Genetique (A/p Du Cours 4 Sur Cytogénétique)

Front 1

Comment fonctionne l'appareil fusorial a l'anaphase?

Back 1

Le fuseau comprend 2 types de fibres:
-celles attachees au centromere qui attirent les chromatides vers les poles
-celles qui poussent et ecartent les poles l'un de l'autre

Front 2

Index mitotique?
Quels renseignements peut-il fournir?

Back 2

Nb de cells en division sur 100 ou 1000 cells etudiees
Il permet:
-evaluer l'activite mitotique d'1 tissu
-la comparer a celle d'autres tissus

Front 3

Elements cellulaires specialement impliques dans la mitose?

Back 3

-Centrosome
-Centrioles [2/centrosome]
-4 types de chromatine ds noyau
-nucleole
-membrane nucleaire

Front 4

4 types de chromatine ds noyau

Back 4

Heterochromatine dispersee
Heterochromatine liee au nucleole
Heterochromatine liee a la membrane nucleaire
Eurochromatine

Front 5

Difference entre chromatine, chromosome et chromatide

Back 5

Chromatine= materiel colore retrouve ds noyau interphasique
Chromosome= chromatine compactee
Chromatide= moitie longitudinale d'1 chromosome durant mitose

Front 6

Qu’est-ce qu’il faut retenir de particulier dans le PCR?

Back 6

Les brins se racourcissent de + en +, car les bouts se manquent à chq cycle (pense aux télomères)

Front 7

Les polymérases sont-elles toutes d’origine humaine

Back 7

Non, par exemple Taq est d’origine bactérienne

Front 8

Période S?

Back 8

-durant interphase
-durée cte pour 1 type de cells donné

Front 9

Peut-on avoir une pénétrance complète avec 1 expressivité variable?

Back 9

OUI! ex de polydactylie ds le codex

Front 10

Différence entre pénétrance incomplète, mosaicisme, expressivité, mutation de novo

Back 10

Ex de mosaicisme : 46, XX – 47, XX +21
Ds les gènes maternels, présence de gènes mutés à 1 moment donné ds la même lignée cellulaire (ex : parmi les 2 cellules filles après la divison, 1 est mutée)

Mutation de novo : nouvelle mutation ds le bébé, et pas ds les gamètes des parents

Front 11

Différence entre pénétrance variable et autosomique récessive

Back 11

Ds la pénétrance variable, la mutation du gène est tjs là de facon dominante
Ds l’autosomique récessive, c’est autosomique récessive

Front 12

C quoi le temps d’élution

Back 12

Le temps de migration (par exemple ds la migration sur gel, le temps d’élution dépend de la taille du fragment)

Front 13

micropuces?

Back 13

technique pour séquencer des grandes gènes

Front 14

pyroséquençage?

Back 14

PAS QUELQUE CHOSE DE FLUORESCENTE!!!
incorporer 1 nucléotide par pol -: libérer 1 pyrophosphate -: rxns enzymatiques qui génèrent la lumière!

ADN pol va incorporer pour générer lumière peu importe la séquence

*technique intéressante car doit pas savoir ou est la mutation

Front 15

SNG/séquençage de nouvelle génération?

Back 15

-permet de réaliser le séquençage de manière massivement parallèle
-séquençage de plusieurs gènes d'un ou plusieurs individus simultanément
- plus en recherche et peu en clinique

Front 16

démarches de SNG?

Back 16

-ADN coupé en fragments courts
-liaison d'adapteurs et code-barres
-génération d'1 banque d'ADN
-séquençage et détection
-alignement
-créer la liste de variants

Front 17

SNG permet de voir quoi?

Back 17

pyroséquençage
fluorescence

Front 18

Méthodes de SNG?

Back 18

fragmentation et banques d'ADN
fragmentation:
-nébulisation
-sonication

banques:
-PCR émulsion
-bridge PCR

Front 19

risque d'anomalies congénitales?

Back 19

3% à la naissance
5% à 12 mois de vie
20% des mortalités infantiles
cause majeure de morbidité à long terme

Front 20

étiologie des malformations congenitales?

Back 20

-anomalie chromosomique
-microremaniement génomique (anomalies de nb indétectables avec méthodes habituelles)
-cause monogénique (1 gène 1 maladie)
-syndrome génétique
-clastique (bris de tissus irremplaçables)
-trait complexe (prédisposition + autres)
-environnementale

Front 21

mécanisme de non-dysjonction méiotique lors de la méiose I

Back 21

la photo du s.4 p.10 cours sur Dx prénatal
le mécanisme de la trisomie 21 le + fréquent ds la population

Front 22

Syndrome de Down: commenter sur le 4% de translocation robertsonnienne comme mécanisme ds ce syndrome

Back 22

la moitié de ces translocations rob sont de novo (donc 2%)

et SI LA FORME DE TRISOMIE 21 PAR TRANSLOCATION EST HEREDITAIRE! car l'enfant a herite d'une translocation des parents

Front 23

échographie de datation?

Back 23

clarté nucale ds certains centres certifiés

Front 24

que faut-il garder en tête quand on prend 1 échantillon foetal?

Back 24

il faut toujours faire 1 analyse chromosomique en même temps

Front 25

amniocentèse?

Back 25

prélèvement + que 15 semaines
perte foetale 0.5%
peut pas doser le cholestérol ds LA

Front 26

amniocentèse précoce?

Back 26

prélèvement 11-14 semaines
perte foetale 1.8%
peut pas doser le cholestérol ds LA

Front 27

biopsie choriale?

Back 27

perte foetale 1%
contamination maternelle
mosaique placentaire
technique directe ou en culture (+long)

Front 28

que faut-il faire avant de piquer pr 1 dépistage...?

Back 28

-confirme Dx
-évalue le risque de transmission (causes monogéniques) ou d'étiologie génétique (anomalie foetale) =: statut de porteur des parents
-révise options de tests invasifs et non invasifs
-vérifie dispo du test Dx
-conseil génétique non-directif

Front 29

distinction entre duplication et translocation non-équilibrée?
(ex: ds syndrome de Down)

Back 29

duplication= risque de transmission n'augmente pas par ATCD familial
translocation non-équilibrée= risque de porteur de translocation ÉQUILIBRÉE

Front 30

définir une sonde

Back 30

fragment d'ADN simple-brin à séquence CONNUE

Front 31

ds FISH, que signifie en général l'absence d'une sonde?

Back 31

signe de délétion!

Front 32

décrire l'application du Dx cytogénétique de la FISH

Back 32

-préciser 1 anomalie complexe
-Dx de micro-remaniements chromosomiques non visibles au caryotype
-FISH

Front 33

exemples de remaniements cryptiques?
what do they do???

Back 33

ce sont des anomalies INFRAMICROSCOPIQUES => invisibles au microscope optique => caryotype seems normal
donc des MICROREMANIEMENTS:
-remaniements des régions subtélomériques
-remaniements interstitiels

they expliquent 1 nb significat de cas de retard mental
peut etre detecte par HGM [hybridation genomique sur micropuce]

Front 34

1 délétion des 2 allèles est-elle viable?

Back 34

non

Front 35

mécanisme commun pour toutes les microdélétions récurrentes vues en classe

Back 35

recombinaison homologue non allélique durant méiose => délétion et duplication de la région entre les répétitions (les 2 chromosomes ne s'alignent pas correctement)

Front 36

ce mécanisme explique donc quoi?

Back 36

la fréquence de ces remaniements
le haut taux de survenue "de novo"

Front 37

décrire les remaniements subtélomériques

Back 37

-régions terminales, riches en gène, difficiles à distinguer au caryotype standard

remaniements sub.:
-6% des enfants avec retard mental dysmorphies + caryotype normal
-fréquence en décroissante: translocation équilibrée, délétion, duplication
-hérédité ds env. 40% des cas

Front 38

caracteristiques du FISH interphasique

Back 38

-important facteur Dx et pronostique ds leucemies LMC et LAL
-permet de voir la forme de trisomie [libre ou avec translocation]
=> 2 signaux separes: sans translocation
=> signaux fusionnes: avec translocation

Front 39

les 2 types de micropuce

Back 39

-BACs
-Oligonucleotides

Front 40

decrire BACs

Back 40

-sonde de meme taille que celle de FISH
-resolution - grande

Front 41

decrire Oligonucleotides

Back 41

-meilleure resolution que BACs
-taille ~ 60 pb
-avec ou sans marqueurs SNPs
-resultat technique + fiable et + rapide

Front 42

c quoi SNPs

Back 42

single nucleotide polymorphism
-polymorphisme le + connu du genome humain
-segment d'ADN ou les 2 chromo. ne different que par 1 nucleotide ou pb
-detecter disomies uniparentales

Front 43

c quoi les demarches importantes [3] pour favoriser l'interpretation des donnees ds l'investigation d'1 patient?

Back 43

-INDICATION CLINIQUE PRECISE NECESSAIRE
-prelevement des parents peut etre necessaire
-bases de donnees necessaires

Front 44

C quoi des microsatellites?

Back 44

Sequence de ADN ou des sequences de trinucleotides sont repetees plusieurs fois

Front 45

difference entre technique d'absorbance/densite optique et technique de teintures intercalentes pour verifier qualite d'ADN extrait?

Back 45

teintures intercalentes sont + precises pour les petites qtes d'ADN

Front 46

what can we comment on les maladies genetiques that involves les extremites de la sequence du gene [promoteur and the like...]?

Back 46

les anomalies de ces parties du gene ne peuvent pas etre detectees avec les techniques standard [a moin d'etre precis sur ce qu'on cherche]

Front 47

DX mlc: baremes de densite optique/absorbance?

Back 47

A=absorbance
A260 / A280 = 1.8

Front 48

les 3 differences essentielles entre mitose et 2e division de meiose

Back 48

CHECK 3P2 module 3

Front 49

combien de types morphologiques de chromosome peut-on distinguer a la mitose humaine

Back 49

3
acro
meta
submeta

Front 50

element de la structure chromosomique servant de base a cette classification?

Back 50

centromere

Front 51

les 3 differences les + importantes entre chromosomes ds G1 et ds metaphase

Back 51

CHECK 3P2 module 3

Front 52

distinguer faux-sens et non-sens

Back 52

faux-sens= pas de codon stop => proteine avec des mauvais aa
non-sens= codon stop => proteine + courte

Front 53

lequel est plus grave?

Back 53

non-sens, cause a bad proteine is always better than a short one! XD

Front 54

5 grosses etapes d'inactivation du X?

Back 54

comptage du ratio X:autosome
choix aleatoire du X a inactiver
inactivation ou initiation
propagation
maintien

Front 55

4 principales caracteristiques du X inactif?

Back 55

hypermethylation des histones H3 + ilots CpG
hypoacetylation des histones H4
replication tardive en phase S
etat condense durant interphase [corpuscule Barr]

Front 56

what is particular about regions pseudoautosomiques ds inactivation du X

Back 56

ce sont des regions qui echappent a l'inactivation

Front 57

difference between Xist and Tsix?

Back 57

Xist= sur X inactif ["i" en avant => inactif]. It's an ARN!!!!!!!!!!!!
Tsix= sur X actif ["i" en arriere => actif] *ATTENTION= on parle d'effet sur LA SOURIS ICI, sur humaine le Tsix est encore mysterious :D

Front 58

hypoacetylation fait quoi
hypermethylation fait quoi

Back 58

hypo= resserrer les ADN environnants to make sure that the X inactif se compacte => become heterochromatine facultative

hypermethylation= METHYLE ADN duh! pour compacter encore et toujours ~

Front 59

ou se trouve le centre d'inactivation du chromosome X?

Back 59

sur bras long => Xq13

Front 60

constriction secondaire?

Back 60

ds 1 chromosome general, la constriction primaire = centromere

ds 1 chromosome acrocentrique only, il y a 1 autres constriction sur les bras courts => constriction secondaire [region ou la chromatine est - dense]

Front 61

la morale de l'histoire d'inactivation du X?

Back 61

il faut avoir le - d'acetyls possibles => hypoacetylation!
il faut avoir le + de methyls possibles => hypermethylation!

Front 62

how do we determine a normal woman with a normal condition with test related to corpuscule de Barr?

Back 62

presence de cor. Barr ds 20% des cells examinees

Front 63

important ABCs of the corpuscule de Barr test?

Back 63

frottis buccal => BAARRRRR XD
on ne compte PAS les corpuscles ADHERENTES a la membrane nucleaire, SEULEMENT ceux a la PERIPHERIE du noyau

Front 64

what can u tell me about LES BIAIS ds inactivation du X

Back 64

le choix du X a inactiver tries to rapprocher le + possible des conditions normales

l'inactivation was seemingly done with hasard au debut, MAIS 1 selection intercellulaire favorisant le type cellulaire LE MIEUX ADAPTE genetiquement s'effectue apres! => notion de translocation

MOSAIQUES !

Front 65

important ABCs of mosaiques chez inactivation du X

Back 65

LES FEMMES sont mosaiques pour genes lies au X
LES FEMMES sont heterozygotes pr certains alleles du X [car les 2 X qu'elles ont sont differentes!]

les cells d'1 meme type cellulaire sont regroupees [genre X maternel actif ensemble et X paternel actif ensemble] car inactivation du X est transmissible aux cells filles!

Front 66

taux de biais d'inactivation du X chez les femmes?

Back 66

5-20%

=> conclusion: les alleles exprimes lies au X se retrouvent ds des proportions variables => femmes heterozygotes pour 1 caractere lie a X peuvent avoir des phenotypes variables! [make sure to understand le raisonnement]

Front 67

synonyme d'inactivation du X

Back 67

LYONISATION ! => MARY LYON

Front 68

risque de recurrence pour les maladies a heredite multifactorielle? [ex: anomalie du tube neural et acide folique]

Back 68

3-4%

Front 69

Les indications pour faire un diagnostic préimplantatoire ?

Back 69

Les indications pour faire un diagnostic préimplantatoire sont les mêmes que dans un contexte prénatal normal. Il existe par contre certaines différences lorsqu’un dépistage visant à améliorer l’implantation est fait (certaines aneuploïdies ou translocations n’auraient pu être dépistées dans une grossesse standard).

Front 70

indications pour faire 1 Dx prenatal [pk le faire]

Back 70

-offre 1 choix informe au couple a risque
-Tx efficace dispo
-rassure le couple a risque
-preparer a 1 grossesse d'1 enfant aux conditions genetiques ou interrompre grossesse selon choix du couple

Front 71

2 points that i think important in Dx preimplantatoire

Back 71

- ce Dx n'evalue pas transmission paternelle
- est moins efficace pour gene subtelomerique

Front 72

difference entre constitution chromosomique homogene et non-homogene?

Back 72

homogene: toutes cellules analysees ont la meme formule chromosomique [toutes anormales ou toutes normales]

non-homo: le contraire DUH

Front 73

difference entre mosaique et chimere?

Back 73

mosaique = constitution non-homo de toutes les cells analysees, mais proviennent from one and only zygote

chimere= constitution non-homo de toutes les cells analysees, et proviennent de 2 zygotes differentes

Front 74

what can cause 1 mosaique

Back 74

segregation MITOTIQUE anormale des chromosomes

Front 75

difference entre polyploidie et aneuploidie

Back 75

polyploidie = 1 tres GROSSE AUGMENTATION de nb de chromosomes par triploidie or more! => cause par polyspermie!!!!!!!!!! EMBRYO!!!!!!!!!!!!
n changes drastically => 69 ou 92 chromosomes

aneuploidie= touche 1 seule paire de chromosome homologue dont le nb est augmente ou diminue
n changes de 1-2 unites max => 45, 47 ou 48 chromosomes

Front 76

difference entre cells euploides et aneuploides?

Back 76

euploide = multiple de n, can be normal or not
-normal 2n
-anormal 3n, 4n...

aneuploides SONT TOUJOURS ANORMALES

Front 77

difference entre inversion paracentrique et pericentrique?

Back 77

para= inversion des 2 bras du meme cote [no centromere included]

peri= inversion des bras des differentes cotes, segment centrometrique est a l'envers

Front 78

bivalent?

Back 78

complexe de 4 chromatides soeurs

Front 79

complexe synaptomenal?

Back 79

ds meiose I !!
ds Zizis et Deviennent

Front 80

Dx prenatal: gametogenese male and gametogene female sont souvent associes a quels types de problemes genetiques with age avancee respectively?

Back 80

gameto. male= mutation de novo => so + de risque de mutations de novo avec age paternel avance [achondroplasie]
gameto. female= anomalies chromosomiques => so + de risque de dysjonction meiotique/et autres avec age maternel avance [syndrome de Down]

Front 81

Beckwith-Wiedemann?

Back 81

troubles d'empreinte genomique
risque 18x + eleve de conception FIV [faite in vitro]
risque de syndrome Beckwith-Wiedemann de 1/4000 enfants FIV

Front 82

RECHECK TRANSMISSION D'ACIDES NUCLEIQUES DE MERE A BEBE!!!!!

Back 82

CHECKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKK

Front 83

risque de recurrence pour trisomie 21?
son incidence?

Back 83

15% chez femmes, 1% chez hommes
1/600 naissances

Front 84

incidence de porteur de fibrose kystique de population du Qc?

Back 84

1/25

Front 85

les 5 conditions qui peuvent rompre l'equilibre Hardy-Weinberg?

Back 85

1- isolat [population de petite dimension]
2- reunions entre les personnes partageant les memes caracteres
3- migration [colonisation d'1 region par 1 gr restreint d'invididus non representatifs de la population d'origine]
4- mutation [apparition d'un nouveau allele]
5- selection

Front 86

decrire mecanisme genetiques de X-fragile

Back 86

mutation dynamique
sequence repetee de CCG en 5' UTR de gene FMRI
normal: 5-55 repetitions
pathologique: >200 repetitions => ce qui amene methylationdes ilots CpG du promoteur et inhibition du gene

Front 87

type de sequence repetee differente between X-fragile et dystrophie myo Steinert?

Back 87

X-fragile = expansion de sequence CCG
Steinert= expansion de sequence CTG

Front 88

SRY situe where exactly?

Back 88

Yp11.3
juste en-dessous de RPA

Front 89

a quel niveau les erreurs lies aux SRY peuvent se produire?

Back 89

au niveau de recombinaison:
-l'appariement entre X et Y pendant gametogenese par la region pseudoautosomique [RPA] wasn't done correctly
-translocation

=> individus XX with a SRY sur 1 des X auront 1 developpement masculin

Front 90

which is more rare: 1 man XX or 1 woman XY

Back 90

1 man XX : incidence 1/20 000 to 1/25 000) => manliness is always rare XD
*XX SRY + : 80-90% des reversions sexuelles XX

1 woman XY: incidence 1/3000 to 1/5000

Front 91

comment on mecanisme qui enclenche anomalie chromosomique pr trisomie 18/ Edward

Back 91

meiose maternelle II le plus souvent

Front 92

ATTENTION: LA definition EXACTE d'une FORMULE CHROMOSOMIQUE?

Back 92

composition en chromosomes D'UNE CELLULE DONNEE
[et non toutes les cells du corps]

Front 93

QUESTIONS A REVOIR ABSOLUMENT!!!!
LONGUEUR DES Y selon heterochromatine ou eurochromatine?

les termes polyallelique et polygenique too
+ translocation 1 peu + pousse=> genre c'est tu 1 anomalie structurale ou numerique or both!!!

Back 93

check ds notes