Genetik Dna, Rna, Replikation Eg Kap 8-9

Front 1

Vad är central dogma i genetiken?

Back 1

DNA -> RNA -> Protein. (Replikation -> Transkription ->Translation = Protein.)

Front 2

Vad är transkription och var föregår den?

Vad är translation och var föregår den?

Back 2

Transkription är RNA-syntes som "avläser" DNA till mRNA genom DNA polymerase i cellkärnan.
Translation är översättning av mRNA till proteiner i ribosomerna.

Front 3

Hva er omvendt transkripsjon (“reverse transcription”) och var sker detta?

Back 3

Virus kan omvandla RNA till DNA. Detta sker via enzymet reverse transcriptase som syntesiserar DNA. Detta sker i cellen hos värden för viruset.

Front 4

Hva står forkortelsene DNA og RNA for og hilken forskjell beskriver navnene?

Back 4

Deoxyribosnukelinacid och ribonukleoacid och påvisar skillnaden mellan disse med pentos-sockermolekylen deoxiribose och ribose hos respektive.
Deoxiribose har karboxylgrupp –OH på karbon 2 där ribose har –H.

Front 5

DNA og RNA inneholder to typer nitrogenholdige baser, hvilke?

Back 5

Puriner: Adenin och Guanine. Pyrimidiner: Cytosine, Tyrosine och Uracil. DNA innehåller AGCT. RNA innehåller: AGCU.

Front 6

Vilka baser kopplas till varandra?

Back 6

DNA: A=T, G=C
RNA: A=U, G=C (T i DNA översätts till U i RNA)

Front 7

Hur är basernas struktur?

Back 7

Pyrimidiner: Enkla ringstrukturer
Puriner: Dubbla ringstrukturer

Front 8

Vad är forskjellen mellom dATP og ATP?

Back 8

Forskjellen ligger på karbon 2. ATP har där en karboxylgrupp -OH medan dATP har en hydrogenatom -H.

Front 9

Hva definerer en nukleosid og et nukleotid?

Back 9

Nukelosid är en pentossocker (ribose eller deoxyribose) tillsammans med nitrogenbas (puriner eller pyrimidiner). Nukleotid är en nukleosid sammen med en eller flera fosfatgrupper.

Front 10

Vad är skillnaden på ATP, ADP och AMP?

Back 10

Hur många fosfatgrupper bestämmer Mono- di eller triphosphate.

Front 11

Definer begrepene dinukleotid, oligonukleotid og polynukleotid.

Back 11

To nukleotider blir en dinukletid, upp till 20 är oligonukleotid och over 20 är polynukleotid.

Front 12

Vad är viktigt att veta i DNA-strukturen? 6 punkter (+Litt om avstånd)

Back 12

- DNA tråden består i en dubbelhelix med en diameter av 20Å = 2nm.
- Disse är två polynukleotider som går antiparallellt.
- Var 360 vridning är 34 Å lång och består i minor groove, 12 Å och major groove, 22 Å.
- Avståndet mellan två baser i följd är 3,4 Å.
- Minor groove och major groove har olika proteiner som kan binda sig till dem där det är färre som kan binda sig till minor.
- Dubbelhelixen är en amfipatisk struktur där de hydrofoba baserna är belägna i mitten av strukturen och de hydrofila socker- och fosfatgrupperna är utåt i strukturen. Varannan socker och varannan fosfat.

Front 13

Fortell hva du vet om A-, B- og Z-DNA, likheter og forskjeller. Vilken är vanligast i en cellkärna?

Back 13

- A (10 baspar/vridning) och B(11 bp/vridning) är högervridna dubbelhelix.
- Z (12bp/vridning) är vänstervriden dubbelhelix.

- B är vanligast i cellkärnan.
- A och Z har mindre major groove än B och B får därför plats med fler proteiner i sin major groove.

Front 14

DNA og RNA er polymerer som har har polaritet. Hva menes med det?

Back 14

Polariteten bestäms av riktningen av syntesen, dvs. 5’ till 3’ och avläsning går från 3’ – 5’. Bestäms av de kemiska egenskaperna hos ändarna. 3’ avslutas i en karboxylgrupp. 5’ avslutas med fosfatgrupp.

Front 15

Hva menes med at DNA replikasjon er semikonservativ?

Back 15

Semikonservativ är sättet som DNA blir replikerat på. 'Gamla' DNA tråden öppnas och dubbleras med varsin ny tråd.

Front 16

Er DNA-syntesen i kromosomene uni- eller bidireksjonell? Start- och slutpunkt?

Back 16

Bidirektionell – eftersom de går i två riktningar. Startar från ORI slutar i TER.

Front 17

Hvis du skal sammenligne DNA replikasjon hos prokaryote og eukaryote organismer, hva er en vesentlig forskjell?

Back 17

Eukaryoter har mye mer DNA än prokaryoter och därför är strukturen och lagringen betydligt mer komplex.

Front 18

Angi hvilken retning (3’/5’) nysyntesen har og hvor energien til denne reaksjonen stammer fra.

Back 18

Nysyntes går från 5’ – 3’ där nya nukleotider adderas till 3’ änden (-OH änden). Energin kommer fra fosfatgruppen hos nukleotiden som blir lagt till.

Front 19

Lag en oversikt over alle komponenter som må være tilstede for at in vitro (i reagensglas i laboratoriet) DNA-syntese skal kunne foregå.

Back 19

- Fysiologisk pH och temp.
- Primer (3'-OH)
- Template
- dNTPs
- Mg2+

Front 20

Vad är DNA-polymerase och vilka typer finns?

Back 20

DNA-polymeraser er store enzymkomplekser som er sammensatt av mange polypeptidkjeder. Både bakterier og eukaryote celler har 3-4 (I-IV) DNA-polymeraser med forskjellige oppgaver.

Front 21

Hvilke avgrensede spesialfunksjoner har de ulike DNA-polymerasene bakterie- og dyreceller? Kan du si noe om katalytiske egenskaper som er koblet til disse spesialfunksjonene.

Back 21

I – syntese av DNA, ansvarig av frigöring av primern och finns i större mängd än polymerase III och är stabilare.
II – Kan förlänga existerande DNA-tråd. Inblandad i reparation från yttre krafter som UV ljus.
III – Är ansvarig för 5-3’ polymerisering dvs kan förlänga existerande DNA-tråd. Holoenzym – det är ett stort komplex bestående av flera underenheter. Exonuklease och proofreading (korrekturläsning som blir aktiverat av en felaktig nukleotid). Behöver en primer med fri 3’ hydroxylände för att förlänga syntesen.
IV- Inblandad i reparation.
V - Inblandad i reparation.

Front 22

Beskriv en replikasjonsgaffel med gamle og nye DNA-tråder med 5’ og 3’-ender markert.

Back 22

Replikation går från 5’ till 3’ änden via DNA polymerase där originalbaser på template strand blir ihop parade med sin parbas, A=T och C=G. Leading strand är en sammanhängande ny strand. Lagging strand är motsatt osammanhängande sekvenser av strands som binds samman av DNA polymerase och ligase.

Front 23

Beskriv en replikasjonsgaffel med gamle og nye DNA-tråder med 5’ og 3’-ender markert.

Back 23

Replication fork = replikasjonsgaffel er en Y- formet struktur i replikasjon av DNA, armene er ny syntetisert DNA molekyler som består av en parental tråd og en ny tråd. Tråden som er parental DNA blir hele tiden brettet ut når det blir kopiert.

I bidirectional replikasjon kommer replikasjonsgaffelen til stedet langs kromosomet hvor replikasjon skjer. Replikasjonsgaffelen starter i point of Origin (O) og beveger seg langs DNA duplexen. Når replikasjon skjer i bidirectional replikasjon er det to replikasjonsgaffler.

Front 24

Beskriv syntesen av “lagging strand” ved RNA primers (med fri 3’-OH) og Okasakifragmenter. Hvilke proteiner deltar og hvilken enzymfunksjon har de?

Back 24

Ved DNA-syntese så blir det en så kallet replication fork; DNAet deler seg opp i en Y-form, og to nye dattertråder blir formet. Det er enzymet DNA polymerase som, med hjelp av den gamle tråden som mal, katalyserer adderingen av nukleotider til 3’enden av den voksende DNA-tråden.
Dette fungerer bra på den ene tråden i replication fork, som blir kontinuerlig syntetisert, siden den har sin 3’-ende tilgjengelig. Denne kalles leading strand.
Den andre tråden, lagging strand, må vokse fra 5’-enden. De vokser diskontinuerlig i korte DNA-fragmenter kallet okazaki fragment. Primer RNA fungerer som startpunkt for disse fragmentene, som nå kan bli «baklengs» syntetiser av DNA-polymerase, som også tar bort den gamle RNA primeren. Det mellomrom som oppstår når RNA primeren fjernes bindes sammen av DNA-ligase, som skaper en fosfodiesterbinding.

Front 25

69. Hva er problemet med å replikere endene av eukaryote kromosomer (telomerene)? Hva er konsekvensen dersom problemet ikke løses?

Back 25

svar

Front 26

Vad händer med DNA ändarna när RNA-primer inte kan fästes för att initiera replikation? (Osäker på svar)

Back 26

Syntese av RNA-primer er ikke mulig når primase ikke kan bindes til template-DNA i ytterenden av “lagging strand”. Telomerene blir gradvis kortere og til sist blir essensielle sekvenser med sine funksjoner borte. En slags biologisk klokke som ender i celledød.

Front 27

Hvordan kan cellen få replikert hele telomeren slik at endene holdes intakte? Beskriv enzymet telomerase som katalyserer denne prosess samt mekanismen for DNA-syntese av kromosomenes ytterender.

Back 27

Telomerase er et enzym som lager enden på kromosomet ved å putte på mer DNA på 3´-enden av tråden etter instruksjon av sin egen RNA-oppskrift. Den har komlementære baser til sluttenden, og fortsetter lenger enn basesekvensen på DNAtråden. Da kan de riktige basene feste seg til telomeren, og derfor også bli bundet til DNAet. Telomerasen kan fortsette på dette viset bortover tråden, og da kan baser(som er like telomerasen sine) feste seg på 3´-tråden, der telomerasen har vært, og vi får en fullstendig DNAtråd med både 5´ - og 3´-ende.

Front 28

Homolog rekombinasjon under meiosen katalysreres av enzymer. Nevn to typer enzymer
som er nødvendige for denne reaksjon og beskriv hvilken funksjon de har.

Back 28

Endonuklase er et enzym som lager kutt i en umetylert DNA-tråd, enten 5’ eller 3’ som er feil-parret.
Exonukleaser fjerner nukleotider . Enzymet bretter ut og degraderer den kuttede DNA tråden.
DNA polymerase fyller mellomrommet som skapes av exonukleaser ved å bruke en korrekt DNA tråd som template.
DNA ligaser reparerer kuttet ved å forsegle dette mellomrommet.