Reading...
Play button
Play button
Use LEFT and RIGHT arrow keys to navigate between flashcards;
Use UP and DOWN arrow keys to flip the card;
H to show hint;
A reads text to speech;
457 Cards in this Set
- Front
- Back
|
Light microscopy
|
Examine cells at low magnifications (2 um)
|
|
|
Electron microscopy
|
Examine cells and cell structures at very high magnification
|
|
|
Limiting factor in magnification
|
Resolution (funcktion of the physical properties of light)
|
|
|
Resolution
|
Evnen til at skelne to objekter fra hinanden
|
|
|
Bright-field mikroskopi
|
her ses forskelle i absorption, objekter visualiseres grundet kontrastforskelle (densitet), der eksisterer mellem dem og det omgivende medium. Bakterieceller er svære at se i lysfeltmikroskopi grundet manglende kontrast med omgivende medium (farvestoffer kan dog bruges til at farve cellerne, hvormed kontrasten øges, men dog dræbes cellerne) |
|
|
phase-kontrast mikroskopi
|
her ses forskelle i brydningsindex og bruges, når levende ufarvede bakterier skal undersøges, fx for egentbevægelighed.
|
|
|
Dark-field mikroskopi
|
lysmikroskop, hvor lys når objektet fra siderne kun. Det eneste lys, der når linsen, er spredt af objektet, hvorfor man ser objektet lys på en mørk baggrund |
|
|
Neddypning i olie
|
øger lysintensiteten af linsen
|
|
|
Staining
|
Increasing contrast for bright-field microscopy (basic dyes)
|
|
|
Differential staining technique
|
Gram stain
|
|
|
Gram positive bakterier
|
krystal-violet-iod-kompleks. Bakterien optager farven og beholder den grundet deres tykke peptidoglykan-lag: lilla-violet
|
|
|
Gram-negative bakterier
|
Bakterien kan ikke holde på farven ved behandling af ethanol, og siver ud. Farves med safranin: pink
|
|
|
Flourescence mikroskopi
|
chlorophyll, autoflourescence, DAPI
|
|
|
Nucleoid/nucleus
|
arveanlæg, DNA
|
|
|
Ribosome
|
protein fabrik
|
|
|
cytoplasmic membrane
|
lipider
|
|
|
cell wall |
peptidoglykan
|
|
|
membranomsluttede organeller
|
mitochondria, chloroplast
|
|
|
Nucleoid
|
Prokaryote
|
|
|
Nucleus
|
Eukaryote
|
|
|
can couple transcriptopn directly to translation
|
prokaryotes, because their DNA resides in the cytoplasm and is not enclosed within a nucleus as in eukaryotes
|
|
|
rod-shaped prokaryote size
|
1-5um lang, 1 um bred
|
|
|
eukaryote size
|
0,8 um - flerehundrede um
|
|
|
smallest virus |
10 nm
|
|
|
virus
|
a static and stable particle unable to change or replace its parts by itself. Contain only a single form of nucleic acid, either DNA or RNA. Depends on a host cell for replication
|
|
|
genome of prokaryotes
|
circular chromosome aggregates within the cell to form a mass called the nucleoid
|
|
|
prokaryotes are genetically haploid
|
(of a cell or nucleus) having a single set of unpaired chromosomes
|
|
|
plasmider
|
små circulær DNA, som typisk består af gener som giver specielle egenskaber frem for essentielle overlevelses evner
|
|
|
genome of eukaryotes
|
linære chromosomer i en membran omsluttende nucleus
|
|
|
eukaryotes are genetically diploid
|
typically contain two copies of each gene
|
|
|
mitosis
|
nucleus divides after chromosome doubling
|
|
|
meiosis |
diploid genome is halved
|
|
|
Escherichia coli
|
gram-negativ
|
|
|
Streptococcus
|
gram-positiv
|
|
|
Bacillus
|
gram-positiv
|
|
|
Staphylococcus epidermidis
|
gram-positiv
|
|
|
Salmonella
|
gram-negativ
|
|
|
Streptococcus pneumoniae
|
ikke gram
|
|
|
Corynebacterium diphteriae
|
gram-positiv
|
|
|
Staphylococcus aureus
|
gram-positiv
|
|
|
Mycobacterium tuberculosis
|
ikke gram
|
|
|
Lactobacillus
|
gram-positiv
|
|
|
Pseudomonas aeruginosa
|
gram-negativ
|
|
|
Clostridium tetani
|
gram-positiv
|
|
|
Vibrio cholerae
|
gram-negativ
|
|
|
Shigella
|
gram-negativ
|
|
|
Clostridium botulinum
|
gram-positiv
|
|
|
Escherichia coli size
|
single circular chromosome of 4600 kbp with 4288 genes
|
|
|
Chemolitotroph
|
an organism that obtains its energy from the oxidation of inorganic compounds
|
|
|
Chemoorganotroph
|
an organism that obtains its energy from the oxidation of organic compounds
|
|
|
Heterotroph
|
an organism that requires organic carbon as its carbon source
|
|
|
Phototroph
|
an organism that obtains its energy from light
|
|
|
Morphology
|
cell shape
|
|
|
coccus (cocci)
|
rund kugle
|
|
|
rod/bacillus
|
stav
|
|
|
spirilla
|
stav twist i spiral
|
|
|
streptococcus
|
lange kæder af cocci
|
|
|
sarcina
|
three dimensional cube
|
|
|
staphylococcus
|
grapelike clusters
|
|
|
3 functions of the membrane
|
permability barrier, anchor for proteins, major site of energy conservation
|
|
|
osmose
|
hvis salt ikke kan udlignes, må vand udligne en saltforskel mellem ydre og indre
|
|
|
3 properties of the transport system
|
saturation effect, high specificity, highly regulated by the cell
|
|
|
osmotisk tryk i bakteria
|
omkring 2 atm
|
|
|
peptidoglycan
|
polysaccharide af to sukkervarianter N-acetylglucosamine og N-acetylmuramin syre og nogle aminosyrer fx L-alanin, D-alanin. I et glycan tetrapeptid
|
|
|
petidoglycans styrke
|
cross-link af kovalente bånd
|
|
|
cellevæggens funktion
|
giver form og stivhed, forhindre lysering
|
|
|
lysozyme
|
enzym, som kan ødelægge peptidoglycan ved at kløve beta-1,4-glykosidbindingen mellem N-acetylglucosamine og N-acetylmuraminsyre. Cellevæggen bliver svag -> vand kommer ind-> lyse
|
|
|
hvor findes lysozyme
|
i tårer, spyt og andre kropsvæsker, som en beskyttelses funktion mod bakterie infektioner
|
|
|
DAP
|
diaminopimelic acid
|
|
|
cellevæg af gram-positive bakterier
|
90% peptidoglycan. Flere lag i kabler.
|
|
|
teichoinsyre
|
indlejret i gram positive bakteriers cellevæg. Delvis ansvarlig for celleoverfladens negative ladning, grundet dens negative ladning.
|
|
|
lipoteichoinsyre
|
techoinsyre kovalent bundet til membranlipidet i gram positive b.
|
|
|
protoplast
|
en bakterie, der har mistet dens cellevæg uden at lysere
|
|
|
cellevæg af gram-negative bakterier
|
10% peptidoglykan. Resten er lipopolysakkarid-lag (LPS)
|
|
|
lipopolysakkarid-lag (LPS)
|
et ekstra dobbelt lipidlag, der udover phospholipid og proteiner også indeholder polysakkarid, i et komplex
|
|
|
polysakkarid-delen af LPS
|
core polysakkarid og O-polysakkarid
|
|
|
Lipid-delen af LPS
|
lipid A
|
|
|
ydre halvdel af membran af GN
|
LPS erstatter det meste af phospholipiderne
|
|
|
indre halvdel af membran af GN
|
strukturen minder mere om den cytoplasmatiske membran, dog indeholder den stadig lidt lipoprotein
|
|
|
LPS i pyrogen
|
har kraftig feber fremkaldende virkning
|
|
|
endotoxin
|
den toksiske del af LPS: lipid A
|
|
|
Endotoxiner fra salmonella og enteropatogene strenge af e. coli i smittet mad
|
symptomer: gas, diarrhea, opkast
|
|
|
periplasm
|
bag ydre membranen holder proteiner udenfor cytoplasme mebranen fra at flyde væk. 15 nm, gel-like consistency. Sec-protein-eksport-system
|
|
|
Poriner
|
fungerer som kanal for ind- og udgang for hydrofile, lav-molekylære stoffer. Modsat plasmamembranen, er den ydre membran hos gram-negative, gennemtrængelig for små molekyler grundet tilstedeværelsen af proteinerne
|
|
|
Ikke-specifikke poriner
|
vandfyldte kanaler, hvorigennem ethvert lille stof kan passere
|
|
|
specifikke poriner
|
indeholder et bindingssted for strukturrelaterede stoffer
|
|
|
Mange prokaryote organismer udskiller slimet materiale på deres celleoverflade, der består af polysakkarid/protein.
|
De kaldes ”kapsler” og ”slim-lag” og har til funktion at hjælpe til at binde mikroorganismerne til faste overflader, fx overfladen af værtvæv.
|
|
|
kapsler
|
tæt lag bundet sikkert til cellevæggen med nogle kovalent bundet til peptidoglykan
|
|
|
slim-lag
|
let formet og bundet mere løs til cellevæggen
|
|
|
funktion af polysakkarid lag i bakterier
|
hjælper til at binde mikroorganismer til cellens overflade, fx pathogene
|
|
|
biofilm
|
bakterier bundet til fast overflade som danner et tykt lag a celler
|
|
|
kapseleret patogene bakterier
|
sværere for phagocytiske celler at genkende og ødelægge
|
|
|
trådformede strukturer af protein, der strækker ud fra overfladen af celler
|
Fimbriae, pilus
|
|
|
fimbriae
|
gør det muligt at klæbe ved overflader, fx dyrevæv, fx hos salmonella, eller lave biofilm
|
|
|
pilus
|
ligesom fimbrae men er længere og få. kan være receptor for bestemte vira
|
|
|
2 pilus funktioner
|
facilitere genetisk udveksling mellem celler: conjugation vedhæfte patogener til værtsceller til virus invasion
|
|
|
endospores
|
Nogle bakterier producerer strukturer, som virker som en overlevelsesstruktur i hårde tider, fx ved høje temperaturer, tørke eller næringsmangel
|
|
|
endosporer findes hos
|
Bacillus (nutrient starvation) og clostridium, gram-positiv
|
|
|
sporulation
|
finder sted, når cellen er stoppet med vækst, når fx et essentielt næringsstof som carbon er begrænset
|
|
|
vegetations process efter sporulation
|
Aktivering: at varme nylig formede endosporer i få minutter Spiring: ved tilstedeværelse af specifikke næringsstoffer (bestemte aminosyrer, fx alanin) Udvækst: synlig svulmen grundet vandindtagelse og syntese af ny RNA, protein og DNA, og cellen begynder nu med vegetativ vækst igen
|
|
|
exosporium
|
tyndt protein lag af ydre endospore
|
|
|
sporekappen
|
flere lag spore-specifikke proteiner
|
|
|
cortex (bark) af endospore
|
løstsiddende cross linked peptidoglykan
|
|
|
Dipicolinsyre
|
karaktiaristisk i endosporecellers kerne, og mangler hos vegetative celler
|
|
|
hvorfor endospore dehydreret og stabil for varme
|
Calciumdipicolinsyre komplex
|
|
|
dræbe endosporer
|
autoclavering 121 grader celcius i 15/30 min
|
|
|
SASP
|
small-acid-soluble-proteins i endosporekernen, som o Binder sig tæt til DNA og beskytter den mod skade fra ultraviolet stråling, udtørring og tør varme. Fremstår som carbon- og energikilde ved udvæksten af nye vegetative celler i spiringsprocessen
|
|
|
Endospore stages
|
omkring 8 timer. Asymetrisk celledivision -> omslutning af kerne, cortex formation -> sporekappe, Ca optag, SASP, dipicolinsyre -> modning, celle lysering -> fri endospore
|
|
|
catabolism
|
breaks molecular structures down, releasing energy in the process
|
|
|
anabolism
|
uses energy to build larger molecules from smaller ones
|
|
|
macronutrients
|
required in large amounts
|
|
|
micronutrients
|
required in small amounts
|
|
|
essential elements
|
Hydrogen, oxygen, carbon, nitrogen, phosphor, sulfat, selenium
|
|
|
vand i celler
|
ca 70-80 %
|
|
|
Escherichia coli vægt
|
10^-12 g
|
|
|
macromolekyler
|
proteiner, nukleid syre, lipider og polysakkarider
|
|
|
protein i celler
|
55%
|
|
|
autotroph
|
microorganismer som bruger carbon dioxid som carbon ressource og lys samt uorganiske stoffer som energi
|
|
|
siderophores
|
iron binding molecules to transport into cell
|
|
|
kulture medium
|
opløsning med næringstoffer til dyrkning af mikroorganismer
|
|
|
Defineret medium
|
præcise mængder af rene stoffer i demi vand. Præcis opskrift på stoffer og deres mængde. Carbon kilde afhænger af hvilken bakterie man vil undersøge
|
|
|
Escherichia colis carbon kilde
|
kan vokse i et simpelt defineret medium, dvs. at det kan syntetisere alle dets organiske bestandsdele fra en enkel carbonkilde. Glukose
|
|
|
komplex medium
|
til at gro mange forskellige mikroorganismer. Behøver ikke præcis sammensætning af medium. Bruger digest af fx gær celler
|
|
|
selektiv medium
|
indeholder stoffer der hæmmer vækst af nogle mikroorganismer men ikke andre. (f.eks. Mannitol-Salt plade til staphylokokker). Til isolering af specifikke bakterier
|
|
|
differential medium
|
indeholder en indikator som ændre farve ved reaktion med en bestem bakterie, til identifikation af specifikke bakterier (f.eks. Mannitol-Salt plade reagerer ved S. aureus med klar gul zone, mens ingen zone ved S. epidermidis)
|
|
|
aseptisk teknik
|
en serie a trin til at forhindre kontamination under arbejde med kulturer og sterile medium
|
|
|
aseptisk transfer
|
flamber poden -> Åben glas+ flamber mund -> Dyp podenål i glaskultur -> flamber mund -> luk glas
|
|
|
anaerobic respiration
|
electron acceptors andre end oxygen bliver brugt til en del af respiration i en række prokaryoter. Ved E. coli, nitrate NO3- bliver reduceret til nitrite NO2-
|
|
|
chemolitrophy
|
typisk aerobisk metabolisme. Oxidation af uorganisk elektron donor, giver elektroner til ETC så PMF bliver dannet. De er autotrophe
|
|
|
Phototrophy
|
Bruger lys som energikilde (photosyntese) Bruger ATP for at nedbryde CO2 som carbon kilde – også kaldes photoautotroph Nogle bruger dog organiske stoffer som carbon kilde – photoheterotroph
|
|
|
catabolic diversity
|
metabolic variations employing different electron acceptors
|
|
|
Cellevækst
|
en stigning i antallet af celler
|
|
|
binary fision
|
i en voksende stav-formet celle, forlænger cellen sig indtil den deles i to celler. E. coli bliver ca dobbolt dens længde
|
|
|
septum
|
skillevæg af membranen formet ved binary fision, som deler cellen i to
|
|
|
generation time
|
tiden, hvor en celle deles i to. Afhænger af nærings og genetiske faktorer og temperatur.
|
|
|
balanced growth
|
når alle cellulære dele vokser proportionalt
|
|
|
Fts
|
Filamentous temperature sensitive
|
|
|
Fts proteiner
|
essentielle for celledeling hos bakterier.
|
|
|
FtsZ
|
vigtigt fts protein, som findes i alle prokaryoter (tubulin i eukaryoter)
|
|
|
divisome
|
fts proteiner interagerer og danner dette "celle-delings-apparatur"
|
|
|
division septum
|
cytoplasmatisk cellemembran og celle-væg materiale dannet af divisome
|
|
|
Min proteiner
|
sørger for at divisome formes i midten af cellerne og ikke ude ved polerne
|
|
|
Ftz-ring kokker vokser
|
celle væggen vokser i modsat vej ud fra FtsZ-ringen
|
|
|
Ftz-ring stav vokser
|
cellevæggen vokser flere steder langs cellen
|
|
|
autolysiner
|
enzymer, der virker som lysozymer, laver små huller i FtsZ-ringen, hvor nyt cellevægs materiale bliver tilføjet henover
|
|
|
bactoprenol
|
en lipid carrier molekyle, som transporterer peptidoglykan precursors over cellemmembranen
|
|
|
transglykosylase
|
enzymer, som interagerer med bactoprenol om at indsætte peptidoglykan precursorne i den voksende del af cellevæggen og katalyserer glykosidbindingsdannelsen
|
|
|
transpeptidation
|
sidste trin i cellevægssyntesen, der danner peptid-kryds-bindinger mellem muraminsyrerester på nærliggende glykan-kæder. I E. coli er det FtsI der er hovedproteinen i processen ved division septumet
|
|
|
penicillin
|
Beta-lactamer, hindrer transpeptidationsreaktionen ved at binde sig til penicillin-bindeproteiner (FtsI), der mister deres katalytiske aktivitet, og ny cellevægsyntese ophører samtidigt med fortsat autolysin-aktivitet, der svækker cellen og leder til lysis.
|
|
|
2 gode funktion ved penicillin
|
o Mennesker er eukarya og har derfor ikke peptidoglykan, hvorfor penicillin normalt er ikke-toksisk. o Alle patogene bakterier har peptidoglykan og er derfor potentielle mål for penicillin
|
|
|
Eksponentiel vækst
|
antallet af celler fordobles i et konstant tidsinterval N=N0*2n, n:antallet af generationer
|
|
|
generations tid
|
g= t/n
|
|
|
specific growth rate (k)
|
ved linær sammenhæng på semilogaritmisk skala, kan hældning beregnes k=0,301/g
|
|
|
division rate
|
v-antallet af generationer per tidsenhed ve eksponentiel vækst v=1/g
|
|
|
growth curve / vækst cyclus
|
en organisme som vokser i en lukket vessel, som tube eller flaske (batch culture), kan ikke voske eksponentielt i uendlighed. Dette beskriver en hel cyclus
|
|
|
lag fase
|
1. den periode, der går før vækst begynder, fx grundet at celler er udtømt for essentielle bestandsdele, der kræver tid for at blive biosyntetiseret, eller Når et mikrobielt kultur bliver inokuleret i et nyt friskt medium, skal disse have noget tid til at tilpasse sig, før de kan vokse
|
|
|
eksponential fase
|
2. Efter de har tilpasset sig, vil de vokse eksponentielt. Vækst raten af denne afhænger af miljøet (temperatur, næringsstoffer, osv.). celler i ekspotentiel vækst er typisk i deres bedste tilstand
|
|
|
stationære fase
|
3. når den eksponentiale vækst ophører, Her er der hverken en stigning eller et fald i antallet af celler, altså er vækst raten = 0. her er kyrptisk vækst
|
|
|
kryptisk vækst
|
når nogle celler vokser, mens andre dør, så ingen netto forøgelse/mindskelse af antallet i den stationære fase.
|
|
|
faktorer som begrænser vækst og indleder stantionær fase
|
Et essentielt næringsstof er opbrugt Et affaldsprodukt af organismen hober sig op og hæmmer væksten
|
|
|
Dødsfasen
|
4. når cellerne begynder at dø, nogle ved cellelysis. Dødsfasen er også en ekspotentiel funktion men dog meget langsommere end vækstfasen.
|
|
|
viable cell
|
levende celle, der er i stand til at deles og give afkom
|
|
|
colony-forming units (cfu)
|
Hvis to eller flere celler klumper sammen, så vil de kun danne én koloni, og derfor er data udtrykt som colony-forming units (cfu) i stedet for antallet af levedygtige celler, idet en cfu kan indeholde flere celler
|
|
|
Direkte mikroskopi-tælling på naturlige prøver viser typisk flere organismer end talt på en plade, hvilket kan skyldes
|
o Mikroskopiske metoder tæller døde celler også o Forskellige organismer kan have forskellige næringsbehov og vækstbetingelser end laboratoriekulturer
|
|
|
komplex medium med 10% NaCl
|
isolering af Staphylococcus fra hud (epidermidis), fordi salt hæmmer growth a de fleste andre bakterier
|
|
|
turbidietsmåling
|
Her måles totale cellemasse, som er proportional med celleantal og dermed kan man bestemme celleantallet i en voksende kultur
|
|
|
turbidity
|
Denne metode går ud på at bestemme cellemasse ud fra turbiditet (uklarhed) af en kultur. Uklarhed opstår ved at celler reflektere lys. Jo større cellemasse desto mere uklarhed.
|
|
|
optical density (OD)
|
enheden for turbiditet, som måles i spektrofotometer
|
|
|
turbiditet bølgelængder
|
Følsomheden er bedst ved korte bølgelængder, men ved tætte cellesuspensioner er længere bølgelængder bedst
|
|
|
A540
|
det spredte lys, som måles i turbiditetsmåling
|
|
|
turbiditetsmåling funktion
|
erstatning for vitaltælling, men kræver dog brugen af en standardkurve med fx vitaltælling sammenholdt med turbiditet
|
|
|
turbiditet ved for høje cellekonc
|
Proportionaliteten med celleantal og turbiditet holder dog til en vis grænse, for ved høje celle-koncentrationer, kan celleoverlapninger påvirke lysspredningen og give fejlresultater (dvs. linearitets-afvigelse i standardkurve)
|
|
|
turbiditet P&C
|
quick, easy, no kill cells - clumps, biofilm
|
|
|
4 key factors for microbial growth
|
temperatur, pH, vand tilgænglighed, oxygen
|
|
|
Min kardinal temperatur
|
membran gelling, intracellulær transport er så langsom at vækst ikke kan ske
|
|
|
Optimum kardinal temperatur
|
cellen vokser ved dens maksimale rate
|
|
|
max kardinal temperatur
|
denaturering af cellens komponenter
|
|
|
4 væksttemperaturoptimum klasser
|
Psykrofil, mesofil, thermofil, hyperthermofil
|
|
|
Psychrophiles
|
lav temp. Optimum (15C, 20, 0)
|
|
|
Mesophiles
|
midt temp. Optimum, udbredt i naturen (39C, 48, 8) for E. coli
|
|
|
Thermophiles
|
høj temp. optimum (over 45C)
|
|
|
Hyperthermophiles
|
meget høj temp optimum (over 80C)
|
|
|
Neutrophiles:
|
Gror ved en pH-værdi på 5,5-7,9.
|
|
|
Acidophiles:
|
Gror ved en pH-værdi på under 5,5
|
|
|
Alkaliphiles:
|
Mikroorganismer der har optima ved pH 8 eller over (disse producerer proteaser og lipaser)
|
|
|
obligat syrefil
|
Høje koncentrationer af hydrogionioner ved lav pH er essentiel for membranstabilitet for syrefile bakterier, hvis plasmamembran ellers ville ødelægges ved højere pH
|
|
|
Basefile bakterier
|
Bacillus slægten. Den ydre membranoverflade af basefile bakterier er omgivet af hydroxidioner, hvormed protondrivkraften normalt ikke ville fungere (bioenergisk problem for fx ATP-syntese). B. firmus løser problemet med at have en Na+-drivkraft, der fx driver transportreaktioner.
|
|
|
intracellulær pH
|
skal altid være omkring neutral pH for at undgå ødelæggelse af cellens makromolekyler. DNA Acid labil, RNA alkali labil.
|
|
|
Buffere
|
bruges i batch-kulturer for at holde pH relativ konstant, idet pH kan variere ved vækst, metaboliske reaktioner, når der bruges eller produceres syre- eller basesubstanser. For neutrale pH-områder bruges potasiumfosfat, KH2PO4 og calciumcarbonat CaCO3
|
|
|
Water activity
|
aw. Defineres som ratio (mellem 0-1) af: - damptryk af luften i ligevægt med substans eller: - damptryk af vand i ligevægt med opløsning
|
|
|
positiv vand balance
|
når en celle har højere solute-koncentrationer end miljøet, så vandet diffunderer ind i cellen
|
|
|
Halofile
|
Skal bruge en vis mængde NaCl for at kunne gro. Optimum varierer (0%-13%). Kan ikke bruge KCl, skal bruge Na+
|
|
|
Non-halophile
|
dør ved over 0% NaCl
|
|
|
Halotolerent
|
vokser bedst ved fravær af opløste stoffer, men kan tolerere miljøer med lav vandaktivitet. o Gram-positive kokker af stammen Staphylokokker er halotolerante (isolations medium med 7-10%)
|
|
|
extreme halophiles
|
orgniasmer der gror ved 15-30% NaCl
|
|
|
Osmofile
|
i stand til at vokse i miljøer med høj koncentration af sukker
|
|
|
xerofile
|
i stand til at vokse i meget tørre miljøer
|
|
|
Compatible solutes
|
bruges inden i cellen for at regulere vandaktivitet og er ikke hæmmende på biokemiske processer i cellen, fx vandopløselig sukkermolekyler eller aminosyrer
|
|
|
Aerobe
|
Gror ved fuld oxygen tensions (luft 21% O2) og respirerer O2 i deres metabolisme
|
|
|
Microaerophiles
|
gror kun ved mindre end 21% O2 i luft
|
|
|
Fakultative aerob
|
under passede nærings -og kulturbetingelser kan de vokse med ilttilstedeværelse eller –mangel men dog bedst med oxygentilstedeværelse, fx E. coli
|
|
|
anaerob
|
kan ikke respirere oxygen
|
|
|
aerotolerant anaerob
|
respirere ikke O2, men kan gro ved tilstedeværelse
|
|
|
obligat anaerob
|
Clostridium-stammen, hæmmes eller dør ved tilstedeværelse af O2
|
|
|
reducerende agenter
|
bruges til et kulturmedium af en anaerob bakterie, så at de kan reducere oxygen til H2O, fx thioglycolat
|
|
|
Katalaseprøven
|
Til at identificere respirationsteknikken af et bakterie. Det er et enzym der bliver dannet af obligat aerobe og fakultativ aerobe. spalter: H2O2 -> H2O + O2
|
|
|
giftige oxygener
|
superoxide, hydrogen peroxid, hydroxyl radical - biprodukter ved respiration af O2 -> H2O
|
|
|
superoxid
|
(O2- ) ødelægges af superoxide dismutase
|
|
|
hydrogen peroxid
|
(H2O2) ødelægges af katalase
|
|
|
Hydroxyl radical
|
OH*
|
|
|
Pyrimidine
|
C, T (U)
|
|
|
Purine
|
G, A
|
|
|
Central dogme
|
DNA -> RNA -> protein
|
|
|
Replikation
|
DNA -> DNA
|
|
|
Transkription
|
DNA -> RNA
|
|
|
Translation
|
mRNA -> protein
|
|
|
mRNA
|
indeholder genetisk information (codon)
|
|
|
tRNA
|
konverterer den genetiske information i mRNA til proteiner (anticodon)
|
|
|
rRNA
|
udgør ribosomer, som sætter aminosyre byggeblokke sammen, og Codon:anticodon
|
|
|
Denaturation
|
når dobbel helix åbnes (ved påført varme)
|
|
|
Reannealing
|
Når dobbel helix samles igen (efter åbning ved varme)
|
|
|
Hybridization
|
Når man samler single strands som ikke har været bundet
|
|
|
AT
|
2 hydrogen bindinger
|
|
|
CG
|
3 hydrogenbindinger
|
|
|
stem-loops
|
formed by nearby inverted repeats. Common in RNA
|
|
|
Plasmider
|
har til forskel med chromosomer at de er mindre, og bærer på nonessentiel information (som f.eks. resistens oa.). Free typically circular DNA. De består af dsDNA. De replikeres af normale enzymer.
|
|
|
Plasmider i gram-negativ
|
replikeres ligesom kromosom, bidirectional rundt i cirklen
|
|
|
Plasmider i gram-positiv
|
replikeres via en rullende cirkel mechanisme
|
|
|
Episomer
|
Plasmider som kan blive integreret ind i chromosomer, derved overtages replikation af disse, af choromsomet
|
|
|
Curing
|
elimination af plasmidet fra værten ved celledeling
|
|
|
Plasmid transfer
|
Conjugation, transformation, transduction
|
|
|
conjugation
|
to celler fussionere. Controlled by tra region
|
|
|
transformation
|
optager frit DNA
|
|
|
transduction
|
medieret af bacteriophage
|
|
|
R plasmider
|
resistance plasmids giver resistens til værtscellen
|
|
|
Plasmid R100
|
kan overføres til mellem enteriske bakterier af E. coli, Salmonella, men ikke gram-negative uden for enteric gruppen
|
|
|
Virulence
|
disease causing ability
|
|
|
2 major characteristics of virulence of plasmid encoded
|
En pathogens evne til at sætte sig på, og kolonisere specifikt væv - Produktionen af Toksiner, enzymer og andre molekyler der kan skade værten
|
|
|
Enteropatogene strenge af E. coli
|
kan kolonisere tyndtarmen of producere toxiner som giver diarrhea
|
|
|
colonization factor antigen
|
kodet af plasmider. Er et protein som giver bakteriecellen evnen til at hæfte sig på epithelial cellerne af tarmen
|
|
|
hemolysin
|
lyserer røde blodceller. Enteropatogen toxin fra E. coli plasmid
|
|
|
enterotoxin
|
inducerer store mængder vand og salte ind i tarmen. Enteropatogen toxin fra E. coli plasmid
|
|
|
bacteriocins
|
proteiner som hæmmer eller dræber tætrelaterede stammer eller andre strenge fra samme stamme. E. coli producerer colicins, Col plasmid
|
|
|
Replikation er semikonservativ
|
Den nye dsDNA der er replikeret indeholder 1 ny strand og en gammel strand.
|
|
|
Replikations retning
|
5' -> 3'
|
|
|
DNA pol III
|
Primær enzym for replikation af chomosom DNA.
|
|
|
DNA pol I
|
er også involveret i chomosom replikation men i mindre grad (fjerner RNA primer og fylder gaps)
|
|
|
DNA pol II, IV, V
|
hjælper med reparation af beskadiget DNA
|
|
|
Primer
|
en nukleinsyre, typisk et kort stykke af RNA, bruges for at starte en ny kæde, hvortil DNA polymerase kan fastgøre den første nukleotid. Fordi Pol kan kun tilføje en nukleotid til en allerede eksisterende 3’-OH-gruppe
|
|
|
Primase
|
et enzym, der syntetiserer RNA-primeren=11-12 nukleotider, der er komplementære til DNA-templaten
|
|
|
RNA polymerase
|
katalyserer dannelsen af phosphodiester-binding mellem ribonukleotider. Kan initiere transkription uden primers
|
|
|
RNA polymerase subunits
|
β og β’ (beta prime) ligner hinanden α findes i to kopier σ (sigma) genkender promoter regionen, frigives efter kort tid ved transkription ω (omega): bruges til at samle kerneenzymet og ikke til RNA-syntesen
|
|
|
Wobble(=vaklen)-fænomen
|
Ved specielle tilfælde kan et tRNA genkende flere codons, hvor den så danner standard basepar ved de første to positioner på codons kun.
|
|
|
Frameshift
|
Sker ved insertion eller deletion af subunit. Dette vil medføre at man får en fuldstændig forkert protein.
|
|
|
Open reading frame (ORF)
|
Hvis et mRNA kan bliver translateret, indeholder den et ORF: en start codon (AUG), som følges af nogle codons, derefter en stop codon.
|
|
|
Codon bias
|
Nogle codons foretrækkes frem for andre
|
|
|
Nonsense codon
|
stop codon, signal the termination of translation of a protein-coding sequence on the mRNA (UAA, UAG UGA)
|
|
|
start codon
|
start kodning sekvens på mRNA (AUG)
|
|
|
Shine-dalgarno sekvens
|
upstream sekvens på mRNA, som genkendes af og binder til ribosom
|
|
|
Aminoacyl-tRNA synthetase
|
enzym, der forbinder tRNA med dens specifikke aminosyre
|
|
|
tRNA
|
kløver form, bærer på anticodon og aminosyre bygge blokke
|
|
|
CCA-adding enzyme
|
enzym som tilføjer Ved 3’-enden tre uparrede nukleotider, der er essentielle for funktion. Aminosyren er kovalent bundet til adenosine
|
|
|
Exons
|
kodende region (bliver ekspresseret)
|
|
|
introns
|
separerer de kodende regioner
|
|
|
splicing
|
klipper introns ud fra det primære (umodne) RNA, så det kan blive et modent RNA
|
|
|
Histoner
|
proteiner med positiv ladning som neutraliserer den negative ladning af DNAs fosfat grupper
|
|
|
nucleosome
|
struktur af histoner med lineær DNA fra eukaryote chromosomer viklet rundt om
|
|
|
chromatin
|
DNA-kompleks plus histoner
|
|
|
heterochromatin
|
stærkt kondenseret chromatin som ikke kan transkriberes fordi RNA pol ikke kan komme til
|
|
|
RNA polymeraser i eukaryotisk nucleus
|
RNA pol I, II, III
|
|
|
RNA pol I
|
transkriberer gener for de to store rRNA molekyler (18S, 28S)
|
|
|
RNA pol II
|
Transkriberer proteinkodende-gener
|
|
|
RNA pol III
|
transkribere gener for: tRNA, 5S rRNA, og andre små RNA)
|
|
|
TATA-box
|
promoter sekvens i eukaryote
|
|
|
Pribnow box
|
promoter sekvens i bakterie
|
|
|
eukaryote ribosomer
|
80S
|
|
|
bakterie ribosomer
|
70S
|
|
|
monocistronisk
|
Eukaryotisk mRNA, som koder kun for et enkelt protein
|
|
|
polycistronisk
|
bakterie mRNA som koder for flere proteiner
|
|
|
Met-tRNA
|
euk. Initiator som binder til små ribosom subunit før mRNA binding
|
|
|
fMet-tRNA
|
bak. Initiator som binder til mRNA og bagefter ribosom
|
|
|
Corynebacterium diphteriae
|
hæmmer translation i eukaryote celler af et protein toxin
|
|
|
genekspression
|
transkription og translation til et specifikt polypeptid
|
|
|
to niveauer af regulering af celler
|
regulering af protein aktivitet, og proteinmængde syntetiseret
|
|
|
Regulering af proteinaktivitet
|
(hurtig, sekunder eller mindre) efter at det er blevet syntetiseret, fx at enzymet (som de fleste proteiner jo er) hæmmes og ikke katalyserer den ønskede reaktion
|
|
|
o Regulering af proteinmængde syntetiseret
|
(langsom, flere minutter), der kan forekomme ved enten: § Regulering af transkription: ved at tilpasse mængden af dannet mRNA, mest væsentlige regulering i prokaryote § Regulering af translation: ved enten at oversætte eller ikke oversætte mRNA’et
|
|
|
constitutive molekyler
|
En række molekyler som skal ekspresseres i cellen, i samme mængde under alle omstændigheder.
|
|
|
varmedrabstiden
|
den tid, det tager at inaktivere en given bakterieart ved en bestemt temperatur, som mål for en bakteriearts varmeresistens
|
|
|
Inaktiveringstiden
|
kan beskrives ved hældningen af en bakterieratio til tiden kurve
|
|
|
Decimeringstiden
|
den behandlingstid som kræves for at opnå en reduktion af antal mikroorganisemer med 90%. tiden der kræves til 90 % reduktion af antallet af levende bakterier. (bruges dog ofte til at beskrive drabtshastigheden) 90% means 1 log scale 10^6->10^5
|
|
|
Minimum Inhibitory Concentration (MIC)
|
Den minimale konc. af et konserveringsmiddel, der er i stand til at hæmme vækst af mikroorganismer eller reducere disses vækst til et niveau under den synlige grænse. Den laveste koncentration, der hæmmer vækst betegnis MIC
|
|
|
Baktericid virkning
|
en påvirkning (fysisk eller kemisk), der medfører bakteriedrab
|
|
|
bakteriostatisk
|
hæmmer bakteriens vækst, men dræber dem ikke
|
|
|
Ikke-specifik protein-nukleinsyre interaktion
|
Histoner hos eukaryoter. Deres positive ladning binder uspecifikt til DNA's negative ladning (negative fosfatgrp). Transkription kan ikke forekomme når DNA'et er dækket med histoner, da RNA pol ikke kan binde. Ved at fjerne histoner, vil DNA'et være mere tilgænglig
|
|
|
Specifik protein-nukleinsyre interaktion
|
de fleste DNA-bindingsproteiner interagerer med DNA på en sekvens-specifik måde, dvs. de binder sig kun til DNA indeholdende en specifik base-sekvens. De er ofte homodimere. Ofte på major groove
|
|
|
Homodimere
|
indeholdende to identiske polypeptider, som hver binder sig til hver af de to DNA-strenge
|
|
|
Major groove
|
Når protein dimer binder her, kan de enten inhiberer eller stimulere transkription.
|
|
|
Regulation ved transkription
|
første trin i biologisk informations flow, derfor erher simpelt og effektivt at kontrollere gen ekspression. Former for regulation: induction, repression
|
|
|
Enzyme repression
|
forekommer når et specifikt enzym ikke syntetiseres, idet produktet, som enzymet ellers ville katalysere syntesen af, er tilstede i rigelige mængder. Fx arginine
|
|
|
Enzyme repression P&C
|
Dette sikrer, at organismen ikke spilder energi og næring ved at syntetisere unødvendige enzymer
|
|
|
Enzym induktion
|
et enzym syntetiseres kun, hvis dets substrat er tilstede. Fx beta-galaktosidase i E.coli syntetiseres kun hvis laktose er tilstede. Kontrol mekanismen sørger for at det specifikke enzym kun er til stede når der er brug for det
|
|
|
E. coli lac operon
|
koder for beta-galaktosidase, som kløver laktose til glukose og galaktose
|
|
|
Inducer
|
substans som inducerer syntesen af et enzym (fx laktose)
|
|
|
corepressor
|
et substans som hæmmer syntesen af et enzym (fx arginine)
|
|
|
effectors
|
inducer, corepressor
|
|
|
negative control
|
udtryk for regulation af repressors, da deres rolle er at hæmme mRNA syntese Tilsættes corepressoren -> Repressor bindes til Operator -> RNA polymerasen kan ikke komme til ->ingen transkription.
|
|
|
E. coli protein repressors
|
lac, trp
|
|
|
activator protein
|
binder til DNA når inducer molekyle er bundet, så RNA pol kan genkende promoter og binde (maltose)
|
|
|
repressor protein
|
binder til DNA når repressor molekyle er bundet, så RNA pol ikke kan binde til promoter, blokere transkription (arginine)
|
|
|
operator
|
downstream fra promoter, her binder repressor protein
|
|
|
activator-binding site
|
upstream fra promoter, her binder activator protein
|
|
|
regulon
|
Flere operons som kontrolleres af et enkelt regulationsprotein
|
|
|
infektion
|
processen hvor virusen kommer ind i cellen
|
|
|
virology
|
the study of viruses
|
|
|
virus rely on host cells for
|
energy, materialer til replikation af deres genom og proteinsyntese
|
|
|
virion
|
ekstracellulær form a virus = particle
|
|
|
Klassefisering af virus
|
DNA/RNA->single/double stranded->lineær/cirkulær
|
|
|
Bacteriophages
|
bakteriel virus. Nogel har lysozomer
|
|
|
capsid
|
proteinskald af en virion, der består af flere kapsomers
|
|
|
Enveloped virus
|
contain a membrane surrounding the necleocapsid. Many viruses are enveloped, most infect animals
|
|
|
nucleocapsid
|
komplet komplex af nukleinsyre og protein pakket i virion
|
|
|
N0
|
det initale antal levende bakterier
|
|
|
reverse transcriptase
|
DNA polymerase der laver RNA til DNA til RNA
|
|
|
Lysozymer i bakteriophage
|
laver hul i værtscellecæggen til injicere dets genom. Lysere cellevæg til frigivelse af virion
|
|
|
Plaque
|
Når en virion initiere en infektion på et lag af værtsceller der vokser på en overflade, vil man kunne se en zone (hul) med lysis ( lavet af lysozomes)
|
|
|
plaque-forming units
|
bruges til at tælle antallet af virus i samplen
|
|
|
Viral replication cycle
|
Attachment (absorption) Penetration (entry, injektion) Synthesis Maturation (Assembly+packaging) Release
|
|
|
eclipse
|
I de første få minutter efter infektion vil virus gennemgå en (formørkelse), dvs. at de smittende partikler ikke kan ses i kulturmediet
|
|
|
viral maturation
|
assembly, packageing
|
|
|
viral latent period
|
eclipse + maturation
|
|
|
burst size
|
antal virions frigivet
|
|
|
viral replication cycle time
|
20-60 min (backterial) 8-40 h (animal viruses)
|
|
|
one-step growth curve
|
characterizes virus replication, because the release of viruses is more or less simultaneous
|
|
|
restriction endonucleases
|
enzymer i prokaryoter som kløver fremmede dsDNA ved specifikke sekvenser, og derved forhindre dets replekation
|
|
|
viral DNA mutation til restriction resistens
|
glykosylation, methylation
|
|
|
Class I
|
dsDNA (+) normal replikation -> mRNA (+) - lambda, T4
|
|
|
Class II
|
ssDNA (+) -> replikation -> dsDNA -> transkription ->mRNA (+)
|
|
|
Class III
|
dsRNA (+) -> transkription af (-) -> mRNA (+)
|
|
|
Class IV
|
ssRNA (+) -> bruges direkte som mRNA
|
|
|
Class V
|
ssRNA (-) -> replikation -> mRNA (+)
|
|
|
Class VI
|
ssRNA (-) retrovirus: -> reverse transkriptase -> ssDNA (+) -> replikation -> dsDNA -> transkription af (-) -> mRNA (+)
|
|
|
Class VII
|
class III
|
|
|
Torque teno virus
|
circular ssDNA of negative polarity
|
|
|
positiv -strenget RNA virus
|
virus med ssRNA gen med samme orientation som dets mRNA
|
|
|
negativ-strenget RNA virus
|
virus med ssRNA gen komplimentær til dets mRNA
|
|
|
retro virus
|
ssRNA (+) of class VI. Animal virus that are responsible for causing certain kinds of cancers, and AIDS. Uses reverse transcriptase enzym to make dsDNA via hybrid RNA-DNA intermediate
|
|
|
ambivirus
|
ssRNA with half orientation
|
|
|
early proteins in virus
|
necessary for replication of virus nukleinsyre, typisk katalytiske enzymer
|
|
|
late proteins in virus
|
typisk struktur dele fx capsid
|
|
|
Inducerbare mutationer
|
Sker i lab (induceret) - Sker både unaturligt og naturligt i miljøet f.eks.: kemikalier, naturalig stråling (mutagenesis)
|
|
|
Spontane mutationer
|
Sker uden ekstern virkning som følge af fejl i DNA replikation
|
|
|
punkt mutationer
|
mutationer som ændrer et enkelt basepar (nonsense, missense, silent -mutation)
|
|
|
silent mutation
|
den ændrede codon koder stadig for samme aminosyre. Normalt i 3. basepar
|
|
|
missense mutation
|
muteres til en codon der koder for et andet protein
|
|
|
nonsense mutation
|
muteres til en stop codon , resulterende i en for tidlig stop protein
|
|
|
transition mutation
|
purine-purine (A-G)/pyrimidine-pyrimidine (C-T)
|
|
|
transversion
|
Pyrine-pyrimidine mutation
|
|
|
Frameshift
|
Sker ved insertion eller deletion af basepar. Dette vil medføre at man får en fuldstændig forkert protein. Idet codon Reading frame, rykkes 1 trin.
|
|
|
First line of defence
|
skin, mucous membranes, stomach acid
|
|
|
Second line of defence
|
inflammatory response, phagocytes
|
|
|
Innate (non-specific) immunity
|
the body's built in ability to recognize and destroy pathogens or their products (phagocyte)
|
|
|
Phagocyte
|
celler som kan optage fremmede partikler, og spise og dræbe flest patogene bakterier. Hvide blodceller (leukocyte)
|
|
|
phagosome
|
vesikel med en fremmed partikel
|
|
|
Neutrophiles
|
most common phagocyte. Fast and abundant
|
|
|
makrophages
|
most verstile phagocyte
|
|
|
monocyte
|
dendritic cell, macrophage
|
|
|
dendritic cell
|
tend to be best activaters of the adaptive immune system. Best cell at activating T helper cells
|
|
|
Adaptive (specific) immune system
|
(lymphocyte)
|
|
|
Lymphocyte
|
hvide blod celler -> opdelt i Bone/Thymus lymphocytter, hvor de maturerer
|
|
|
B lymphocyte
|
humoral response, hvid blod celle, bone marrow. Har MBA. Hver B celle har sin egen unik slags antibodies på membranen. Efter aktivation deles til memory cells, eller effector cells. APC på MHC II
|
|
|
T lymphocyte
|
cell mediated respons Th, Tc
|
|
|
humoral response
|
responding to particles that are floading around in the body. B lymphocytes most acitve
|
|
|
Antibodies
|
immunoglobulins, protein. Attach to patogens to tag and disables them
|
|
|
MBA
|
Membrane bound antigen på B lymphocyter
|
|
|
epitope
|
delen på patogenet hvor MBA binder
|
|
|
Plasma cells
|
Effector B cells -> antibody factory som laver antibodies som binde til de specifikke MBA
|
|
|
opsonization
|
phagocytose af celler med antibody bundet til antigener
|
|
|
PAMPs
|
Pathogen-associated molecular patterns, macromolekyle af gentagende subunits inde og celleoverfladen fx LPS af gram-negative bakterier
|
|
|
MHC II
|
anitgen presenting proteins. B lymph, macrophager, dendritic cells
|
|
|
Helper T cells
|
the alarm of the immune system. Differentiate into effector Th and memory Th like B cells
|
|
|
Cytotoxic T cells
|
binder til MHC I og angriber infiltrerede/unormale celler to kill. Kan også ske på cancer cells
|
|
|
naive T/B cells
|
non memory/effector T/B cell, not been activated before
|
|
|
cytokines
|
protein/polypeptider from effector Th cells, raises the alarm
|
|
|
MHC I
|
findes på alle celler med nucleider
|
|
|
PPRs
|
Pattern recognition receptors interagerer med med et bestemt PAMP for at aktivere phagocyten
|
|
|
immune memory
|
rapid increase in adaptive immunity after a second antigen exposure
|
|
|
tolerence
|
sørger for at adaptive immunitet handler på fremmede partikler som er farlige for værten og ikke værtens egne celler
|
|
|
antigen presentation
|
processen hvor antigenet bliver kløvet i peptider og presenteret på overfladen af cellen vha MHC, som den kan præsentere for lymphocytterne
|
|
|
antigen
|
unik patogen molekyle
|
|
|
Plasma cells
|
produces antibodies (effector B cells)
|
|
|
FcR
|
Fc receptor, antybody receptor på fagocyter, som binder til antibody bundet til antigen
|
|
|
complement proteins
|
are attracked to pathogen cells bound by antibodies. can form a pore in the cytomembrane directly lysing the pathogen cell
|
|
|
neutralization
|
processen hvor antibody binder til exotoxiner, og blokerer dem fra at binde til værts celler
|
|
|
endogenous pyrogens
|
inflammatory cytokins produce fever by stimluating release of prostaglandins in the brain
|
|
|
proinflammatory cytonkines
|
IL-1, IL-6 TNF-a
|
|
|
C3R
|
C3 receptors that bind complement proteins
|
|
|
AI specificity
|
antigen-antibody, antigen-TCR interaction
|
|
|
immune memory
|
provides the host with the ability to immediately resist previously encountered pathogens. Fx vacciner
|
|
|
immune tolerance
|
evnen til ikke at kunne reagere på self-antigens
|
|
|
antiserum
|
serum der indeholder antibodies
|
|
|
IgG
|
80% of serum Igs, bivalent
|
|
|
Th1 celler
|
genkender antigen-MHC II komplex på fx macrophager og bliver aktiveret. Den frigiver så cytokiner som stimulerer macrophagerne og øger den fagocytiske aktivitet, og fremmer inflammation
|
|
|
Th2 celler
|
bliver aktiveret a B cellens MHC II-antigen komplex, hvorved den udskiller cytokinerne IL-4 og IL-5 , som stimulerer B cellen til celle deling til plasma celler som producerer antistof og memory B celler.
|
|
|
sterilisation
|
udryddelse eller fjernelse af alle viable organismer fra et medium eller fast overflade
|
|
|
decontamination
|
behandling af et objekt eller overflade for at gøre det sikkert, fx tørre borde af fjerner kontaminerede organismer og deres potentielle næring
|
|
|
disinfection (disinfectant)
|
can dræbe eller hæmme mikroorganismer vækst
|
|
|
autoclave
|
sealed heating device that uses steam under pressure to kill microorganisms
|
|
|
pasteurization
|
brugen af kontrollerede varme to at sænke antallet af mikrogorganismer i mælk og andre varmesenstitive væsker
|
|
|
antimicrobial agent
|
naturlig eller syntetisk stof som dræber eller hæmmer vækst af mikroorganismer
|
|
|
-cidal
|
midler som dræber organismer
|
|
|
-static
|
midler som ikke dræber, men hæmmer væksten af organismer
|
|
|
selective agents (selective toxicity)
|
er mere toksiske for mikroorgansimer end dyrevæv. Gode fordi de kan dræbe mikroorganismer uden at skade værten
|
|
|
bakteirostatisk
|
tyspisk hæmmer proteinsyntesen ved at binde til ribosomer. Hvis koncentrationen sænkes, frigeves stoffet fra ribosomerne og syntesen kan vidreføres
|
|
|
bakteriocidal
|
binder fast til deres mål, kan ikke fortyndes væk, og dræber cellen, men fjerner den ikke
|
|
|
bakteriolytisk
|
dræber cellen ved at lysere den, og frigive dens cytoplasmiske indhold. Fx antibiotika som penicillin
|
|
|
tube dilution technique
|
the MIC is the lowest concentration of agent that comepletely inhibits growth of the test organism
|
|
|
chemical sterilants, sterilizers
|
udryder alt form for mikrobial liv, inkl endospore. Bruges når varme eller radiation ikke er praktisk,
|
|
|
disinfectant
|
gulv
|
|
|
sanitizers
|
tallerkner
|
|
|
antiseptics germicides
|
alchohol
|
|
|
revertant
|
in point mutations: a strain in which the original phenotype that was changed is restored. -> same-site revertant (true revertant), second-site revertant
|
|
|
same-site revertant
|
mutationen, der restaurerer aktiviteten er på samme side som den originale mutation. Mutationer, der restaurerer originalsekvensen kaldes true revertant
|
|
|
second-site revertant
|
mutationen er et andet sted i DNA’et og kan resultere i 1) mutation i samme eller andet gen, der genetablerer enzymfunktionen 2) mutation i et andet gen, der resultere i et nyt enzym, der erstatter det første
|
|
|
3 mekanismer for genetisk udveksling
|
transformation, transduction, conjugation
|
|
|
3 ting der kan ske med et tranferred DNA
|
klippet af restriktions enzymer, replikkere sig selv (kun hvis har origin, plasmid phage genom), kombinere med værtscrhomosom
|
|
|
RecA
|
protein, der medierer homologous recombination
|
|
|
replikase
|
RNA afhængig RNA polymerase. RNA->RNA
|
|
|
fortyndingseksponent
|
n, angiver hvor koncentrationsafhængigt et desinfektionsmiddel er
|
|
|
Exotoxin A
|
Pseudomonas aeruginosa hæmmer proteinsyntese, ved modeficering af EF-2 ved ADP-ribosylation
|
|
|
opportunistisnk patogen
|
forårsager kun sygdom når værtscellen mangler dens normale forsvarsmekanisme
|
|
|
attenuation
|
sænket eller forsvundet virulens af et patogen, often used for vaccines
|
|
|
exotoxins
|
toksiske proteiner som udskilles fra patogene celler. De gør skade på værten et fjernt sted fra deres infektionsted
|
|
|
virulens
|
et kvantitativt mål på patogenicitet. Altså patogenets relative evne til at fremkalde sygdom
|
|
|
DNA endonuklease
|
laver et hak i en af DNA strengene til Rekombination
|
|
|
SSB
|
single-strand binding protein
|
|
|
Transformation
|
genetisk transfer, hvor frit DNA bliver inkorporeret i en modtager celle og forårsager genetisk ændring. Denne proces findes naturligt i prokaryoter. Når cellevæggen lysere, vil den samlede DNA (nucleoid ) komme ud af cellen. Idet DNA’et er meget langt vil det knække.
|
|
|
R strains
|
muteret celler uden kapsel
|
|
|
S strains
|
kapsuleret celle strenge
|
|
|
Competent celle
|
en celle som kan optage frit DNA og derved blive transformeret
|
|
|
Elektroporation
|
technique, bruges til bakterier der er svære at trsnformere. Celler blandes med DNA og udsat for korte høj-spændings elektriske impulser, som danner porer i membranen så cellen kan optage DNA
|
|
|
transfection
|
tranformation med gener specifikt fra bakteriel virus
|
|
|
transduktion
|
bakteriel virus (bakteriofag) transfer DNA fra en celle til en anden. Escherichia, pseudomonas, salmonella, staphylococcus
|
|
|
generalized transduction
|
DNA fra et uspecifikt del af værts gen pakkes ind i en moden virion i stedet for virionets genom
|
|
|
specialized transduction
|
DNA fra et specifikt del af værts chromosom bliver integretet dirkte i virus genomet (typisk ved udskiftning). Homologous recombination may occur
|
|
|
lytic cycle
|
virus replikations cyclusen
|
|
|
transducing particle
|
ved virus replikation, pakke enzymet kommer til at pakke værts DNA i stedet. Defective no viral dna
|
|
|
Prophage
|
en phage som har været igennem lytic cycle
|
|
|
phage conversion |
ændring i phenotype af værtscellen pga lysogenization
|
|
|
conjugation
|
bakteriel 'mating', en mekanisme for genetisk overførsel som involverer celle-til-celle kontakt. Styres via plasmid, fx F-plasmid, fleste G-
|
|
|
F plasmid
|
Fertillity', kun donor celle indeholder plasmid
|
|
|
tra region
|
indeholder gener som koder for overførselsfunktioner fx sex pilus. F pili, G-
|
|
|
Rolling circle replication
|
transfer of plasmid DNA by conjugation
|
|
|
vector |
lille simpelt genetisk element, plasmid virus
|
|
|
DNA ligase |
enzym som kovalent binder vector og DNA strengene sammen
|
|
|
shuttle vectors
|
kan replikkeres og er stabil i to eller flere orgnaismer
|
|
|
sterilisation
|
en proces hvor alle de levedygtige mikroorganismer dræbes.
|
|
|
desinfektion |
reducerer antallet af mikroorganismer til et acceptabelt niveau
|
