיד נכון)




3. מתילציה ספציפית על אדנין ברצפים שנקראים GATC. -אחראי על איזה גדיל ישן בשביל תיקונים.




4. בקרה על פתיחת מזלג רפליקציה.Dam Methylase עושה מתילציה(אנזים)

1.אם נעשה דה-אמינציה לC מה נקבל?


2.ואם נעשה דה אמנציה לA מה נקבל?

1. מ-C הוא יהפוך ל-U


2. מ-A הוא יהפוך ל-I

1.מה האנזים ADAT עושה?


2. מה האנזים ADAR עושה?

1Adonosine DaAminase acting on tRNA -יוצר inosine בעמדה מספר 1 באנטי קודון לופ.
2. Adenine Deaminase action of mRNA

קונפורמציה B


מה הרוחב


והגובה לסיבוב


וכמה בסיסים יש בסיבוב?

1. הרוחב הוא 20 אנגסטרם


2. הגובה הוא 34 אנגסטרם לסיבוב


3. וצריך 10-11 בסיסים לסיבוב

מה הם CpG ilands?


ומה תפקידו?

אזור עם לפחות 200 BP


ואחוז הGC גדול מ50% (לא חשוב לזכור הגדרה)


המטרה היא להוסיף מתיל על C וכך להשתיק גנים (נמצא בדרך כלל לפני פרומוטרים)

מה יקרה אם ניקח את בסיס C


נעשה לו מתילציה ואז דה אמינציה?

הוא יהפוך לT

הוא יהפוך לT

חוקר לקח Uridine ורצה להפוך אותו לPseudouridine


מה עליו לעשות?

להזיז את הקשר הN גליקוזידי בין הריבוז לבסיס החנקי.

מחנקן מספר אחד לפחמן מספר 5 על הבסיס החנקי
והקשר יהפוך לגליקוזידי

להזיז את הקשר הN גליקוזידי בין הריבוז לבסיס החנקי.




מחנקן מספר אחד לפחמן מספר 5 על הבסיס החנקי


והקשר יהפוך לגליקוזידי

מה תפיקדו של קומפקלס HAT?

לעשות אצטיליציה על שייר ליזין של הזנב בהיסטונים.


כך ההיסטון פחות חיובי וDNA נפתח

1.תן שתי מוטיבים לחלבונים של DNA binding proteins


domains




א.

1.Zinc finger


2. Helix loop Helix

RPM זה RNA recognition motif


לאיפה הוא נקשר בRNA?


utr 3 או 5

3

3

MCM2-7 הוא הליקאז של יוקריוטים


האם הוא נקשר לדו גדיל או חד גדיל?

דו גדיל


גם Clamp נקשר לדו גדיל

איך קוראים לאנזים באיקריוטים שמעיף את הפריימר?

RNAseH

מה הסיבה שיש גידל מקוטע?

מכיוון שהליקאז והפולימראז נעים בכיוונים הפוכים.

איזה חומר צריכים האנזימים הבאים


1.Ligase


2. Helicase

ATP

איזה אנזים דומה לTelomerase



RT


reverse transcriptase

מה תפקיד של polymerase γ

לסנתז במיטוכנדריה

1. מה התפקיד של Pol alpha


2. pola beta


3. Pol דלתא ואפיסלון

1. לשים פריימר (דומיין Pri)


2. תקיון DBA


3. הפולימראזות העיקריות שמסנטזות DNA

מה תפקידו של חלבון TAS בהכפלת הDNA של פרוקריוטים?

קשור לרצפי TER


משמש כמין שסתום אסימטרי חד כיווני שמתיר רק למזל הנכון לחלוף דרכו

BER


הידוע בשם Base Excision Repair mechanism


איזה נזקים הוא יודע לתקן ואיך.



תיקונים "כירוגיים" של בסיס לא תקין.


יודע לתקן שינויים יחסית קטנים למשל אלקילציה,דאמינציה וקרינת UV


יש הרבה אנזמים שוברים את הקשר הNglcosyide


נקראים Glycosylase


ואז הבסיס החנקי עף ונשאר נוקלאוטידים חסרי בסיס Absic sites.


האתר ללא בסיס מזוהה על ידי אנדונולקאז חותך קשר פוספו אסטרי סמוך.




הסיגמנט עף ואז DNA pol 1 או DNA pol Beta


משלים את הסחר


וליגז מחבר את הnick

NER


Nucleotide Excision Repair

יודע לתקן מגוון רחב של מוטציות!


UvrA וUvrB סורקים את הDNA


A עוזב וB נשאר הוא מזמין את C


שהוא Excinuclease ועושה שתי Nick משתי הצדדים.


ואז בה UvrD שהוא הליקז מעיף את המקטע.




ואז בא Pol 1 or וליגאז.

MMR


misMatch Repair


איך נעשה זיהוי הגדיל?

זיהוי הגדיל החדש מתבצע על פי הכיוון של הsliding clamp
וגם על פי הגדיל הממותל ולא הממותל


MutL מחפש רצפי GATC


וMutH חותך את הGATC הלא ממותל.

פרט את מהלך התיקו בMMR


miss match repair

1. MutS נקשר לMisMatch


2. מגייס את MutL


3. והוא מגייס את MutH שהוא אנדונוקלאז כאשר מזהה מי הגדיל לא ממותל הוא חותך אותו ליד רצפי GATC של הגדיל הממותל


4. הלקיז מפריד את הגדילים.


5. אקסונוקלאז חותך את הגדיל עם הnick מנקודות השביר ועד אחרי הMismatch


שלב 4 ו-5 קורים במקביל


6. pol 3 מסנתז ליגז מחבר

איזה חלבונים משתתפים בתהליך Error prone ומה התהליך בקצרה


המנגנון בחיידקים נקרא SOS response


TLS באיקריוטים Translesion synthesis

רפליקציה ללא תיקון הטעות קורב בדרך כלל שיש הרבה טעיות למשל דימרים של פירמדינים (T)


האזור מכוסה על ידי ssDNA (למשל RecA באיקולי)

Prinbow Box מה זה בשעתוק?

רצף של 6 נוקלאוטידים TATAAT


מרכיב חיוני בפרומוטר אצל פרוקריוטים דומה לTATA box.

trp operon antitermination


הסבר מה זה

זה סוג של בקרה שהיא תוך כדי השעתוק


אם יש הרבה trp אז יווצר stem and loop בין רצף 3:4 שיביא לסיום השעתוק.




אם אין הרבה trp הפולימראז' ישתהה ביצירת הרצף של 1


ואז יהיה זיווג בין רצף 2:3 גם לופ אך זה לא! מסיים את השעתוק וכלן יהיה שעתוק של שאר הרצפים.




העיכוב קשור לנוכחות של aminoacyl tRNA של


trp

מה קובע אם הפאג' יעשה מסלול lytic או Lysogenic



חלבון N גם פה יש את התהליך Antitermination.


כאשר הוא מצטבר יש המשך של השעתוק מעבר לטרמינטור.


ואז הפאג' למדה ממשיך למסלול הlytic.




כאשר יש חוסר בחלבון N הפאג' נכנס למלול הליזוגני.

למה אחראי כל אחד מהפולימרזות הבאות?


1.RNA Polymerase 1


2. RNA Polymerase 2 - למה הוא רגיש ומה יש לו שאין לאחרים?


3. RNA polymerase 3

1.RNA Polymerase 1- Pre rRNA


2. RNA Polymerase 2 - Pre mRNA,miRNA


3. RNA polymerase 3 - Pre tRNA, pre rRNA 5s




פולימראז 2רגיש לטוקסין alpha - amanitin ויש לו דומיין שנקרא CTD

RNA Polymerase באוקריוטים רגישים לטוסין


alpha amanitin באיזה ריכוז כל אחד מהם רגיש?

הראשון לא רגיש בכלל.


השני מריכוז של 1ug\ml


השלישי מריכוז של 100ug\ml

1.איזה מין הפקטורי שעתוק הבאים נשארים גם לאלונגציה?


באוקירוטים?


2.ומי נשאר קשור כל הזמן?

1.TFIIE



TFIIH




2.TFIIF

איזה פעילויות של לפקטור שעתוק TFIIH

פעילות של הליקז תוך כדי השקעת נריגה ממיס את האוזר ליד TSS


פעילות של זרחון מזרחן את Pol 2 בCTD בser-5

1.מה התפקיד של RNAse P?



אנדונוקלאז מסוג ריבוזיים חותך בקצה 5 את הtRNA

1.מה התפקיד של RNAse D?

ריבוזיים אקסונולקאז חותך בקצה 3' את tRNA